SF1 (ген) - SF1 (gene)

SF1
Доступные конструкции PDB Human UniProt search: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 1K1G, 1O0P, 1OPI, 2M09, 4FXW, 4FXX
Идентификаторы
Псевдонимы	SF1, BBP, D11S636, MBBP, ZCCHC25, ZFM1, ZNF162, коэффициент сращивания 1
Внешние идентификаторы	OMIM: 601516 ГомолоГен: 138518 Генные карты: SF1
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 11 (человек)[1] Группа 11q13.1 Начинать 64,764,606 бп[1] Конец 64,778,786 бп[1]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • GO: 0001106 транскрипционная корепрессорная активность • связывание ионов цинка • связывание ионов металлов • GO: 0001948 связывание с белками • связывание нуклеиновой кислоты • идентичное связывание с белками • Связывание с точкой ветвления пре-мРНК • Связывание РНК Сотовый компонент • рибосома • сплайсосомальный комплекс • ядро клетки • нуклеоплазма • ядерное тело Биологический процесс • отрицательная регуляция пролиферации гладкомышечных клеток • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • Дифференцировка клеток Лейдига • обработка мРНК • регуляция процесса биосинтеза стероидов • определение мужского пола • транскрипция, ДНК-шаблон • сборка сплайсосомального комплекса • Узнавание сайта 3'-сплайсинга мРНК • Сплайсинг РНК • отрицательная регуляция транскрипции с использованием шаблона нуклеиновой кислоты • Сплайсинг мРНК через сплайсосомы • организация ядерной организации Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	7536	н / д
Ансамбль	ENSG00000168066	н / д
UniProt	Q15637	н / д
RefSeq (мРНК)	NM_001178030 NM_001178031 NM_004630 NM_201995 NM_201997 NM_201998 NM_001346363 NM_001346364 NM_001346409 NM_001346410 NM_001378956 NM_001378957	н / д
RefSeq (белок)	NP_001171501 NP_001171502 NP_001333292 NP_001333293 NP_001333338 NP_001333339 NP_004621 NP_973724 NP_973726 NP_973727 NP_001365885 NP_001365886	н / д
Расположение (UCSC)	Chr 11: 64.76 - 64.78 Мб	н / д
PubMed поиск	[2]	н / д
Викиданные
Просмотр / редактирование человека

Фактор сварки 1 также известный как белок цинковых пальцев 162 (ZFM162) это белок что у людей кодируется SF1 ген.^[3][4][5]

Фактор сплайсинга SF1 участвует в АТФ-зависимом образовании сплайсосома сложный.^[6] Ген SF1 необходим для создания бипотенциальной гонады; но в то время как уровни SF1 снижаются в генитальном гребне эмбрионов XX мыши, ген SF1 остается в развивающихся семенниках. SF 1 (фактор транскрипции), по-видимому, активен в маскулинировании как клеток Лейдига, так и клеток Сертоли. В клетках Сертоли с белком SOX9 он повышает уровень транскрипции AMH. В клетках Лейдига он активирует ген, кодирующий фермент, вырабатывающий гормон тестостерона.

