Шон Экинс - Sean Ekins

Шон Экинс
Родившийся
Cleethorpes, Англия
Национальностьобъединенное Королевство, Соединенные Штаты
Альма-матерУниверситет Абердина
Ноттингем Трент университет
ИзвестенМодели ADME / Tox
Фармакофоры
Новые технологии для фармацевтических исследований и разработок
Научная карьера
ПоляФармакология
Хеминформатика
Научное сотрудничество
Альтернативы испытаниям на животных
УчрежденияСотрудничество в области химии
ДокторантГабриэль М. Хоксворт и М. Дэнни Берк

Шон Экинс британец фармаколог и эксперт в области ADME / Tox, вычислительный токсикология и хеминформатика в Collaborations in Chemistry, подразделении компании по корпоративным коммуникациям Collaborations in Communications. Он также является редактором четырех книг и серии книг для Джон Уайли и сыновья.

биография

Шон Экинс родился в Cleethorpes, Англия, 2 марта 1970 года Джону Экинсу и Элси Мэй Экинс. Он вырос в Гримсби. Экинс учился в начальной и средней школе на Эдвард-стрит, а затем в школе Хэвлока. Затем Экинс получил степень HND в области прикладной биологии в Университете Ноттингем Трент (бывший Политехнический институт, 1988–1991 гг.), Который окончил в 1991 г. год сэндвича (1989–1990) в фармацевтической компании Сервье в Фулмере, Великобритания, где проявился его интерес к открытию новых лекарств. Затем Экинс получил степень магистра клинической фармакологии (1991–1992) в Университет Абердина защитил диссертацию на тему «Размышления об относительной роли цитохрома P450 и флавинсодержащей монооксигеназы в метаболизме S12363».[1] Затем он получил докторскую степень в области клинической фармакологии в Университете Абердина в 1996 году, финансируемый Сервье, и написал диссертацию на тему «Поддержание и криоконсервация метаболизма ксенобиотиков в точно разрезанных срезах печени. Оценка модели, альтернативной изолированным гепатоцитам in vitro. ". Во время учебы в докторантуре он проявил интерес к прогнозированию лекарственные взаимодействия вычислительно в качестве альтернативы использованию моделей на животных.

С 1996 по 1998 год Экинс продолжал свои исследования в качестве постдока в Эли Лилли и компания лаборатории, характеризующие малоизвестные CYP2B6 и применил вычислительные методы к этому ферменту. Он собрал данные Ki о лекарственном взаимодействии для других P450 и создал фармакофоры. Он создал тестовые наборы для проверки моделей, которые в конечном итоге были опубликованы.[2][3][4][5][6] Он опубликовал основополагающие идеи о том, как такие модели можно использовать для профилирования библиотек соединений для прогнозируемых лекарств-взаимодействий.[7][8]

В конце 1998 года Экинс присоединился к Pfizer и продолжал интересоваться предсказанием лекарственных взаимодействий и свойств ADME. В 1999 году он переехал в Лилли, чтобы создать группу прогнозирования ADME / Tox. В период с 1999 г. по конец 2001 г. он создал фармакофоры и статистические модели для различных белков, включая Р-гликопротеин,[9][10][11][12] PXR[13] и ферменты.[14][15]

В декабре 2001 года он начал работу в новой компании, Параллельные фармацевтические препараты (сейчас же Vitae Pharmaceuticals )[16] в качестве заместителя директора Computational Drug Discovery. Он отвечал за разработку вычислительных моделей для ADME / Tox и интересующих целей. За это время у него появился интерес к полифармакология белков ADME / Tox. В 2004 году он присоединился к GeneGo (теперь принадлежит Thomson Reuters ) в качестве вице-президента по вычислительной биологии и разработал продукт MetaDrug (подана заявка на патент).[17][18][19][20]

В 2005 году он получил докторскую степень. доктор наук в Университете Абердина с диссертацией на тему «Вычислительные модели и модели in vitro для прогнозирования лекарственных взаимодействий у людей».

