Анти-CRISPR - Anti-CRISPR

Анти-CRISPR (белок AcrIIA4)
Структура AcrIIA4 получена из PDB с помощью программы просмотра JSmol.
Идентификаторы
Организм	Профаги Listeria monocytogenes
Символ	AcrIIA4
PDB	5XN4
UniProt	A0A247D711
Искать Структуры Швейцарская модель Домены ИнтерПро

Анти-CRISPR (Анти-кластерные короткие палиндромные повторы с регулярными промежутками или Acr) - это группа белков, обнаруженных в фаги, которые подавляют нормальную активность CRISPR -Cas, иммунная система некоторых бактерии.^[1] CRISPR состоит из геномный последовательности, которые можно найти в прокариотические организмы, которые исходят от бактериофаги которые инфицировали бактерии заранее, и используются для защиты клетки от дальнейших вирусных атак.^[2] Анти-CRISPR результаты эволюционного процесса, произошедшего в фагах, чтобы избежать их геномы разрушен прокариотический клетки, которые они заразят.^[3]

До открытия этого типа семейных белков приобретение мутаций было единственным известным способом, который фаги могли использовать, чтобы избежать CRISPR-Cas опосредованное разрушение за счет снижения аффинности связывания фага и CRISPR. Тем не менее, у бактерий есть механизмы перенацеливания мутантного бактериофага, этот процесс называется «прайминг адаптацией». Итак, насколько в настоящее время известно исследователям, анти-CRISPR - это наиболее эффективный способ обеспечить выживание фагов на протяжении всего процесса инфицирования бактерий.^[4]

История

Системы Anti-CRISPR впервые были замечены в Синегнойная палочка профаги,^[5] которые отключили систему CRISPR – Cas типа I-F, характерную для некоторых штаммов этих бактерий. После анализа геномных последовательностей этих фагов были обнаружены гены, кодирующие пять различных белков Anti-CRISPR (также называемых Acrs). Такие белки были AcrF1, AcrF2, AcrF3, AcrF4 и AcrF5. Исследования показали, что ни один из этих белков не нарушает экспрессию генов Cas или сборку молекул CRISPR, поэтому считалось, что эти белки типа I-F белки непосредственно влияет на помехи CRISPR – Cas.^[6]

Дальнейшие исследования подтвердили эту гипотезу с открытием 4 других белков (AcrE1, AcrE2, AcrE3 и AcrE4), которые, как было показано, препятствуют Синегнойная палочкаСистема CRISPR-Cas.^[7] Более того, локус генов, кодирующих эти белки типа I-E, был действительно близок к локусу, ответственному за экспрессию белков типа I-F в той же группе фагов, что привело к заключению, что оба типа белков работают вместе.^[8] Однако эти первые девять белков не имели общих последовательность мотивов, что упростило бы идентификацию новых семейств белков Anti-CRISPR.

Позже выяснилось, что фаги, продуцирующие такие белки, также кодируют предполагаемый регулятор транскрипции названный Aca 1 (связанный с анти-CRISPR 1), который генетически расположен очень близко к генам анти-CRISPR. Предполагается, что этот регуляторный белок отвечает за экспрессию гена анти-CRISPR во время инфекционного цикла фага, поэтому оба типа белков (анти-CRISPR и Aca1), по-видимому, работают вместе как единый механизм.^[5]

После некоторых исследований похожий аминокислотная последовательность к тому из Aca1, что привело к открытию Aca2, новое семейство белков Aca. Aca2 также выявил существование пяти новых групп белков типа I-F против CRISPR из-за их геномной близости: AcrF6, AcrF7, AcrF8, AcrF9 и AcrF10. Эти белки присутствовали не только в Синегнойная палочкаФагов, так как они также затронули другие клетки Протеобактерии филюм.^[6]

Благодаря использованию биоинформатических инструментов в 2016 г. AcrIIC1, AcrIIC2 и AcrIIC3 белковые семейства были обнаружены в Neisseria meningitidis (которые ранее были инфицированы фагами). Такие белки были первыми обнаруженными ингибиторами CRISPR-Cas типа II (конкретно, они препятствовали II-C CRISPR-Cas9, типу механизма, используемому в генетическом издании человеческих клеток).^[9] Год спустя исследование подтвердило наличие ингибиторов CRISPR – Cas9 типа II-A (AcrIIA1, AcrIIA2, AcrIIA3 и AcrIIA4) в Listeria monocytogenes (заражены бактериофагами, которые внедрили белки анти-CRISPR). Было продемонстрировано, что два из этих белков (AcrIIA2 и AcrIIA4) правильно работают против Streptococcus pyogenes Защитная система CRISPR типа II-A.