Взаимодействия

Было показано, что SF1 (ген) взаимодействовать с Точка перелома саркомы Юинга область 1,^[7] U2AF2,^[8][9][10] Определяющий фактор яичек,^[11] и Регулятор элонгации транскрипции 1.^[12]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000168066 - Ансамбль, Май 2017
2. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
3. Тода Т., Иида А., Мива Т., Накамура Ю., Имаи Т. (июль 1994 г.). «Выделение и характеристика нового гена, кодирующего ядерный белок в локусе (D11S636), тесно связанном с множественной эндокринной неоплазией 1 типа (MEN1)». Хум Мол Генет. 3 (3): 465–70. Дои:10,1093 / чмг / 3.3.465. PMID  7912130.
4. Крамер А., Квентин М., Малхаузер Ф (июнь 1998 г.). «Различные способы альтернативного сплайсинга человеческого фактора сплайсинга SF-1, выведенные из экзон-интронной структуры гена». Ген. 211 (1): 29–37. Дои:10.1016 / S0378-1119 (98) 00058-4. PMID  9573336.
5. "Entrez Gene: фактор сплайсинга SF1 1".
6. Rino J, Desterro JM, Pacheco TR, Gadella TW, Carmo-Fonseca M (май 2008 г.). «Факторы сплайсинга SF1 и U2AF ассоциируют в экстрасплицеосомных комплексах». Мол. Клетка. Биол. 28 (9): 3045–57. Дои:10.1128 / MCB.02015-07. ЧВК  2293075. PMID  18285458.
7. Чжан Д., Палей А.Дж., Чайлдс Г. (июль 1998 г.). «Репрессор транскрипции ZFM1 взаимодействует с EWS и модулирует его способность активировать транскрипцию». J. Biol. Chem. 273 (29): 18086–91. Дои:10.1074 / jbc.273.29.18086. PMID  9660765.
8. Руал Дж. Ф., Венкатесан К., Хао Т., Хирозане-Кишикава Т., Дрикот А., Ли Н., Беррис Г. Ф., Гиббонс Ф. Д., Дрезе М., Айви-Гедехуссу Н., Клитгорд Н., Саймон К., Боксем М., Мильштейн С., Розенберг Дж., Голдберг DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (октябрь 2005 г.). «К карте протеомного масштаба сети взаимодействия белок-белок человека». Природа. 437 (7062): 1173–8. Дои:10.1038 / природа04209. PMID  16189514. S2CID  4427026.
9. Берглунд Я.А., Абович Н., Росбаш М. (март 1998 г.). «Кооперативное взаимодействие между U2AF65 и mBBP / SF1 способствует распознаванию области ветвления». Genes Dev. 12 (6): 858–67. Дои:10.1101 / gad.12.6.858. ЧВК  316625. PMID  9512519.
10. Абович Н., Росбаш М. (май 1997 г.). «Межинтронные мостиковые взаимодействия в комплексе коммитирования дрожжей сохраняются у млекопитающих». Клетка. 89 (3): 403–12. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 80221-4. PMID  9150140. S2CID  18466775.
11. Кашимада К., Купман П. (декабрь 2010 г.). «Срай: главный переключатель в определении пола млекопитающих». Разработка. 137 (23): 3921–30. Дои:10.1242 / дев.048983. PMID  21062860.
12. Goldstrohm AC, Albrecht TR, Suñé C, Bedford MT, Garcia-Blanco MA (ноябрь 2001 г.). «Фактор элонгации транскрипции CA150 взаимодействует с РНК-полимеразой II и пре-мРНК-фактором сплайсинга SF1». Мол. Клетка. Биол. 21 (22): 7617–28. Дои:10.1128 / MCB.21.22.7617-7628.2001. ЧВК  99933. PMID  11604498.