С 2006 года Экинс консультировал несколько компаний, в том числе по фармакоэкономике и проводил исследования Туберкулез Открытие лекарств для Совместное открытие лекарств.[21][22][23]

Экинс также провел независимые исследования и совместные исследования по темам, включая фармакофоры для переносчиков лекарств, хеминформатику для прогнозирования перекрестной реактивности иммуноанализа, модели для изучения коэволюции ядерных рецепторов и лигандов, вычислительные модели для агонистов и антагонистов PXR, а также анализ больших наборов данных и данные краудсорсинга.

Открытие фармацевтических данных

В 2010 году Шон Экинс был соавтором основополагающих статей о совместном использовании данных и повышении открытости фармацевтических данных. В этих статьях он мнения:

1. о давно назревшей необходимости сделать доклинические данные ADME / Tox преконкурентными.[24]

2. как краудсорсинг может использоваться в фармацевтической промышленности[25]

3. как вычислительные модели для фармакоэкономика может быть разделено научным сообществом[26]

4. Какие инструменты еще нужны в хеминформатике и какое значение будут иметь методы совместного использования моделей[27]

5. Как фармацевтические компании могут использовать молекулярные дескрипторы и алгоритмы с открытым исходным кодом, которые упростят обмен вычислительными моделями с академическим сообществом и сообществом забытых болезней[28]

Эта работа важна, потому что это первая заметная пропаганда широкого спектра подходов к предоставлению доклинических и постмаркетинговых данных и моделей, а также демонстрация осуществимости таких подходов. Экинс работал в консультативной группе по ChemSpider и предоставил массив наборов фармацевтических данных в базу данных, чтобы сделать ее доступной для сообщества.

Исследования туберкулеза и малярии

Во время работы на Совместное открытие лекарств, (финансируется Фонд Билла и Мелинды Гейтс ) он проанализировал данные, предоставленные в общественное достояние фармацевтической промышленностью. Конкретно это было малярия данные из GlaxoSmithKline для более 13 000 соединений. В результате этой работы научному сообществу было дано важное предостережение в отношении принятия таких данных за чистую монету.[29] Эти данные сравнивались с другими данными по малярии и туберкулезу.[30]

Кроме того, он предоставил анализ очень больших библиотек данных по туберкулезу, которые выделяют важные физико-химические свойства.[31][32]

Экинс указал на пробелы в исследованиях туберкулеза, особенно в том, как можно интегрировать хеминформатику и другие вычислительные инструменты для повышения эффективности.[33] и предоставлены примеры того, как вычислительные методы могут использоваться для помощи в скрининге соединений, активных против ТБ.[34]

В феврале 2011 года Экинс начал участвовать в проекте MM4TB в рамках Collaborative Drug Discovery.[35] под руководством профессора Стюарта Коула.[36]

Научные мобильные приложения

Экинс разработал Wiki совместно с Энтони Джон Уильямс называется "Научные мобильные приложения"[37] запущен 21 июня 2011 года.[38] Изначально это выросло из желания отслеживать приложения по химии.[39] (для представленной статьи), а затем Приложения для естественных наук в классе химии.[40]

Качество базы данных

Используя свои блоги, Экинс и Энтони Уильямс предупредили научное сообщество в течение нескольких дней после выпуска браузера NCGC NPC.[41] что были существенные ошибки в структуре молекул. Эти наблюдения были позже опубликованы в редакционной статье в журнале Drug Discovery Today.[42]

Редакции

Экинс редактировал или вместе редактировал 4 книги для Wiley в том числе: Компьютерные приложения в фармацевтических исследованиях и разработках (2006), Вычислительная токсикология: оценка риска для фармацевтических и экологических химикатов(1007), Эффективность, безопасность и открытие биологических препаратов(2009) и Совместные вычислительные технологии для биомедицинских исследований (2011) Все книги имеют непосредственное отношение к вычислительным технологиям и их применению в фармацевтических исследованиях и разработках.