Результатом всех этих исследований стало открытие 21 различных семейств белков Anti-CRISPR, несмотря на то, что могут существовать другие ингибиторы из-за быстрого мутационный процесс фагов. Таким образом, необходимы дополнительные исследования, чтобы раскрыть сложность систем анти-CRISPR.

Типы

Гены анти-CRISPR можно найти в разных частях ДНК фага: в капсиде, хвосте и на крайнем конце. Более того, было обнаружено, что многие MGE имеют два или даже три гена Acr в одном оперон, которые предполагают, что они могли обмениваться между MGE.^[10]

Как и все белки, белки семейства Acr образуются путем трансляции и трансдукции генов, и их классификация основана на типе системы CRISPR-Cas, которую они ингибируют, в связи с тем, что каждый белок анти-CRISPR ингибирует определенный CRISPR-Cas. система. Хотя было обнаружено не так много белков против CRISPR, до сих пор были обнаружены следующие:

Семейства белков анти-CRISPR (таблица адаптирована из справочника)^[6]

Семейство белков анти-CRISPR	Характеризуемый член	Система CRISPR заблокирована	Количество аминокислот
AcrE1	JBD5‑34 (Синегнойная палочка)	I ‑ E	100
AcrE2	JBD88a ‑ 32 (P. aeruginosa)	I ‑ E	84
AcrE3	DMS3‑30 (P. aeruginosa)	I ‑ E	68
AcrE4	D3112‑31 (P. aeruginosa)	I ‑ E	52
AcrF1	JBD30‑35 (P. aeruginosa)	ЕСЛИ	78
AcrF2	Д3112‑30 (P. aeruginosa)	ЕСЛИ	90
AcrF3	JBD5‑35 (P. aeruginosa)	ЕСЛИ	139
AcrF4	JBD26‑37 (P. aeruginosa)	ЕСЛИ	100
AcrF5	JBD5‑36 (P. aeruginosa)	ЕСЛИ	79
AcrF6	AcrF6Паэ (P. aeruginosa)	I ‑ E и I ‑ F	100
AcrF7	AcrF7Паэ (P. aeruginosa)	ЕСЛИ	67
AcrF8	AcrF8ZF40 (Пектобактерии фаг ZF40)	ЕСЛИ	92
AcrF9	AcrF9Vpa (Вибрион парагемолитический)	ЕСЛИ	68
AcrF10	AcrF10Sxi (Shewanella xiamenensis)	ЕСЛИ	97
AcrIIA1	AcrIIA1Lmo (Listeria monocytogenes)	II ‑ A	149
AcrIIA2	AcrIIA2Lmo (L. monocytogenes)	II ‑ A	123
AcrIIA3	AcrIIA3Lmo (L. monocytogenes)	II ‑ A	125
AcrIIA4	AcrIIA4Lmo (L. monocytogenes)	II ‑ A	87
AcrIIC1	AcrIIC1Nme (Neisseria meningitidis)	II ‑ C	85
AcrIIC2	AcrIIC2Nme (N. meningitidis)	II ‑ C	123
AcrIIC3	AcrIIC3Nme (N. meningitidis)	II ‑ C	116

К настоящему времени гены, кодирующие белки анти-CRISPR, были обнаружены в миофаги, сифофаги, предполагаемые сопряженные элементы и острова патогенности.

