Регулятор элонгации транскрипции 1 - Transcription elongation regulator 1

TCERG1
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2DK7, 2DOD, 2DOE, 2DOF, 2E71, 2KIQ, 2КИС, 2MW9, 2 МВА, 2MWB, 2MWD, 2MWF, 2NNT, 3HFH, 3Q1I, 4FQG, 2N4R, 2Н4С, 2N4T, 2N4U, 2Н4В, 2N4W
Идентификаторы
Псевдонимы	TCERG1, CA150, TAF2S, Urn1, регулятор элонгации транскрипции 1
Внешние идентификаторы	OMIM: 605409 MGI: 1926421 ГомолоГен: 4879 Генные карты: TCERG1
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 5 (человек)[1] Группа 5q32 Начните 146,447,311 бп[1] Конец 146,511,961 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 18 (мышь)[2] Группа 18 | 18 B3 Начните 42,511,487 бп[2] Конец 42,575,793 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • GO: 0001105 активность коактиватора транскрипции • GO: 0001106 транскрипционная корепрессорная активность • связывание богатой пролином области • GO: 0001948 связывание с белками • РНК-полимераза II репрессирует связывание фактора транскрипции • Связывание РНК • идентичное связывание с белками • Связывание РНК-полимеразы Сотовый компонент • ядро клетки • нуклеоплазма Биологический процесс • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • отрицательная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • транскрипция с промотора РНК-полимеразы II • транскрипция, ДНК-шаблон • позитивная регуляция транскрипции, основанной на нуклеиновых кислотах Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	10915	56070
Ансамбль	ENSG00000113649	ENSMUSG00000024498
UniProt	O14776	Q8CGF7
RefSeq (мРНК)	NM_001040006 NM_006706 NM_001382548	NM_001039474 NM_001289526 NM_001360881
RefSeq (белок)	NP_001035095 NP_006697 NP_001369477	NP_001034563 NP_001276455 NP_001347810
Расположение (UCSC)	Chr 5: 146,45 - 146,51 Мб	Chr 18: 42,51 - 42,58 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Регулятор элонгации транскрипции 1, также известен как TCERG1, это белок который у человека кодируется TCERG1 ген.^[5][6][7]

Функция

Этот ген кодирует ядерный белок, регулирующий транскрипционное удлинение и предварительносплайсинг мРНК. Кодируемый белок взаимодействует с гиперфосфорилированным C-терминал домен из РНК-полимераза II через несколько доменов FF и фактор сплайсинга пре-мРНК SF1 через домен WW. Альтернативный сплайсинг приводит к множеству вариантов транскриптов, кодирующих разные изоформы.^[5]

Взаимодействия

Было показано, что регулятор элонгации транскрипции 1 взаимодействовать с участием SF1^[8] и POLR2A.^[9]

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000113649 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск ансамбля 89: ENSMUSG00000024498 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. «Ген Entrez: регулятор элонгации транскрипции TCERG1 1».
6. Suñé C, Hayashi T, Liu Y, Lane WS, Young RA, Garcia-Blanco MA (октябрь 1997 г.). «CA150, ядерный белок, связанный с холоферментом РНК-полимеразы II, участвует в транскрипции Tat-активированного вируса иммунодефицита человека типа 1». Молекулярная и клеточная биология. 17 (10): 6029–39. Дои:10.1128 / MCB.17.10.6029. ЧВК  232452. PMID  9315662.
7. Боне Дж., Коул С.Е., Сунье С., Линдман Б.Р., Ко В.Д., Фогт Т.Ф., Гарсия-Бланко Массачусетс (октябрь 2000 г.). «Анализ экспрессии и картирование регулятора транскрипции CA150 мыши и человека». Геном млекопитающих. 11 (10): 930–3. Дои:10.1007 / s003350010162. PMID  11003711. S2CID  2396234.
8. Goldstrohm, A C; Альбрехт Т.Р .; Suñé C; Bedford M T; Гарсия-Бланко М.А. (ноябрь 2001 г.). «Фактор элонгации транскрипции CA150 взаимодействует с РНК-полимеразой II и пре-мРНК-фактором сплайсинга SF1». Мол. Cell. Биол. 21 (22): 7617–28. Дои:10.1128 / MCB.21.22.7617-7628.2001. ISSN  0270-7306. ЧВК  99933. PMID  11604498.
9. Карти, С. М.; Goldstrohm A C; Suñé C; Гарсия-Бланко М.А.; Greenleaf A L (август 2000 г.). «Модули взаимодействия с белками, которые организуют ядерную функцию: домены FF CA150 связывают фосфо-CTD РНК-полимеразы II». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 97 (16): 9015–20. Bibcode:2000PNAS ... 97.9015C. Дои:10.1073 / pnas.160266597. ISSN  0027-8424. ЧВК  16813. PMID  10908677.

