ABCdb - ABCdb
Содержание | |
---|---|
Описание | База данных ABCdb по системам транспортеров ABC в геномах прокариот. |
Типы данных захвачен | Транспортеры АТФ-связывающей кассеты (ABC) |
Организмы | прокариоты |
Контакт | |
Исследовательский центр | Университет Тулузы, CNRS |
Лаборатория | LMGM |
Основное цитирование | PMID 16499625 |
Доступ | |
Интернет сайт | http://www-abcdb.biotoul.fr/ |
Инструменты | |
Интернет | Расширенный поиск, ВЗРЫВ |
Разное | |
Политика курирования | да - автоматический и ручной |
Закладки сущности | да |
ABCdb это биологическая база данных для переносчики аденозинтрифосфат-связывающих кассет (ABC) закодировано полностью упорядоченный архей и бактериальный геномы. Эти белки важны для транспортировки веществ в клетки и обнаружены во всех живых организмах.
биологическая функция ABC-систем
Большинство систем ABC функционируют в транспорт соединения через мембрану в ячейку (импортер) или наружу (экспортер), для чего система генерирует энергию путем гидролиза аденозинтрифосфат (АТФ) Переносчики ABC встречаются во всех живых организмах.
Транспортная система ABC состоит как минимум из двух компонентов: Кассета связывания АТФ и трансмембранный домен или же мембранный домен. Обычно это отдельные белки или может произойти как белковые домены. Типичный переносчик ABC состоит из двух нуклеотидсвязывающих доменов, которые активируют транспорт посредством гидролиза АТФ, и двух мембранных доменов, которые действуют как мембранный канал для субстрата. Импортерам требуется белок, связывающий растворенные вещества, который распознает и связывает субстрат.
Различные партнеры системы ABC обычно кодируются соседними генами.
Функции
Белки ABC образуют суперсемейство, кодируемое большими семьи из паралогичный гены. Анализ последовательности показывает, что члены надсемейства ABC, возможно, отклонились от общих предковых форм, и позволяет организовывать белки ABC в подсемейства. Классификация ABC-систем на (подсемейства) может помочь предсказать, какие субстраты могут транспортироваться системой.
ABCdb - это публичный ресурс,[1] откуда можно:
- выберите штамм из дерева видов и просмотрите все его системы ABC, разделенные на (под) семейства.
- для конкретного ABC (под-) семейства сравните все белки полностью секвенированных прокариот.
- используйте последовательность и взорвите ее с ABCdb, чтобы найти аннотации для похожих белков
Смотрите также
- Мембранный транспортный белок
- TCDB База данных классификации транспортеров
- Автовозы ABC
- АТФ-связывающий домен транспортеров ABC
- Трансмембранный домен транспортеров ABC
Рекомендации
- ^ Fichant G, Basse MJ, Quentin Y (март 2006 г.). "ABCdb: онлайн-ресурс реперториумов ABC-транспортеров из секвенированных геномов архей и бактерий". Письма о микробиологии FEMS. 256 (2): 333–9. Дои:10.1111 / j.1574-6968.2006.00139.x. PMID 16499625.
внешняя ссылка
- http://www-abcdb.biotoul.fr/ Сайт ABCdb