Были предприняты попытки найти общие окружающие генетические особенности генов анти-CRISPR, но безуспешно. Тем не менее, наличие ака ген чуть ниже генов анти-CRISPR.^[10]

Первыми открытыми семействами белков Acr были AcrF1, AcrF2, AcrF3, AcrF4 и AcrF5.^[5] Эти ингибиторы в основном встречаются в Псевдомонады фаги, способные инфицировать Синегнойная палочка обладающий системой CRISPR – Cas типа I ‑ F. Затем в другом исследовании было обнаружено, что семейства белков AcrE1, AcrE2, AcrE3 и AcrE4 также ингибируют CRISPR-Cas типа I ‑ F в Pseudomonas aeruginosas.^[7]

Позже было обнаружено, что семейства белков AcrF6, AcrF7, AcrF8, AcrF9 и AcrF10, которые также были способны ингибировать CRISPR-Cas типа I ‑ F, очень распространены в протеобактерии MGE.^[10]

Затем были открыты первые ингибиторы системы CRISPR – Cas типа II: AcrIIC1, AcrIIC2 и AcrIIC3, которые блокируют активность CRISPR – Cas9 типа II ‑ C Neisseria meningitidis.^[9]

Наконец, были обнаружены AcrIIA1, AcrIIA2, AcrIIA3 и AcrIIA4. Эти семейства белков обладают способностью ингибировать систему CRISPR-Cas типа II ‑ A Listeria monocytogenes.^[11]

Что касается соглашения об именах белков семейства Acr, оно установлено следующим образом: во-первых, тип подавляемой системы, затем числовое значение, относящееся к семейству белков, и, наконец, источник специфического белка против CRISPR. Например, AcrF9_Vpa активен против системы CRISPR – Cas типа I-F. Это также был девятый анти-CRISPR, описанный для этой системы, и он закодирован во встроенном MGE в Вибрион парагемолитический геном.

Структура

Как показано выше, существует широкий спектр белков против CRISPR, но некоторые из них были глубоко изучены. Одним из наиболее изученных и четко определенных Acrs является AcrIIA4, который ингибирует Cas9, тем самым блокируя систему II-A CRISPR-Cas Streptococcus pyogenes.

AcrIIA4

Структура AcrIIA4, полученная с помощью программы UCSF Chimera,^[12] куда был загружен его файл PDB.^[13] Разные цвета были присвоены четырем различным вторичным структурам, обнаруженным в этом белке: синий для β-цепей, красный для α-спиралей, оранжевый для 3₁₀ helix и серый для петель. Первоначально файл PDB содержит 20 наложенных последовательностей с наименьшей энергией (и, следовательно, наиболее стабильных), одна из которых была случайным образом выбрана для создания фигуры. ^[14]

Белок был растворен с использованием ядерный магнитный резонанс (ЯМР); он содержит 87 остатков, а его молекулярная масса составляет 10,182 кДа.^[13] AcrIIA4 содержит:

• 3 антипараллельные β-тяжи (первый - от 16 до 19 остатков, второй - от 29 до 33 и третий - от 40 до 44), которые образуют β-лист. Это составляет 16,1% от общего количества аминокислот, поскольку 14 из них образуют β-цепи.
• 3 α-спирали (первый - 2–13 остатков, второй - 50–59 остатков, третий - 68–85 остатков).
• 1 3₁₀ спираль помещается между первой (β1) и второй (β2) β-цепями, которая начинается с остатка 22 и заканчивается остатком 25. Общая спиральная часть состоит из 40 остатков, что составляет 50,6% белка.
• Петли присоединение к разным второстепенным структурам.

Есть хорошее определение вторичных структур, так как три α-спирали упакованы около трех β-тяжей. Поразительно, что между цепью β3, спиралями α2 и α3 находится гидрофобное ядро, образованное кластером ароматических боковых цепей, которые притягиваются нековалентными взаимодействиями, такими как пи стекинг. Более того, поскольку это кислый белок, существует высокая концентрация отрицательно заряженных остатков в петлях между β3 и α2, между α2 и α3 и в первой части α3, что может играть важную роль в ингибировании Cas9. , поскольку отрицательные заряды могут имитировать фосфаты нуклеиновых кислот.^[14]

AcrF1

С другой стороны, есть еще один Acr, AcrF1, который, возможно, не был изучен так, как описано выше, хотя есть хорошее описание его структуры. Он подавляет систему I-F CRISPR-Cas Синегнойная палочка. Максвелл и др.^[15] решил трехмерную структуру с помощью ЯМР.