дальнейшее чтение

• Suñé C, Hayashi T, Liu Y и др. (1997). «CA150, ядерный белок, связанный с холоферментом РНК-полимеразы II, участвует в транскрипции Tat-активированного вируса иммунодефицита человека типа 1». Мол. Cell. Биол. 17 (10): 6029–39. Дои:10.1128 / MCB.17.10.6029. ЧВК  232452. PMID  9315662.
• Neubauer G, King A, Rappsilber J и др. (1998). «Масс-спектрометрия и поиск в базе данных EST позволяют охарактеризовать мультибелковый сплайсосомный комплекс». Nat. Genet. 20 (1): 46–50. Дои:10.1038/1700. PMID  9731529. S2CID  585778.
• Suñé C, Гарсия-Бланко, Массачусетс (1999). «Транскрипционный кофактор CA150 регулирует элонгацию РНК-полимеразы II в зависимости от ТАТА-бокса». Мол. Cell. Биол. 19 (7): 4719–28. Дои:10.1128 / MCB.19.7.4719. ЧВК  84270. PMID  10373521.
• Карти С.М., Гольдстрём А.С., Сунье С. и др. (2000). «Модули взаимодействия с белками, которые организуют ядерную функцию: домены FF CA150 связывают фосфо-CTD РНК-полимеразы II». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 97 (16): 9015–20. Bibcode:2000PNAS ... 97.9015C. Дои:10.1073 / pnas.160266597. ЧВК  16813. PMID  10908677.
• Bohne J, Cole SE, Suñe C и др. (2000). «Анализ экспрессии и картирование регулятора транскрипции CA150 мыши и человека». Мамм. Геном. 11 (10): 930–3. Дои:10.1007 / s003350010162. PMID  11003711. S2CID  2396234.
• Holbert S, Denghien I, Kiechle T, et al. (2001). «Активатор транскрипции повтора Gln-Ala CA150 взаимодействует с хантингтином: нейропатологические и генетические доказательства его роли в патогенезе болезни Хантингтона». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 98 (4): 1811–6. Дои:10.1073 / pnas.041566798. ЧВК  29339. PMID  11172033.
• Goldstrohm AC, Albrecht TR, Suñé C и др. (2001). «Фактор элонгации транскрипции CA150 взаимодействует с РНК-полимеразой II и пре-мРНК-фактором сплайсинга SF1». Мол. Cell. Биол. 21 (22): 7617–28. Дои:10.1128 / MCB.21.22.7617-7628.2001. ЧВК  99933. PMID  11604498.
• Чжоу З., Ликлайдер Л.Дж., Гиги С.П., Рид Р. (2002). «Комплексный протеомный анализ сплайсосомы человека». Природа. 419 (6903): 182–5. Bibcode:2002Натура.419..182Z. Дои:10.1038 / природа01031. PMID  12226669. S2CID  4372405.
• Карти С.М., Гринлиф А.Л. (2003). «Гиперфосфорилированные белки, связывающие домен C-концевого повтора в ядерном протеоме, связывают транскрипцию с модификацией ДНК / хроматина и процессингом РНК». Мол. Cell. Протеомика. 1 (8): 598–610. Дои:10.1074 / mcp.M200029-MCP200. PMID  12376575.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002ПНАС ... 9916899М. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Chattopadhyay B, Ghosh S, Gangopadhyay PK, et al. (2003). «Изменение возраста в начале болезни Хантингтона и спиноцеребеллярной атаксии типа 2 у пациентов из восточной Индии». Neurosci. Латыш. 345 (2): 93–6. Дои:10.1016 / S0304-3940 (03) 00436-1. PMID  12821179. S2CID  33727221.