дальнейшее чтение

• Кремер А (1992). «Очистка фактора сплайсинга SF1, термостабильного белка, который участвует в сборке комплекса для предварительного сплайсинга». Мол. Клетка. Биол. 12 (10): 4545–52. Дои:10.1128 / MCB.12.10.4545. ЧВК  360381. PMID  1406644.
• Наумовский Л., Клири М.Л. (1996). «Связывающий р53 белок 53BP2 также взаимодействует с Bc12 и препятствует развитию клеточного цикла на уровне G2 / M». Мол. Клетка. Биол. 16 (7): 3884–92. Дои:10.1128 / MCB.16.7.3884. ЧВК  231385. PMID  8668206.
• Арнинг С., Грютер П., Бильбе Г., Кремер А. (1996). «Фактор сплайсинга млекопитающих SF1 кодируется вариантными кДНК и связывается с РНК». РНК. 2 (8): 794–810. ЧВК  1369416. PMID  8752089.
• Абович Н, Росбаш М (1997). «Межинтронные мостиковые взаимодействия в комплексе коммитирования дрожжей сохраняются у млекопитающих». Клетка. 89 (3): 403–12. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 80221-4. PMID  9150140. S2CID  18466775.
• Caslini C, Spinelli O, Cazzaniga G и др. (1997). «Идентификация двух новых изоформ гена ZNF162: растущее семейство сигнальной трансдукции и активатор белков РНК». Геномика. 42 (2): 268–77. Дои:10.1006 / geno.1997.4705. PMID  9192847.
• Чжан Д., Чайлдс Г. (1998). «Белок ZFM1 человека представляет собой репрессор транскрипции, который взаимодействует с доменом активации транскрипции специфичного для стадии белка-активатора». J. Biol. Chem. 273 (12): 6868–77. Дои:10.1074 / jbc.273.12.6868. PMID  9506990.
• Берглунд Я.А., Абович Н, Росбаш М (1998). «Кооперативное взаимодействие между U2AF65 и mBBP / SF1 способствует распознаванию области ветвления». Genes Dev. 12 (6): 858–67. Дои:10.1101 / gad.12.6.858. ЧВК  316625. PMID  9512519.
• Чжан Д., Палей А.Дж., Чайлдс Г. (1998). «Репрессор транскрипции ZFM1 взаимодействует с EWS и модулирует его способность активировать транскрипцию». J. Biol. Chem. 273 (29): 18086–91. Дои:10.1074 / jbc.273.29.18086. PMID  9660765.
• Neubauer G, King A, Rappsilber J и др. (1998). «Масс-спектрометрия и поиск в базе данных EST позволяют охарактеризовать мультибелковый сплайсосомный комплекс». Nat. Genet. 20 (1): 46–50. Дои:10.1038/1700. PMID  9731529. S2CID  585778.
• Ван Х, Брудерер С., Рафи З. и др. (1999). «Фосфорилирование фактора сплайсинга SF1 на Ser20 с помощью цГМФ-зависимой протеинкиназы регулирует сборку сплайсосом». EMBO J. 18 (16): 4549–59. Дои:10.1093 / emboj / 18.16.4549. ЧВК  1171529. PMID  10449420.
• Лаптева Н., Ниеда М., Андо Ю. и др. (2001). «Экспрессия генов ренин-ангиотензиновой системы в незрелых и зрелых дендритных клетках, идентифицированная с использованием микроматрицы кДНК человека». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 285 (4): 1059–65. Дои:10.1006 / bbrc.2001.5215. PMID  11467860.
• Goldstrohm AC, Albrecht TR, Suñé C и др. (2001). «Фактор элонгации транскрипции CA150 взаимодействует с РНК-полимеразой II и пре-мРНК-фактором сплайсинга SF1». Мол. Клетка. Биол. 21 (22): 7617–28. Дои:10.1128 / MCB.21.22.7617-7628.2001. ЧВК  99933. PMID  11604498.
• Лю З., Лютен И., Боттомли М.Дж. и др. (2001). «Структурная основа распознавания РНК сайта разветвления интрона фактором сплайсинга 1». Наука. 294 (5544): 1098–102. Дои:10.1126 / science.1064719. PMID  11691992. S2CID  21402023.
• Раппсилбер Дж, Райдер У, Ламонд А.И., Манн М (2002). «Масштабный протеомный анализ сплайсосомы человека». Genome Res. 12 (8): 1231–45. Дои:10.1101 / гр 473902. ЧВК  186633. PMID  12176931.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Селенко П., Грегорович Г., Спрангерс Р. и др. (2003). «Структурная основа для молекулярного распознавания между факторами сплайсинга человека U2AF65 и SF1 / mBBP». Мол. Клетка. 11 (4): 965–76. Дои:10.1016 / S1097-2765 (03) 00115-1. PMID  12718882.
• Босолей С.А., Едриховски М., Шварц Д. и др. (2004). «Широкомасштабная характеристика ядерных фосфопротеинов клеток HeLa». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 101 (33): 12130–5. Дои:10.1073 / pnas.0404720101. ЧВК  514446. PMID  15302935.
• Лин К.Т., Лу Р.М., Тарн В.Й. (2004). «Белки, содержащие домен WW, взаимодействуют с ранней сплайсосомой и участвуют в сплайсинге пре-мРНК in vivo». Мол. Клетка. Биол. 24 (20): 9176–85. Дои:10.1128 / MCB.24.20.9176-9185.2004. ЧВК  517884. PMID  15456888.