Экинс - редактор Обзоры экспертов для журнала фармацевтических исследований,[43][44] а Springer Журнал. Он запрашивает обзоры, комментарии и перспективы для области фармацевтических исследований. Входит в редколлегию журнала Метаболизм и утилизация лекарств,[45] Журнал фармакологических и токсикологических методов,[46]Исследования мутаций / Обзоры в исследовании мутаций,[47] и Открытие наркотиков сегодня.[48]

Патенты

Экинс является изобретателем двух патентов США,[49] и [50]

Рекомендации

  1. ^ Ekins, S .; и другие. (1993). «Роль цитохрома P4503A в метаболизме производного a-аминофосфоната барвинка а-аминофосфоната S12363 микросомами печени человека». Br J Clin Pharmacol. 36 (2): 165П – 166С. Дои:10.1111 / j.1365-2125.1993.tb04214.x. ЧВК  1364582. PMID  8398587.
  2. ^ Ekins, J.H .; Bravi, S .; Binkley, G .; Gillespie, S .; Ring, J.S .; Wikel, B.J .; Райтон, С.А. (1999). «Трех- и четырехмерный количественный анализ взаимосвязи структурной активности ингибиторов CYP3A4». J. Pharmacol. Exp. Ther. 290: 429–438.
  3. ^ Ekins, S .; и другие. (1999). «Трех- и четырехмерно-количественный анализ отношения активности структуры (3D / 4D-QSAR) ингибиторов CYP2D6». Фармакогенетика. 9 (4): 477–489. PMID  10780267.
  4. ^ Ekins, S .; и другие. (1999). «Трехмерно-количественный анализ взаимосвязи структуры и активности субстратов для CYP2B6». Фарм Эксп Тер. 288 (1): 21–29. PMID  9862748.
  5. ^ Ekins, G. Wikel J.H .; Bravi, S .; Райтон, С.А. (1999). «Трехмерный количественный анализ зависимости активности структуры (3D-QSAR) субстратов CYP3A4». J Pharmacol Exp Ther. 291: 424–433.
  6. ^ Ekins, S .; Райтон, С.А. (1999). «Роль CYP2B6 в метаболизме ксенобиотиков человека». Препарат Метаб Рев. 31 (3): 719–754. Дои:10.1081 / dmr-100101942. PMID  10461547.
  7. ^ Ekins, S. et al. (2000) Прогнозирование лекарственного взаимодействия in silico с использованием фармакофоров: парадигма следующего тысячелетия. В книге «Восприятие, разработка и использование фармакофоров в дизайне лекарственных средств» (Guner, O.F., ed.), Стр. 269-299, IUL.
  8. ^ Ekins, S .; и другие. (2000). «Прогресс в прогнозировании человеческих параметров ADME in silico». J Pharmacol Toxicol Методы. 44 (1): 251–272. Дои:10.1016 / с1056-8719 (00) 00109-х. PMID  11274894.
  9. ^ Ekins, S .; и другие. (2002). «Применение трехмерных количественных соотношений структура-активность ингибиторов Р-гликопротеина и субстратов». Мол Фармакол. 61 (5): 974–981. Дои:10,1124 / моль. 61.5.974. PMID  11961114.
  10. ^ Ekins, S .; и другие. (2002). «Трехмерное количественное соотношение структура-активность ингибиторов Р-гликопротеина». Мол Фармакол. 61 (5): 964–973. Дои:10,1124 / моль 61.5.964. PMID  11961113.
  11. ^ hERG
  12. ^ http://jpet.aspetjournals.org/content/301/2/427.full.pdf+html?sid=99bffa04-48cb-4cbf-bac6-d94e568b5b31 Экинс, С. Крамб, У.Дж. Саразан, Р.Д. Викел, Дж. Х. и Wrigton, S.A. (2002) Трехмерная количественная взаимосвязь структурной активности для ингибирования калиевого канала hERG (ген, родственный человеческому эфиру альфа-гого). J Pharmacol Exp Ther 301, 427-434