• Рейтер Т.Ю., Медхерст А.Л., Вайсфис К. и др. (2003). «Двухгибридный скрининг дрожжей предполагает участие белков анемии Фанкони в регуляции транскрипции, передаче сигналов в клетках, окислительном метаболизме и клеточном транспорте». Exp. Cell Res. 289 (2): 211–21. Дои:10.1016 / S0014-4827 (03) 00261-1. PMID  14499622.
• Palancade B, Marshall NF, Tremeau-Bravard A и др. (2004). «Дефосфорилирование РНК-полимеразы II CTD-фосфатазой FCP1 ингибируется белками, связывающими фосфо-CTD». J. Mol. Биол. 335 (2): 415–24. Дои:10.1016 / j.jmb.2003.10.036. PMID  14672652.
• Нагель Дж. Э., Смит Р. Дж., Шоу Л. и др. (2005). «Идентификация генов, дифференциально экспрессируемых в Т-клетках после стимуляции хемокинами CXCL12 и CXCL10». BMC Immunol. 5: 17. Дои:10.1186/1471-2172-5-17. ЧВК  514893. PMID  15296517.
• Goehler H, Lalowski M, Stelzl U, et al. (2004). «Сеть взаимодействия белков связывает GIT1, усилитель агрегации хантингтина, с болезнью Хантингтона». Мол. Ячейка. 15 (6): 853–65. Дои:10.1016 / j.molcel.2004.09.016. PMID  15383276.
• Лин К.Т., Лу Р.М., Тарн В.Й. (2004). «Белки, содержащие домен WW, взаимодействуют с ранней сплайсосомой и участвуют в сплайсинге пре-мРНК in vivo». Мол. Cell. Биол. 24 (20): 9176–85. Дои:10.1128 / MCB.24.20.9176-9185.2004. ЧВК  517884. PMID  15456888.
• Смит MJ, Kulkarni S, Pawson T (2004). «Домены FF CA150 связывают факторы транскрипции и сплайсинга посредством множественных слабых взаимодействий». Мол. Cell. Биол. 24 (21): 9274–85. Дои:10.1128 / MCB.24.21.9274-9285.2004. ЧВК  522232. PMID  15485897.
• Андерсен Дж. С., Лам Ю. В., Леунг А. К. и др. (2005). «Динамика нуклеолярного протеома». Природа. 433 (7021): 77–83. Bibcode:2005Натура 433 ... 77А. Дои:10.1038 / природа03207. PMID  15635413. S2CID  4344740.
• Кимура К., Вакамацу А., Сузуки Ю. и др. (2006). «Диверсификация транскрипционной модуляции: широкомасштабная идентификация и характеристика предполагаемых альтернативных промоторов генов человека». Genome Res. 16 (1): 55–65. Дои:10.1101 / гр. 4039406. ЧВК  1356129. PMID  16344560.
• МакФи П.Дж., Ван Г.Л., Тимченко Н.А. и др. (2006). «Идентификация корепрессора, который ингибирует транскрипционную активность и активность по остановке роста CCAAT / энхансер-связывающего белка альфа». J. Biol. Chem. 281 (26): 18069–80. Дои:10.1074 / jbc.M512734200. PMID  16644732.