VPS4B - VPS4B

VPS4B
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 1WR0, 1XWI, 2CPT, 2JQH, 2JQK, 4U7Y
Идентификаторы
Псевдонимы	VPS4B, SKD1, SKD1B, VPS4-2, MIG1, вакуумная сортировка белков 4 гомолога B
Внешние идентификаторы	OMIM: 609983 MGI: 1100499 ГомолоГен: 37976 Генные карты: VPS4B
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 18 (человек)[1] Группа 18q21.33 Начните 63,389,190 бп[1] Конец 63,422,483 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 1 (мышь)[2] Группа 1 | 1 E2.1 Начните 106,764,071 бп[2] Конец 106,796,728 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • связывание нуклеотидов • активность гомодимеризации белков • АТФазная активность • связывание с С-концом белка • GO: 0001948 связывание с белками • идентичное связывание с белками • гидролазная активность • Связывание АТФ Сотовый компонент • цитоплазма • цитозоль • эндосома • центросома • полюс шпинделя • мембрана • мембрана поздней эндосомы • Тело Флемминга • эндосомная мембрана • внеклеточная экзосома • ядро клетки Биологический процесс • поздняя эндосомная микроаутофагия • регуляция удвоения центросом • деполимеризация белков • почкование вируса через комплекс ESCRT хозяина • GO: 0019067 жизненный цикл вируса • ядро организации • транспорт холестерина • отрицательная регуляция экзосомальной секреции • мультивезикулярная сборка тела • отрицательная регуляция гибели клеток • регуляция сборки митотического веретена • эндосомная организация • деление клеток • положительное регулирование удлинения центриоли • эндосомный транспорт • транспорт ионов калия • ответ на липид • убиквитин-независимый катаболический процесс белков через мультивезикулярный путь сортировки тела • транспорт белка • убиквитин-зависимый катаболический процесс белка через мультивезикулярный путь сортировки тела • положительная регуляция перехода G2 / M митотического клеточного цикла • положительная регуляция экзосомальной секреции • разделение клеток после цитокинеза • конгресс митотической метафазной пластинки • транспорт эндосомы в лизосомы через мультивезикулярный путь сортировки тел • клеточный цикл • Разборка комплекса ESCRT III • макроавтофагия • транспорт • положительная регуляция вирусного процесса • организация вакуолей • опущение средней части тела Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	9525	20479
Ансамбль	ENSG00000119541	ENSMUSG00000009907
UniProt	O75351	P46467
RefSeq (мРНК)	NM_004869	NM_009190
RefSeq (белок)	NP_004860 NP_004860.2	NP_033216
Расположение (UCSC)	Chr 18: 63,39 - 63,42 Мб	Chr 1: 106,76 - 106,8 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Белок 4B, связанный с вакуумной сортировкой белков это белок что у людей кодируется VPS4B ген.^[5][6]

Белок, кодируемый этим геном, является членом Белки AAA семейство (АТФазы, связанные с разнообразной клеточной активностью) и является гомологом дрожжевого белка Vps4.

У человека два паралоги из дрожжи протеин. Первые обладают высокой степенью сходства последовательностей аминокислот друг с другом, а также с дрожжевыми белками Vps4 и мышиного Skd1. Мышиный Skd1 (супрессор дефекта транспорта K + 1), как было показано, является дрожжевым Vps4. ортолог. Функциональные исследования показывают, что оба паралога человека связаны с эндосомный отсеков, и участвуют в внутриклеточный трафик белка, подобный белку Vps4 в дрожжах. Ген, кодирующий это паралог был сопоставлен с хромосома 18; ген для другого находится на хромосома 16.^[6]

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000119541 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000009907 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Scheuring S, Rohricht RA, Schoning-Burkhardt B, Beyer A, Muller S, Abts HF, Kohrer K (сентябрь 2001 г.). «Клетки млекопитающих экспрессируют два белка VPS4, оба из которых участвуют во внутриклеточном перемещении белков». Дж Мол Биол. 312 (3): 469–80. Дои:10.1006 / jmbi.2001.4917. PMID  11563910.
6. «Ген Entrez: VPS4B вакуолярный белок, сортирующий 4 гомолога B (S. cerevisiae)».