  13. ^ Ekins, S .; Эриксон, Дж. (2002). «Фармакофор для лигандов прегнана-X-рецептора человека». Утилизация наркотиков. 30 (1): 96–99. Дои:10.1124 / dmd.30.1.96. PMID  11744617.
  14. ^ Ekins, S. et al. (2002). Анализ фармакофоров на активные центры ферментов CYP3A. Фармаколог 44 Приложение, 114.
  15. ^ Ethell, B.T .; и другие. (2002). «Количественные отношения структурной активности для глюкуронизации простых фенолов экспрессируемыми человеческими UGT1A6 и UGT1A9». Drug Metab. Утилизация. 30 (6): 734–738. Дои:10.1124 / dmd.30.6.734. PMID  12019203.
  16. ^ "Concurrent Pharmaceuticals меняет название на Vitae Pharmaceuticals и обеспечивает финансирование в размере 34 миллионов долларов". biospace.com. 19 октября 2005 г.. Получено 23 мая 2014.
  17. ^ Ekins, S .; и другие. (2005). «Вычислительное прогнозирование метаболизма лекарственных средств у человека». Мнение экспертов: Drug Metab Toxicol. 1 (2): 303–324. Дои:10.1517/17425255.1.2.303. PMID  16922645.
  18. ^ Ekins, S. et al. (2005) Системная биология: приложения в открытии лекарств. В Справочнике по открытию лекарств (Gad, S., ed.), Стр. 123-183, Wiley
  19. ^ Ekins, S .; и другие. (2005). «Новый метод визуализации сетей рецепторов ядерных гормонов, имеющих отношение к метаболизму лекарств». Утилизация наркотиков. 33 (3): 474–481. Дои:10.1124 / dmd.104.002717. PMID  15608136.
  20. ^ Ekins, S .; и другие. (2005). «Методы: применение системной биологии к абсорбции, распределению, метаболизму, выведению и токсичности». Тенденции Pharmacol Sci. 26 (4): 202–209. Дои:10.1016 / j.tips.2005.02.006. PMID  15808345.
  21. ^ Ekins, S .; и другие. (2010). «Совместная база данных и вычислительные модели для открытия лекарств от туберкулеза». Молекулярные биосистемы. 6 (5): 840–851. Дои:10.1039 / b917766c. PMID  20567770.
  22. ^ Ekins, S. et al. (2010) Анализ и фильтрация попаданий очень большой библиотеки соединений, проверенных против Mycobacterium tuberculosis Mol BioSyst 6, 2316-2324
  23. ^ Lamichhane, G .; и другие. (2011). «Основные метаболиты M. tuberculosis и их миметики». мБио. 2 (1): e00301–00310. Дои:10.1128 / МБио.00301-10. ЧВК  3031304. PMID  21285434.
  24. ^ Экинс, S; Уильямс, AJ (2010). «Предконкурентные доклинические данные ADME / Tox: установите его бесплатно в Интернете, чтобы облегчить построение вычислительной модели в помощь разработке лекарств». Лаборатория на чипе. 10 (1): 13–22. Дои:10.1039 / b917760b. PMID  20024044.
  25. ^ Экинс С. и Уильямс А.Д., Обращение к сотрудникам: краудсорсинг для фармацевтических исследований, Pharm Res, 27: 393-395, 2010.
  26. ^ Арнольд Р.Дж. и Экинс С., Время для сотрудничества в области экономики здравоохранения между модельным сообществом, PharmacoEconomics, 28 (8): 609-613, 2010
  27. ^ Экинс С., Гупта Р., Гиффорд Е., Бунин Б. А., Валлер С. Л., Химическое пространство: недостающие элементы в хеминформатике, Pharm Res, 27: 2035-2039, 2010
  28. ^ Gupta, Rishi R .; Гиффорд, EM; Листон, Т; Уоллер, CL; Хохман, М; Бунин Б.А.; Экинс, S (2010). «Использование вычислительных инструментов с открытым исходным кодом для прогнозирования метаболической стабильности человека и дополнительных свойств ADME / Tox». Утилизация наркотиков. 38 (11): 2083–2090. Дои:10.1124 / dmd.110.034918. PMID  20693417.
