Мотив asx - Asx motif

В Мотив asx часто встречается в белки и полипептиды.[1][2] Он состоит из четырех или пяти аминокислота остатки с аспартат или же аспарагин как первый остаток (остаток i). Он определяется двумя внутренними водородные связи. Один находится между кислородом боковой цепи остатка i и NH основной цепи остатка i + 2 или i + 3; другой находится между кислородом основной цепи остатка i и NH основной цепи остатка i + 3 или i + 4. Мотивы Asx обычно встречаются в белках и полипептидах.

Мотив asx. На изображении показан пентапептид с N-концевой аспартат что образует два водородные связи к аминокислоты впереди. За исключением аспартата, показаны только атомы основной цепи. Атомы водорода опущены. Углерод серый, атомы кислорода красные и атомы азота синие. Основная цепь - водородная связь главной цепи - красного цвета, а боковая цепь - водородная связь основной цепи (которая также образует Asx поворот ) отображается серым пунктиром.

Когда один из водородные связи находится между кислородом основной цепи остатка i и NH боковой цепи остатка i + 3, мотив включает бета-ход. Когда одна из водородных связей находится между кислородом боковой цепи остатка i и NH основной цепи остатка i + 2, мотив включает Asx поворот.

Как и с Asx поворачивает, значительная часть мотивов Asx встречается на N-конец из альфа спираль с Asx в качестве N крышка остаток. Таким образом, мотивы Asx часто описываются как элементы, закрывающие спираль.[3][4][5][6]

Родственный мотив - это Мотив ST у которого есть серин или же треонин как первый остаток.

Рекомендации

  1. ^ Ван, Вайоминг; Милнер-Уайт EJ (1999). «Естественная группа мотивов с аспартатом или аспарагином, образующими две водородные связи с аминокислотами впереди в последовательности». Журнал молекулярной биологии. 286 (5): 1633–1649. Дои:10.1006 / jmbi.1999.2552. PMID  10064720.
  2. ^ Ли, Дж; Дубей В.К. (2008). «Логическая избыточность ИЛИ в мотиве бета-поворота asx-pro-asx-gly типа I». Журнал молекулярной биологии. 377 (4): 1251–1264. Дои:10.1016 / j.jmb.2008.01.055. PMID  18308335.
  3. ^ Presta, LG; Роза Г.Д. (1988). «Крышки Helix». Наука. 240 (4859): 1632–1641. Дои:10.1126 / science.2837824. PMID  2837824.
  4. ^ Дойг, AJ; МакАртур М.В. (1997). «Структуры N-концов спиралей в белках». Белковая наука. 6 (1): 147–155. Дои:10.1002 / pro.5560060117. ЧВК  2143508. PMID  9007987.
  5. ^ Аврора, Р. Роза Г.Д. (1998). «Укупорка спирали». Белковая наука. 7 (1): 21–38. Дои:10.1002 / pro.5560070103. ЧВК  2143812. PMID  9514257.
  6. ^ Gunasekaran, K; Нагараджам HA (1998). «Стерохимические знаки препинания в структуре белка» (PDF). Журнал молекулярной биологии. 275 (5): 917–932. Дои:10.1006 / jmbi.1997.1505. PMID  9480777.

внешняя ссылка

  • Мотивированные белки: [1][1]
  • PDBeMotif [2].[2]
  1. ^ Лидер, ДП; Милнер-Уайт EJ (2009). «Мотивированные белки: веб-приложение для изучения небольших общих трехмерных белковых мотивов». BMC Bioinformatics. 10 (1): 60. Дои:10.1186/1471-2105-10-60. ЧВК  2651126. PMID  19210785.
  2. ^ Головин А; Хенрик К. (2008). «MSDmotif: изучение сайтов и мотивов белков». BMC Bioinformatics. 9 (1): 312. Дои:10.1186/1471-2105-9-312. ЧВК  2491636. PMID  18637174.