Белок содержит 78 остатков,^[6] между которыми взаимодействуют с образованием вторичных структур. Структура AcrF1 образована двумя антипараллельными α-спиралями и β-листом, который содержит четыре антипараллельных β-тяжи. Этот β-лист расположен на противоположной стороне α-спиральной части, что создает гидрофобное ядро, состоящее из 13 аминокислот. Повороты также можно найти в разных частях белка, например, при соединении β-цепей.^[15][16]

В активном центре AcrF1 активно участвуют поверхностные остатки, два из которых являются тирозины (Y6 и Y20), а третья аминокислота представляет собой глютаминовая кислота (E31), поскольку их мутация аланин вызывает 100-кратное снижение активности белка (с мутациями Y20A и E31A) и 10⁷-кратное уменьшение при мутации Y6.

Различные структуры, образующие белок, создают странную комбинацию, как Максвелл и др. провели поиск DALI, чтобы найти сходства между другими белками, и не обнаружили никаких информативных сходств.^[15]

Функция

Предотвращение разрушения ДНК фага

Основная функция белков анти-CRISPR - взаимодействие со специфическими компонентами систем CRISPR-Cas, такими как эффекторный нуклеазы, чтобы избежать разрушения ДНК фага (путем связывания или расщепления). ^{[17] [18]}

Фаг вводит свою ДНК в прокариотическую клетку, обычно клетка обнаруживает последовательность, известную как «мишень», которая активирует иммунную систему CRISPR-Cas, но присутствие начальной последовательности (перед мишенью), кодирующей образование белков Acr, позволяет избежать уничтожение фага. Белки Acr образуются до считывания целевой последовательности. Таким образом, система CRISPR-Cas блокируется до того, как она сможет выработать ответ.

Процедура начинается с CRISPR локус транскрибируется в crRNA (CRISPR RNA). CrRNA соединяются с белками Cas, образуя рибонуклеопротеидный комплекс, называемый каскадом. Этот комплекс исследует клетку, чтобы найти дополнительные последовательности crRNA. Когда эта последовательность обнаружена, нуклеаза Cas3 рекрутируется в каскад, и целевая ДНК от фага отщепляется. Но, например, когда обнаруживаются AcrF1 и AcrF2 (белки против CRISPR), они взаимодействуют с Cas7f и Cas8f-Cas5f соответственно, не позволяя связываться с ДНК фага. Более того, расщеплению мишени препятствует объединение AcrF3 и Cas3. ^[6]

Фаг-фаговое сотрудничество: Первые фаговые инфекции могут быть не в состоянии препятствовать иммунитету CRISPR, но кооперация фаг-фаг все больше усиливает продукцию Acr и иммуносупрессию хозяина, что увеличивает уязвимость клетки-хозяина к повторному заражению и, наконец, позволяет успешно инфицировать и распространять второе фаг. Основано на представлении, найденном в 17-й ссылке. ^[17]

Большинство генов Acr расположены рядом с генами, связанными с анти-CRISPR (Aca), которые кодируют белки с ДНК-связывающим мотивом спираль-поворот-спираль. Гены Aca сохранены, и исследователи используют их для идентификации генов Acr, но функция белков, которые они кодируют, не совсем ясна. Промотор, ассоциированный с Acr, обеспечивает высокие уровни транскрипции Acr сразу после инъекции фаговой ДНК в бактерии, а затем белки Aca репрессируют транскрипцию. Если бы это не было подавлено, постоянная транскрипция гена была бы смертельной для фага. Следовательно, активность Aca необходима для обеспечения ее выживания. ^[19]

Фаг-фаговое сотрудничество

Более того, было подтверждено, что бактерии с системами CRISPR-Cas все еще частично иммунны к Acr. Следовательно, первоначальные абортивные фаговые инфекции могут быть не в состоянии воспрепятствовать CRISPR-иммунитету, но сотрудничество фаг-фаг может в большей степени стимулировать производство Acr и способствовать иммуносупрессии, что может повысить уязвимость клетки-хозяина к повторному заражению и, наконец, позволить успешное инфицирование распространение второго фага. ^[17] Это сотрудничество создает эпидемиологический переломный момент, в котором, в зависимости от начальной плотности Acr-фагов и силы связывания CRISPR / Acr, фаги могут либо уничтожаться, либо вызывать фаговую эпидемию (количество бактериофагов увеличивается). ^[20][21]