дальнейшее чтение

• Перье Ф., Колтер К.Л., Лян Х. и др. (1994). «Идентификация нового представителя млекопитающих семейства NSF / CDC48p / Pas1p / TBP-1 посредством гетерологичной экспрессии в дрожжах». FEBS Lett. 351 (2): 286–90. Дои:10.1016/0014-5793(94)00879-5. PMID  8082782. S2CID  31778093.
• Мао М., Фу Дж., Ву Дж. С. и др. (1998). «Идентификация генов, экспрессируемых в человеческих CD34 + гематопоэтических стволовых / клетках-предшественниках, с помощью тегов экспрессируемой последовательности и эффективного клонирования кДНК полной длины». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 95 (14): 8175–80. Дои:10.1073 / пнас.95.14.8175. ЧВК  20949. PMID  9653160.
• Scheuring S, Bodor O, Röhricht RA, et al. (1999). «Клонирование, характеристика и функциональная экспрессия гена SKD1 Mus musculus в дрожжах демонстрирует, что гены SKD1 мыши и дрожжевой VPS4 являются ортологами и участвуют во внутриклеточном перемещении белков». Ген. 234 (1): 149–59. Дои:10.1016 / S0378-1119 (99) 00163-8. PMID  10393249.
• Епископ Н., Вудман П. (2000). «Дефектный по АТФазе VPS4 млекопитающих локализуется в аберрантных эндосомах и ухудшает обмен холестерина». Мол. Биол. Ячейка. 11 (1): 227–39. Дои:10.1091 / mbc.11.1.227. ЧВК  14770. PMID  10637304.
• Чжан К.Х., Е М., Ву XY и др. (2001). «Клонирование и функциональный анализ кДНК с открытыми рамками считывания для 300 ранее не определенных генов, экспрессируемых в CD34 + гемопоэтических стволовых / клетках-предшественниках». Genome Res. 10 (10): 1546–60. Дои:10.1101 / гр.140200. ЧВК  310934. PMID  11042152.
• Говард Т.Л., Штауфер Д.Р., Дегнин ЧР, Холленберг С.М. (2002). «CHMP1 функционирует как член недавно определенного семейства белков транспорта везикул». J. Cell Sci. 114 (Pt 13): 2395–404. PMID  11559748.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Бейер А., Шеуринг С., Мюллер С. и др. (2003). «Сравнительный анализ последовательности и экспрессии четырех генов VPS4 млекопитающих». Ген. 305 (1): 47–59. Дои:10.1016 / S0378-1119 (02) 01205-2. PMID  12594041.
• Strack B, Calistri A, Craig S и др. (2003). «AIP1 / ALIX является партнером по связыванию p6 ВИЧ-1 и p9 EIAV, функционирующих в процессе отпочкования вируса». Ячейка. 114 (6): 689–99. Дои:10.1016 / S0092-8674 (03) 00653-6. PMID  14505569. S2CID  10733770.
• von Schwedler UK, Stuchell M, Müller B и др. (2003). «Белковая сеть почкования ВИЧ». Ячейка. 114 (6): 701–13. Дои:10.1016 / S0092-8674 (03) 00714-1. PMID  14505570. S2CID  16894972.
• Fujita H, Umezuki Y, Imamura K и др. (2005). «Белки Vps класса E млекопитающих, SBP1 и mVps2 / CHMP2A, взаимодействуют и регулируют функцию AAA-ATPase SKD1 / Vps4B». J. Cell Sci. 117 (Pt 14): 2997–3009. Дои:10.1242 / jcs.01170. PMID  15173323.
• Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). "Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК  528928. PMID  15489334.
• Като К., Сузуки Х., Терасава Ю. и др. (2006). «Пента-EF-белок руки ALG-2 напрямую взаимодействует с компонентом ESCRT-I TSG101, и Ca2 + -зависимо локализуется в аберрантных эндосомах с доминантно-отрицательной ААА-АТФазой SKD1 / Vps4B». Biochem. J. 391 (Pt 3): 677–85. Дои:10.1042 / BJ20050398. ЧВК  1276969. PMID  16004603.
• Такасу Х., Джи Дж. Г., Оно А. и др. (2005). «Структурная характеристика домена MIT от человеческого Vps4b». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 334 (2): 460–5. Дои:10.1016 / j.bbrc.2005.06.110. PMID  16018968.
• Scott A, Chung HY, Gonciarz-Swiatek M, et al. (2005). «Структурные и механистические исследования белков VPS4». EMBO J. 24 (20): 3658–69. Дои:10.1038 / sj.emboj.7600818. ЧВК  1276703. PMID  16193069.
• Кимура К., Вакамацу А., Сузуки Ю. и др. (2006). «Диверсификация транскрипционной модуляции: широкомасштабная идентификация и характеристика предполагаемых альтернативных промоторов генов человека». Genome Res. 16 (1): 55–65. Дои:10.1101 / гр. 4039406. ЧВК  1356129. PMID  16344560.
• Велш С., Хаберманн А., Йегер С. и др. (2007). «Ультраструктурный анализ белков ESCRT предполагает роль связанных с эндосомами трубчато-везикулярных мембран в функции ESCRT». Движение. 7 (11): 1551–66. Дои:10.1111 / j.1600-0854.2006.00489.x. PMID  17014699.
• Олсен Ю.В., Благоев Б., Гнад Ф. и др. (2006). «Глобальная, in vivo и сайт-специфическая динамика фосфорилирования в сигнальных сетях». Ячейка. 127 (3): 635–48. Дои:10.1016 / j.cell.2006.09.026. PMID  17081983. S2CID  7827573.
• Ламберт К., Деринг Т., Прейндж Р. (2007). «Созревание вируса гепатита B чувствительно к функциональному ингибированию ESCRT-III, Vps4 и γ2-адаптина». Дж. Вирол. 81 (17): 9050–60. Дои:10.1128 / JVI.00479-07. ЧВК  1951427. PMID  17553870.