Извлечение РНК - RNA extraction

Извлечение РНК это очищение РНК из биологических образцов. Эта процедура осложняется повсеместным присутствием рибонуклеаза ферменты в клетках и тканях, которые могут быстро разрушать РНК.[1] В молекулярная биология для выделения РНК из образцов наиболее распространенным из них является экстракция тиоцианат-фенол-хлороформ гуанидиния.[2][3] Метод лизиса и элюирования на основе фильтровальной бумаги отличается высокой производительностью.[4]

Экстракция РНК в жидком азоте, обычно с использованием ступки и пестика (или специальных стальных устройств, известных как измельчители тканей), также полезна для предотвращения активности рибонуклеазы.

Загрязнение РНКазой

Экстракция РНК в экспериментах по молекулярной биологии сильно осложняется присутствием повсеместных и устойчивых РНКаз, которые разрушают образцы РНК. Некоторые РНКазы могут быть чрезвычайно выносливыми, и их сложно инактивировать по сравнению с нейтрализацией. ДНКазы. В дополнение к клеточным РНКазам, которые высвобождаются, в окружающей среде присутствует несколько РНКаз. В ходе эволюции РНКазы получили множество внеклеточных функций у различных организмов.[5][6][7] Например, РНКаза 7, член группы РНКаза А надсемейство, секретируется кожей человека и служит мощной защитой от патогенов.[8][9] Для этих секретируемых РНКаз ферментативная активность может даже не быть необходимой для РНКаз. Exapted функция. Например, иммунные РНКазы действуют, дестабилизируя клеточные мембраны бактерий.[10][11]

Чтобы противостоять этому, оборудование, используемое для экстракции РНК, обычно тщательно очищается, хранится отдельно от обычного лабораторного оборудования и обрабатывается различными агрессивными химическими веществами, разрушающими РНКазы. По той же причине экспериментаторы стараются не позволять своей голой коже касаться оборудования.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Пирсон С. Н., Батлер Дж. Н. (2007). «Извлечение РНК из тканей млекопитающих». Циркадные ритмы. Методы Мол. Биол. Методы молекулярной биологии. 362. стр.315–27. Дои:10.1007/978-1-59745-257-1_22. ISBN  978-1-58829-417-3. PMID  17417019.
  2. ^ Хомчинский П., Сакки Н. (2006). «Одностадийный метод выделения РНК кислотной экстракцией тиоцианат-фенол-хлороформ гуанидиния: двадцать с лишним лет спустя». Нат Проток. 1 (2): 581–5. Дои:10.1038 / nprot.2006.83. PMID  17406285. S2CID  28653075.
  3. ^ Птица И.М. (2005). «Извлечение РНК из клеток и тканей». Методы Мол. Med. 108: 139–48. Дои:10.1385/1-59259-850-1:139. ISBN  1-59259-850-1. PMID  16028681.
  4. ^ Картридж с фильтровальной бумагой для экстракции РНК с высокой пропускной способностью FortiusBio
  5. ^ Россье, O .; Dao, J .; Чианчиотто, Н. П. (2009). «Секретируемая РНКаза II типа Legionella pneumophila способствует оптимальному внутриклеточному инфицированию Hartmannella vermiformis». Микробиология. 155 (3): 882–890. Дои:10.1099 / мик.0.023218-0. ЧВК  2662391. PMID  19246759.
  6. ^ Luhtala, N .; Паркер, Р. (2010). «Рибонуклеазы семейства Т2: древние ферменты с разнообразными ролями». Тенденции в биохимических науках. 35 (5): 253–259. Дои:10.1016 / j.tibs.2010.02.002. ЧВК  2888479. PMID  20189811.
  7. ^ Дайер, К. Д .; Розенберг, Х. Ф. (2006). «РНКазы - суперсемейство: Генерация разнообразия и врожденная защита хозяина». Молекулярное разнообразие. 10 (4): 585–597. Дои:10.1007 / s11030-006-9028-2. PMID  16969722. S2CID  20922592.
  8. ^ Хардер, Дж. (2002). «РНКаза 7, новый врожденный противомикробный белок иммунной защиты здоровой кожи человека». Журнал биологической химии. 277 (48): 46779–46784. Дои:10.1074 / jbc.M207587200. PMID  12244054.
  9. ^ Köten, B .; Симански, М .; Gläser, R .; Подщун, Р .; Schröder, J.M .; Хардер, Дж. Р. (2009). «РНКаза 7 способствует кожной защите от Enterococcus faecium». PLOS ONE. 4 (7): e6424. Дои:10.1371 / journal.pone.0006424. ЧВК  2712763. PMID  19641608.
  10. ^ Huang, Y. -C .; Лин, Ю. -М .; Chang, T. -W .; Wu, S. -J .; Ли Ю. -С .; Чанг, М. Д. -Т .; Chen, C .; Wu, S. -H .; Ляо, Ю.-Д. (2006). «Гибкие и кластерные остатки лизина человеческой рибонуклеазы 7 имеют решающее значение для проницаемости мембраны и антимикробной активности». Журнал биологической химии. 282 (7): 4626–4633. Дои:10.1074 / jbc.M607321200. PMID  17150966.
  11. ^ Розенберг, Х. Ф. (2008). «РНКаза-рибонуклеаза и защита хозяина: развивающаяся история». Журнал биологии лейкоцитов. 83 (5): 1079–87. Дои:10.1189 / jlb.1107725. ЧВК  2692241. PMID  18211964.


Внешняя ссылка

Двухфазная промывка для решения проблемы повсеместного переноса загрязнителей в коммерческих наборах для экстракции нуклеиновых кислот; Эрик Джу, Даан Виттерс и Рустем Ф. Исмагилов; Природа, Научные отчеты, 2020.