Если начальные уровни фагов достаточно высоки, плотность иммуносупрессивных хозяев достигает критической точки, когда успешных инфекций больше, чем неудачных. Затем начинается эпидемия. Если эта точка не достигнута, происходит вымирание фагов и иммунодепрессанты восстанавливают свое исходное состояние. ^[20][21]

Уклонение от фагового иммунитета

Стало ясно, что белки Acr играют важную роль в обеспечении уклонения от фагового иммунитета, хотя до сих пор неясно, как синтез белков против CRISPR может преодолеть систему CRISPR-Cas хозяина, которая может разрушить геном фага в течение нескольких минут после заражения.^[17]

Механизмы

Диаграмма, показывающая систему CRISPR-Cas типа I-F, а также механизмы ингибирования трех анти-CRISPR типа I-F. Комплекс CRISPR типа I-F состоит из 60 нуклеотидов crRNA и девяти белков Cas (тип белка указан цифрами 5,8,7,6). AcrF1 переходит в Cas7f, предотвращая доступ целевой ДНК к проводнику crRNA. AcrF2 взаимодействует как с Cas8f, так и с Cas7f, затрудняя доступ целевой ДНК к связывающему карману. Наконец, AcrF3 образует гомодимер, взаимодействуя с Cas3, предотвращая его контакт с комплексом Cascade. На основании обзора, приведенного в приведенных ниже ссылках. ^[22]

Из всех обнаруженных к настоящему времени белков Anti-CRISPR механизмы описаны только для 15 из них. Эти механизмы можно разделить на три разных типа: вмешательство загрузки crRNA, блокировка связывания ДНК и ДНК. расщепление профилактика.

Помехи при загрузке CrRNA

Механизм интерференции загрузки CrRNA (CRISPR RNA) в основном связан с семейством белков AcrIIC2.^[23] Чтобы заблокировать Cas9 активности, он препятствует правильной сборке комплекса crRNA-Cas9.

Блокировка связывания ДНК

Было показано, что AcrIIC2 не единственный, способный блокировать связывание ДНК. Есть 11 других белков семейства Acr, которые также могут выполнять его. Некоторые из них - это AcrIF1, AcrIF2 и AcrIF10, которые действуют на разные субъединицы Каскадный эффектор комплекс системы CRISPR-Cas типа I-F, предотвращающий связывание ДНК с комплексом. ^[24]

Кроме того, AcrIIC3 предотвращает связывание ДНК, способствуя димеризация Cas9 ^[23][25] и AcrIIA2 имитирует ДНК, тем самым блокируя PAM остатки распознавания и, следовательно, предотвращение дцДНК (двухцепочечная ДНК) признание и обязательность. ^[26][27]

Предотвращение расщепления ДНК

AcrE1, AcrIF3 и AcrIIC1 могут предотвращать расщепление целевой ДНК. С помощью Рентгеновская кристаллография Было обнаружено, что AcrE1 связывается с CRISPR-ассоциированным Cas3. ^[28] Сходным образом биохимический и структурный анализ AcrIF3 показал его способность связываться с Cas3 в качестве димера, чтобы предотвратить рекрутирование Cas3 в комплекс Cascade. ^[24][29][30] Наконец, благодаря биохимическим и структурным исследованиям AcrIIC1 было обнаружено, что он связывается с активным центром Эндонуклеаза HNH домен в Cas9, который предотвращает расщепление ДНК. Таким образом, он переводит Cas9 в неактивное, но связанное с ДНК состояние.^[25]

Приложения

Фаговая терапия может использоваться против устойчивости к антибиотикам, поскольку бактериофаги могут убивать бактерии и вылечить инфекцию.

