Streptomyces coelicolor - Streptomyces coelicolor

Streptomyces coelicolor
Научная классификация
Домен:
Бактерии
Тип:
Актинобактерии
Заказ:
Актиномицеты
Семья:
Streptomycetaceae
Род:
Streptomyces
Разновидность:
С. coelicolor
Биномиальное имя
Streptomyces coelicolor
(Мюллер, 1908 г.) Ваксман и Хенрици, 1948 г.

Streptomyces coelicolor это почвенное жилище Грамположительный бактерия, принадлежащая к роду Streptomyces.

Геном

Геном одного штамма С. coelicolor была секвенирована в 2002 году.[1] Он содержит 8 667 507 п.н., кодирующих 7 825 предсказанных генов, включая более 20 кластеров генов для синтеза известных или предсказанных натуральные продукты.[2]

Малая некодирующая РНК

Смотрите также: s-SodF РНК

Бактериальные малые РНК участвуют в посттранскрипционной регуляции. Использование глубокого секвенирования С. coelicolor транскриптом анализировали в конце экспоненциального роста. Было идентифицировано 63 малых РНК. Экспрессия 11 из них была подтверждена Нозерн-блоттингом. Было показано, что мРНК присутствуют только в Streptomyces разновидность.[3]

мРНК scr4677 (Streptomyces однотонный sRNA 4677) расположена в межгенной области между геном анти-сигма-фактора SCO4677 и предполагаемым геном регуляторного белка SCO4676. Экспрессия scr4677 требует активности SCO4677, а сама scr4677 sRNA, по-видимому, влияет на уровни транскриптов, связанных с SCO4676.[4]

Цели двух из С. coelicolor некодирующие РНК были идентифицированы. Было показано, что некодирующая РНК глутаминсинтетазы I модулирует выработку антибиотиков.[5] Малая РНК scr5239 (Streptomyces однотонный мРНК перед SCO5239) имеет две цели. Подавляет агараза Экспрессия DagA путем прямого спаривания оснований с кодирующей областью dagA, и она подавляет трансляцию метионинсинтаза встреча (SCO0985) на 5'-конце его открытой рамки считывания.[6][7]

Использование в биотехнологии

Штаммы С. coelicolor производить различные антибиотики, включая актинородин, метиленомицин, ундецилпродигиозин,[8] и перимицин.[9][10] Определенные штаммы С. coelicolor может использоваться для экспрессия гетерологичного белка.[2]

Рекомендации

  1. ^ Bentley SD, Chater KF, Cerdeño-Tárraga AM и др. (Май 2002 г.). «Полная последовательность генома модельного актиномицета Streptomyces coelicolor A3 (2)». Природа. 417 (6885): 141–7. Дои:10.1038 / 417141a. PMID  12000953.
  2. ^ а б «Streptomyces coelicolor». Центр Джона Иннеса. Архивировано из оригинал 19 октября 2005 г.. Получено 25 января 2010.
  3. ^ Фокенхубер, Майкл-Пол; Шарма, Синтия М .; Statt, Michaela G .; Шмидт, Денис; Сюй, Чжэньцзян; Дитрих, Саша; Лизеганг, Хейко; Мэтьюз, Дэвид Х .; Сьюсс, Беатрикс (май 2011 г.). «Идентификация на основе глубокого секвенирования малых некодирующих РНК у Streptomyces coelicolor». РНК Биология. 8 (3): 468–477. Дои:10.4161 / rna.8.3.14421. ISSN  1555-8584. ЧВК  3218513. PMID  21521948.
  4. ^ Хиндра, ноль; Муди, Мэтью Дж .; Джонс, Стефани Э .; Эллиот, Мари А. (01.01.2014). «Сложная внутриопероническая динамика, опосредованная малой РНК у Streptomyces coelicolor». PLoS One. 9 (1): e85856. Дои:10.1371 / journal.pone.0085856. ISSN  1932-6203. ЧВК  3896431. PMID  24465751.
  5. ^ Д'Алия, Давиде; Низельт, Кей; Steigele, Стефан; Мюллер, Йонас; Вербург, Ильзе; Такано, Эрико (01.02.2010). «Некодирующая РНК глутамин синтетазы I модулирует выработку антибиотиков Streptomyces coelicolor A3 (2)». Журнал бактериологии. 192 (4): 1160–1164. Дои:10.1128 / JB.01374-09. ISSN  1098-5530. ЧВК  2812974. PMID  19966003.
  6. ^ Фокенхубер, Майкл-Пол; Сьюсс, Беатрикс (01.02.2012). «Streptomyces coelicolor sRNA scr5239 ингибирует экспрессию агаразы путем прямого спаривания оснований с кодирующей областью dagA». Микробиология. 158 (Pt 2): 424–435. Дои:10.1099 / мик.0.054205-0. ISSN  1465-2080. PMID  22075028.
  7. ^ Фокенхубер, Майкл-Пол; Хуэйс, Нона; Сьюсс, Беатрикс (01.01.2015). «Идентификация metE в качестве второй мишени sRNA scr5239 в Streptomyces coelicolor». PLoS One. 10 (3): e0120147. Дои:10.1371 / journal.pone.0120147. ISSN  1932-6203. ЧВК  4365011. PMID  25785836.
  8. ^ Брайан П., Риггл П.Дж., Сантос РА, Чемпионат мира по футболу (июнь 1996 г.). «Глобальная негативная регуляция синтеза антибиотиков Streptomyces coelicolor, опосредованная системой передачи предполагаемого сигнала, кодируемой absA». J. Bacteriol. 178 (11): 3221–31. Дои:10.1128 / jb.178.11.3221-3231.1996. ЧВК  178074. PMID  8655502.
  9. ^ Лю С.М., Макдэниел Л.Е., Шаффнер С.П. (март 1972 г.). «Фунгимицин, биогенез его ароматической части». Журнал антибиотиков. 25 (3): 187–8. Дои:10.7164 / антибиотики.25.187. PMID  5034814.
  10. ^ Ли CH, Schaffner CP (май 1969). «Перимицин. Структура некоторых продуктов распада». Тетраэдр. 25 (10): 2229–32. Дои:10.1016 / S0040-4020 (01) 82770-8. PMID  5788396.

дальнейшее чтение

  • Галет, Жюстин; Дево, Орели; Отель, Лоуренс; Леблон, Пьер; Фрей-Клетт, Паскаль; Эгль, Бертран (сентябрь 2014 г.). «Pseudomonas sp., Продуцирующий глюконовую кислоту, предотвращает биосинтез γ-актинородина Streptomyces coelicolor A3 (2)». Архив микробиологии. 196 (9): 619–627. Дои:10.1007 / s00203-014-1000-4. PMID  24906569.

внешняя ссылка