  29. ^ Экинс, Шон; Джон Уильямс, Энтони (2010). «Когда фармацевтические компании публикуют большие наборы данных: изобилие богатства или дурацкое золото?». Drug Discov сегодня. 15 (19–20): 812–815. Дои:10.1016 / j.drudis.2010.08.010. PMID  20732447.
  30. ^ Экинс С. и Уильямс А.Дж., 2010 Метаанализ паттернов молекулярных свойств и фильтрация общедоступных наборов данных о противомалярийных «хитах» и лекарствах, MedChemComm 1: 325-330,
  31. ^ Экинс, S; Брэдфорд, Дж; Доул, К; Спектор, А; Грегори, К; Блондо, Д.; Хохман, М; Бунин, Б.А. (2010). «Совместная база данных и вычислительные модели для открытия лекарств от туберкулеза». Мол БиоСист. 6 (5): 840–851. Дои:10.1039 / b917766c. PMID  20567770.
  32. ^ Экинс, S; Канеко, Т; Липински, Калифорния; Брэдфорд, Дж; Доул, К; Спектор, А; Грегори, К; Блондо, Д.; Эрнст, С; Ян, Дж; Гончаров, N; Хохман, М; Бунин, Б.А. (2010). «Анализ и фильтрация попаданий в очень большую библиотеку соединений, проверенных против Mycobacterium tuberculosis». Мол Биосист. 6 (11): 2316–2324. Дои:10.1039 / c0mb00104j. PMID  20835433.
  33. ^ Экинс, S; Freundlich, JS; Цой, я; Саркер, М; Талкотт, С. (2011). «Вычислительные базы данных, пути и хеминформатика для открытия лекарств от туберкулеза». Тенденции в микробиологии. 19 (2): 65–74. Дои:10.1016 / j.tim.2010.10.005. ЧВК  3034835. PMID  21129975.
  34. ^ Ламичхане, Гьяну; Freundlich, Joel S .; Экинс, Шон; Викрамаратне, Нилука; Нолан, Скотт Т .; Бишай, Уильям Р. (1 февраля 2011 г.). «Основные метаболиты Mycobacterium tuberculosis и их миметики». мБио. 2 (1): e00301–00310. Дои:10,1128 / мBio.00301-10. ISSN  2150-7511. ЧВК  3031304. PMID  21285434.
  35. ^ http://mm4tb.org/
  36. ^ http://cole-lab.epfl.ch/
  37. ^ Вики по сайту SciMobileApps
  38. ^ Объявление о SciMobileApps Wiki
  39. ^ http://www.rsc.org/chemistryworld/Issues/2010/May/MobileChemistryChemistryHandsFace.asp
  40. ^ Уильямс, Энтони Дж. (2011). «Смартфоны - мощный инструмент в классе химии». Журнал химического образования. 88 (6): 683–686. Bibcode:2011JChEd..88..683W. Дои:10.1021 / ed200029p.
  41. ^ http://tripod.nih.gov/npc/
  42. ^ Уильямс, AJ; Экинс, S (сентябрь 2011 г.). «Предупреждение о качестве и призыв к совершенствованию работы с общедоступными химическими базами данных». Drug Discov. Сегодня. 16 (17–18): 747–50. Дои:10.1016 / j.drudis.2011.07.007. PMID  21871970.
  43. ^ https://www.springer.com/biomed/pharmaceutical+science/journal/11095
  44. ^ https://www.springer.com/biomed/pharmaceutical+science/journal/11095?detailsPage=editorialBoard
  45. ^ «Архивная копия». Архивировано из оригинал 10 августа 2011 г.. Получено 10 сентября 2011.CS1 maint: заархивированная копия как заголовок (связь)
  46. ^ [1]
  47. ^ [2]
  48. ^ [3]
  49. ^ Патент США № 6564152: Ekins S и Smith BJ, «Фармакофорные модели, методы скрининга и идентификации цитохром P-450 ингибирующей способности антагонистов рецептора нейрокинина-1».[4]
  50. ^ Патент США № 6489094: Экинс С., Келли К.Г., Джонсон Д.Л., «Способ и устройство для подготовки образцов для тестирования взаимодействия лекарств». [5].

внешняя ссылка