Уменьшение количества нецелевых сокращений CRISPR-Cas9

AcrIIA4 - один из белков, ответственных за ингибирование системы CRISPR-Cas9, механизма, используемого в редакции клеток млекопитающих. Добавление AcrIIA4 в клетки человека позволяет избежать взаимодействия Cas9 с системой CRISPR, снижая его способность разрезать ДНК. Однако различные исследования пришли к выводу, что добавление его в небольших пропорциях после редактирования генома снижает количество нецелевых разрезов в конкретных сайтах, в которых взаимодействует Cas9, что делает всю систему намного более точной. ^[26]

Как избежать экологических последствий

Одна из основных целей использования технологии CRISPR-Cas9 - искоренение болезней, некоторые из которых переносчики болезней, например комаров. Белки анти-CRISPR могут препятствовать генный драйв, что может привести к неопределенным и катастрофическим последствиям в экосистемы. ^[31]

Обнаружить присутствие Cas9 в образце

Фаговая терапия - хорошая альтернатива использованию антибиотиков, но некоторые бактерии имеют системы CRISPR-Cas. Тем не менее, если бы фаги имели белки Acr, они бы подавляли иммунную систему CRISPR-Cas и инфицировали клетку. В конце цикла размножения фагов, который происходит внутри бактерий, будут высвобождаться новые фаги, вызывая лизис клеток.

Чтобы узнать, синтезирует ли определенная бактерия Cas9 и, следовательно, использует ли CRISPR-Cas9, или для обнаружения случайного или запрещенного использования этой системы, можно использовать AcrIIC1. Поскольку вышеупомянутый белок связывается с Cas9, была разработана центробежная микрофлюидная платформа для его обнаружения и определения его каталитической активности.^[31]

Фаговая терапия

Устойчивость к антибиотикам это проблема общественного здравоохранения, которая постоянно увеличивается из-за неправильного использования антибиотиков. Фаговая терапия заключается в заражении бактериями фагами, которые гораздо более специфичны и вызывают меньше побочных эффектов, чем антибиотики. Acrs может подавлять систему CRISPR-Cas9 некоторых бактерий и позволять этим фагам инфицировать бактериальные клетки, не подвергаясь атаке со стороны его иммунной системы. ^[31]

Смотрите также

• CRISPR
• CRISPR / Cas Инструменты
• Редактирование генов CRISPR
• Джин нокаут
• Бактериофаг
• Фаговая терапия
• Генетика
• Бактерии

