Риботипирование - Ribotyping

Риботипирование представляет собой молекулярный метод идентификации и характеристики бактерий, который использует информацию из филогенетических анализов на основе рРНК.[1] Это быстрый и специфический метод, широко используемый в клинической диагностике и анализе микробных сообществ в продуктах питания, воде и напитках.[1]

У всех бактерий есть рибосомные гены, но точная последовательность уникальна для каждого вида и служит генетическим отпечатком. Следовательно, секвенирование конкретного гена 16S и сравнение его с базой данных приведет к идентификации конкретных видов.[2]

Техника

Риботипирование включает переваривание бактериальной геномной ДНК со специфическими рестрикционные ферменты. Каждый рестрикционный фермент разрезает ДНК по определенной нуклеотидной последовательности, в результате чего получаются фрагменты разной длины.[3]

Затем эти фрагменты запускаются на Гель-электрофорез, где они разделены по размеру: приложение электрического поля к гелю, в котором они суспендированы, вызывает движение фрагментов ДНК (все отрицательно заряженные из-за присутствия фосфатных групп) через матрицу к положительно заряженному концу поле. Мелкие фрагменты легче и быстрее перемещаются по матрице, достигая большего расстояния от исходного положения, чем более крупные фрагменты.

После разделения в гелевой матрице фрагменты ДНК перемещаются на нейлоновые мембраны и гибридизуются с меченым зондом 16S или 23S рРНК. Таким образом визуализируются и могут быть проанализированы только фрагменты, кодирующие такую ​​рРНК.[4] Затем образец оцифровывается и используется для определения происхождения ДНК путем сравнения с эталонными организмами в компьютерной базе данных.[1]

Концептуально риботипирование похоже на зондирование рестрикционных фрагментов хромосомной ДНК с помощью клонированные зонды (случайно клонированные зонды или зонды, полученные из конкретной кодирующей последовательности, такой как последовательность фактор вирулентности ).[5]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б c Мэдиган, Майкл Т. (2012). Биология микроорганизмов. Пирсон. п. 491. ISBN  978-0-321-73551-5.
  2. ^ «Изучение микробного разнообразия: тогда и сейчас». learn.genetics.utah.edu. Получено 2016-03-15.
  3. ^ "Рестрикционные ферменты | ASU - Спросите биолога". askabiologist.asu.edu. Получено 2016-03-13.
  4. ^ "риботип". course.cit.cornell.edu. Получено 2016-03-13.
  5. ^ Grimont, F., and P.A. Grimont. 1986. Паттерны рестрикции гена рибонуклеиновой кислоты как потенциальные таксономические инструменты. Анна. Inst. Pasteur Microbiol. 137B: 165–175