Спондин 1 - Spondin 1

SPON1
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2ZOT, 2ZOU, 3COO, 3К13
Идентификаторы
Псевдонимы	SPON1, VSGP / F-спондин, f-спондин, Спондин 1
Внешние идентификаторы	OMIM: 604989 MGI: 2385287 ГомолоГен: 4453 Генные карты: SPON1
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 11 (человек)[1] Группа 11п15.2 Начинать 13,962,723 бп[1] Конец 14,268,133 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 7 (мышь)[2] Группа 7 | 7 F1 Начинать 113,765,998 бп[2] Конец 114,043,370 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • GO: 0001948 связывание с белками • связывание ионов металлов • структурная составляющая внеклеточного матрикса • Привязка домена LBD Сотовый компонент • внеклеточный матрикс • внеклеточная область • просвет эндоплазматического ретикулума • внеклеточный • коллагенсодержащий внеклеточный матрикс Биологический процесс • клеточная адгезия • О-связанное фукозилирование белков • положительное регулирование переработки белка • положительное регулирование связывания белков • отрицательная регуляция образования бета-амилоида • положительное регулирование катаболического процесса белка-предшественника амилоида Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	10418	233744
Ансамбль	ENSG00000262655	ENSMUSG00000038156
UniProt	Q9HCB6	Q8VCC9
RefSeq (мРНК)	NM_006108	NM_145584
RefSeq (белок)	NP_006099	NP_663559
Расположение (UCSC)	Chr 11: 13.96 - 14.27 Мб	Chr 7: 113.77 - 114.04 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Спондин-1 (также известный как F-спондин) является белок что у людей кодируется SPON1 ген.^[5] Вырабатывается клетками плита пола и может быть вовлечен в управление аксоном^[6] Белок содержит 807 аминокислот и структурно состоит из шести тромбоспондин домены, один катушка домен и один домен spondin.

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000262655 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000038156 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Нагасе Т., Исикава К., Суяма М., Кикуно Р., Миядзима Н., Танака А., Котани Х., Номура Н., Охара О. (апрель 1999 г.). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неидентифицированных генов человека. XI. Полные последовательности 100 новых клонов кДНК из мозга, которые кодируют большие белки in vitro». ДНК Res. 5 (5): 277–86. Дои:10.1093 / днарес / 5.5.277. PMID  9872452.
6. «Энтрез Ген: SPON1 спондин 1, белок внеклеточного матрикса».

дальнейшее чтение

• Накадзима Д., Окадзаки Н., Ямакава Н. (2003). «Конструирование готовых к экспрессии клонов кДНК для генов KIAA: ручное культивирование 330 клонов кДНК KIAA». ДНК Res. 9 (3): 99–106. Дои:10.1093 / днарес / 9.3.99. PMID  12168954.
• Клар А., Бальдассар М, Джессел Т.М. (1992). «F-спондин: ген, экспрессируемый на высоком уровне в пластине дна, кодирует секретируемый белок, который способствует адгезии нервных клеток и расширению нейритов». Клетка. 69 (1): 95–110. Дои:10.1016 / 0092-8674 (92) 90121-П. PMID  1555244. S2CID  14880785.
• Боналдо М.Ф., Леннон Г., Соарес МБ (1997). «Нормализация и вычитание: два подхода для облегчения открытия генов». Genome Res. 6 (9): 791–806. Дои:10.1101 / гр.6.9.791. PMID  8889548.
• Миямото К., Моришита Ю., Ямазаки М. (2001). «Выделение и характеристика фактора, способствующего росту гладкомышечных клеток сосудов из фолликулярной жидкости яичников крупного рогатого скота, и клонирование его кДНК из яичников крупного рогатого скота и человека». Arch. Biochem. Биофизы. 390 (1): 93–100. Дои:10.1006 / abbi.2001.2367. PMID  11368520.
• Гонсалес де Передо А., Кляйн Д., Мацек Б. (2002). «С-маннозилирование и о-фукозилирование повторов тромбоспондина 1 типа». Мол. Клетка. Протеомика. 1 (1): 11–8. Дои:10.1074 / mcp.M100011-MCP200. PMID  12096136.
• Штраусберг Р.Л., Фейнгольд Е.А., Гроуз Л.Х. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека». Nat. Genet. 36 (1): 40–5. Дои:10,1038 / ng1285. PMID  14702039.
• Хо А., Südhof TC (2004). «Связывание F-спондина с белком-предшественником бета-амилоида: кандидатный лиганд белка-предшественника бета-амилоида, который модулирует расщепление белка-предшественника бета-амилоида». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 101 (8): 2548–53. Дои:10.1073 / pnas.0308655100. ЧВК  356987. PMID  14983046.
• Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. (2004). «Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)». Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК  528928. PMID  15489334.
• Пайл-Шено Р.А., Столк Дж. А., Молеш Д. А. (2005). «VSGP / F-spondin: новый маркер рака яичников». Опухоль Биол. 26 (5): 245–57. Дои:10.1159/000087379. PMID  16103746. S2CID  13409234.
• Оцуки Т., Ота Т., Нисикава Т. (2007). «Сигнальная последовательность и ловушка ключевого слова in silico для отбора полноразмерных кДНК человека, кодирующих секрецию или мембранные белки, из библиотек олигокапированных кДНК». ДНК Res. 12 (2): 117–26. Дои:10.1093 / dnares / 12.2.117. PMID  16303743.
• Китагава М., Кудо Ю., Иидзука С. (2006). «Влияние F-спондина на цементобластную дифференцировку клеток периодонтальной связки человека» (PDF). Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 349 (3): 1050–6. Дои:10.1016 / j.bbrc.2006.08.142. PMID  16965763.

внешняя ссылка

• Обзор всей структурной информации, доступной в PDB за UniProt: Q9HCB6 (Спондин-1) на PDBe-KB.