использованная литература

1. Накамура М., Сринивасан П., Чавес М., Картер М.А., Домингес А.А., Ла-Русса М. и др. (Январь 2019). «Анти-CRISPR-опосредованный контроль редактирования генов и синтетических цепей в эукариотических клетках». Nature Communications. 10 (1): 194. Bibcode:2019НатКо..10..194Н. Дои:10.1038 / с41467-018-08158-х. ЧВК  6331597. PMID  30643127.
2. Баррангу Р. (февраль 2015 г.). «Роли систем CRISPR-Cas в адаптивном иммунитете и за его пределами». Текущее мнение в иммунологии. 32: 36–41. Дои:10.1016 / j.coi.2014.12.008. PMID  25574773.
3. Стэнли С.Ю., Борхес А.Л., Чен К.Х., Свани Д.Л., Кроган Нью-Джерси, Бонди-Деноми Дж., Дэвидсон А.Р. (сентябрь 2019 г.). «Белки, ассоциированные с CRISPR, являются решающими репрессорами транскрипции против CRISPR». Ячейка. 178 (6): 1452–1464.e13. Дои:10.1016 / j.cell.2019.07.046. ЧВК  6754177. PMID  31474367.
4. Максвелл К.Л. (октябрь 2017 г.). «История Anti-CRISPR: битва за выживание». Молекулярная клетка. 68 (1): 8–14. Дои:10.1016 / j.molcel.2017.09.002. PMID  28985512.
5. Бонди-Деноми Дж., Павлюк А., Максвелл К.Л., Дэвидсон А.Р. (январь 2013 г.). «Гены бактериофагов, которые инактивируют бактериальную иммунную систему CRISPR / Cas». Природа. 493 (7432): 429–32. Bibcode:2013Натура.493..429Б. Дои:10.1038 / природа11723. ЧВК  4931913. PMID  23242138.
6. Павлюк А., Дэвидсон А.Р., Максвелл К.Л. (январь 2018 г.). «Анти-CRISPR: открытие, механизм и функции». Обзоры природы. Микробиология. 16 (1): 12–17. Дои:10.1038 / nrmicro.2017.120. PMID  29062071. S2CID  13222384.
7. Павлюк А., Бонди-Деноми Дж., Чунг В.Х., Максвелл К.Л., Дэвидсон А.Р. (апрель 2014 г.). «Новая группа фаговых анти-CRISPR-генов ингибирует систему CRISPR-Cas типа I-E Pseudomonas aeruginosa». мБио. 5 (2): e00896. Дои:10.1128 / mBio.00896-14. ЧВК  3993853. PMID  24736222.
8. Борхес А.Л., Дэвидсон А.Р., Bondy-Denomy J (сентябрь 2017 г.). «Открытие, механизмы и эволюционное влияние анти-CRISPR». Ежегодный обзор вирусологии. 4 (1): 37–59. Дои:10.1146 / annurev-virology-101416-041616. ЧВК  6039114. PMID  28749735.
9. Павлюк А., Амрани Н., Чжан Й., Гарсия Б., Идальго-Рейес Й., Ли Дж. И др. (Декабрь 2016 г.). «Естественно возникающие выключатели для CRISPR-Cas9». Ячейка. 167 (7): 1829–1838.e9. Дои:10.1016 / j.cell.2016.11.017. ЧВК  5757841. PMID  27984730.
10. Павлюк А., Стаалс Р.Х., Тейлор С., Уотсон Б.Н., Саха С., Файнран П.С. и др. (Июнь 2016). «Инактивация систем CRISPR-Cas белками анти-CRISPR у различных видов бактерий». Природная микробиология. 1 (8): 16085. Дои:10.1038 / nmicrobiol.2016.85. PMID  27573108. S2CID  3826582.
11. Раух Б.Дж., Сильвис М.Р., Халтквист Дж.Ф., Уотерс К.С., МакГрегор М.Дж., Кроган Нью-Джерси, Бонди-Деноми Дж. (Январь 2017 г.). «Ингибирование CRISPR-Cas9 белками бактериофага». Ячейка. 168 (1–2): 150–158.e10. Дои:10.1016 / j.cell.2016.12.009. ЧВК  5235966. PMID  28041849.
12. "Химера UCSF". Химера. Получено 25 октября 2019.
13. «AcrIIA4 - PDB». Банк данных белков. Дои:10.2210 / pdb5xn4 / pdb. Получено 2019-10-15.
14. Ким И, Чжон М., Ка Д, Хан М, Ким Н.К., Пэ Е, Сух Джи (март 2018 г.). «Структура раствора и динамика анти-CRISPR AcrIIA4, ингибитора Cas9». Научные отчеты. 8 (1): 3883. Bibcode:2018НатСР ... 8,3883K. Дои:10.1038 / s41598-018-22177-0. ЧВК  5832863. PMID  29497118.
15. Максвелл К.Л., Гарсия Б., Бонди-Деноми Дж., Бона Д., Идальго-Рейес Ю., Дэвидсон А.Р. (октябрь 2016 г.). «Структура раствора белка против CRISPR». Nature Communications. 7 (1): 13134. Bibcode:2016НатКо ... 713134M. Дои:10.1038 / ncomms13134. ЧВК  5062604. PMID  27725669.
16. Дэвидсон А.Р., Павлюк А., Максвелл К.Л., Бонди-Деноми Дж. «АкрФ1 - ПДБ». Будет опубликован. Дои:10.2210 / pdb2lw5 / pdb. Получено 2019-10-14.
17. ван Гент М., Гак М.Ю. (сентябрь 2018 г.). «Вирусные анти-CRISPR-тактики: без жертв нет». Иммунитет. 49 (3): 391–393. Дои:10.1016 / j.immuni.2018.08.023. PMID  30231980.
18. Гомила Дж., Ханель М., Фарагуна К. «Белки анти-CRISPR». Золотой. Получено 2019-10-14.
19. "Inici sessió - Identificació UB - Universitat de Barcelona". sso.ub.edu. Получено 2019-10-25.
20. Ландсбергер М., Гандон С., Миден С., Ролли С., Шеваллеро А., Шабас Н. и др. (Август 2018 г.). «Анти-CRISPR-фаги сотрудничают, чтобы преодолеть иммунитет CRISPR-Cas». Ячейка. 174 (4): 908–916.e12. Дои:10.1016 / j.cell.2018.05.058. ЧВК  6086933. PMID  30033365.
21. Borges AL, Zhang JY, Rollins MF, Osuna BA, Wiedenheft B, Bondy-Denomy J (август 2018 г.). «Сотрудничество с бактериофагами подавляет иммунитет CRISPR-Cas3 и Cas9». Ячейка. 174 (4): 917–925.e10. Дои:10.1016 / j.cell.2018.06.013. ЧВК  6086726. PMID  30033364.
22. Чжу И, Чжан Ф, Хуан З (март 2018). «Структурное понимание инактивации систем CRISPR-Cas различными белками против CRISPR». BMC Биология. 16 (1): 32. Дои:10.1186 / s12915-018-0504-9. ЧВК  5859409. PMID  29554913.
23. Чжу Й., Гао А., Чжан К., Ван И, Фэн Х., Лю С. и др. (Апрель 2019 г.). «Разнообразные механизмы ингибирования CRISPR-Cas9 анти-CRISPR белками типа IIC». Молекулярная клетка. 74 (2): 296–309.e7. Дои:10.1016 / j.molcel.2019.01.038. ЧВК  6750902. PMID  30850331.
24. Бонди-Деноми Дж., Гарсия Б., Страм С., Ду М., Роллинз М. Ф., Идальго-Рейес Ю. и др. (Октябрь 2015 г.). «Множественные механизмы ингибирования CRISPR-Cas белками анти-CRISPR». Природа. 526 (7571): 136–9. Bibcode:2015Натура.526..136Б. Дои:10.1038 / природа15254. ЧВК  4935067. PMID  26416740.
25. Харрингтон Л. Б., Докзен К. В., Ма Э, Лю Дж. Дж., Нотт Г. Дж., Эдраки А. и др. (Сентябрь 2017 г.). «Ингибитор CRISPR-Cas9 широкого спектра действия». Ячейка. 170 (6): 1224–1233.e15. Дои:10.1016 / j.cell.2017.07.037. ЧВК  5875921. PMID  28844692.
26. Shin J, Jiang F, Liu JJ, Bray NL, Rauch BJ, Baik SH и др. (Июль 2017 г.). "Отключение Cas9 имитатором ДНК против CRISPR". Достижения науки. 3 (7): e1701620. Bibcode:2017SciA .... 3E1620S. Дои:10.1126 / sciadv.1701620. ЧВК  5507636. PMID  28706995.
27. Го М., Ван С., Чжу Й., Ван С., Сюн З., Ян Дж. И др. (Июнь 2017). «Структурная основа ингибирования CRISPR-SpyCas9 анти-CRISPR белком». Природа. 546 (7658): 436–439. Bibcode:2017Натура.546..436D. Дои:10.1038 / природа22377. PMID  28448066. S2CID  4445217.
28. Павлюк А., Шах М., Мейдани М., Кальметтес С., Мораес Т.Ф., Дэвидсон А.Р., Максвелл К.Л. (декабрь 2017 г.). «Отключение нуклеазы CRISPR-Cas типа I-E с помощью кодируемого бактериофагом белка анти-CRISPR». мБио. 8 (6). Дои:10,1128 / мБио.01751-17. ЧВК  5727412. PMID  29233895.
29. Ван Дж, Ма Дж, Ченг З., Мэн Х, Ю Л., Ван М. и др. (Сентябрь 2016 г.). «Эволюционная гонка вооружений CRISPR: структурное понимание вирусных анти-CRISPR / Cas ответов». Клеточные исследования. 26 (10): 1165–1168. Дои:10.1038 / cr.2016.103. ЧВК  5113301. PMID  27585537.
30. Ван Х, Яо Д., Сюй Дж. Г., Ли АР, Сюй Дж., Фу П и др. (Сентябрь 2016 г.). «Структурные основы ингибирования Cas3 белком бактериофага AcrF3». Структурная и молекулярная биология природы. 23 (9): 868–70. Дои:10.1038 / nsmb.3269. PMID  27455460. S2CID  6466590.
31. Чжан Ф, Сун Джи, Тиан И (июнь 2019 г.). «Anti-CRISPRs: естественные ингибиторы для систем CRISPR-Cas». Модели на животных и экспериментальная медицина. 2 (2): 69–75. Дои:10.1002 / ame2.12069. ЧВК  6600654. PMID  31392299.