Подсемейство белков - Protein subfamily

Подсемейство белков это уровень белок классификации, основанной на их близких эволюционные отношения. Это ниже больших уровней белковое суперсемейство и белковая семья.[1]

Белки обычно имеют большее сходство в последовательности и функциях с другими членами подсемейства, чем с членами их более широкого семейства.[1][2] Например, в SCOP система классификации, члены подсемейства используют одни и те же интерфейсы взаимодействия и партнеры по взаимодействию.[3] Это более строгие критерии, чем для семьи, члены которой имеют схожую структуру, но могут быть более отдаленными родственниками и, следовательно, иметь разные интерфейсы. Подсемейства назначаются различными методами, включая сходство последовательностей,[4] мотивы связано с функцией,[5] или филогенетическая клада.[6][7] Не существует точного и последовательного различия между подсемейством и семьей. Одна и та же группа белков иногда может быть описана как семейство или подсемейство в зависимости от контекста.

Рекомендации

  1. ^ а б "Что такое белковые семейства?". EMBL-EBI Поезд онлайн. 2011-11-18. Получено 2018-03-08.
  2. ^ Дас, Сайони; Оренго, Кристин А. (2016). «Аннотация функции белка с использованием ресурсов семейства белковых доменов» (PDF). Методы. 93: 24–34. Дои:10.1016 / j.ymeth.2015.09.029. PMID  26434392.
  3. ^ Раузелл, Антонио; Хуан, Дэвид; Пазос, Флоренсио; Валенсия, Альфонсо (02.02.2010). «Взаимодействие с белками и связывание лигандов: от подсемейств белков до функциональной специфичности». Труды Национальной академии наук. 107 (5): 1995–2000. Дои:10.1073 / pnas.0908044107. ЧВК  2808218. PMID  20133844.
  4. ^ Браун, Дункан П .; Кришнамурти, Нандини; Сьоландер, Киммен (17 августа 2007 г.). «Автоматизированная идентификация и классификация подсемейства белков». PLOS вычислительная биология. 3 (8): e160. Дои:10.1371 / journal.pcbi.0030160. ISSN  1553-7358. ЧВК  1950344. PMID  17708678.
  5. ^ Эйзен, Джонатан А .; Шведер, Кевин С .; Ханавальт, Филип К. (1995-07-25). «Эволюция семейства белков SNF2: подсемейства с различными последовательностями и функциями». Исследования нуклеиновых кислот. 23 (14): 2715–2723. Дои:10.1093 / nar / 23.14.2715. ISSN  0305-1048. ЧВК  307096. PMID  7651832.
  6. ^ Плетеный, Николас; Перрен, Ги Рене; Тьерри, Жан Клод; Поч, Оливье (2001-08-01). "Секатор: программа для определения подсемейств белков из филогенетических деревьев". Молекулярная биология и эволюция. 18 (8): 1435–1441. Дои:10.1093 / oxfordjournals.molbev.a003929. ISSN  0737-4038.
  7. ^ Ми, Хуайюй; Пудель, Сагар; Муругануджан, Анушья; Casagrande, John T .; Томас, Пол Д. (04.01.2016). «PANTHER версии 10: расширенные семейства белков и функции, а также инструменты анализа». Исследования нуклеиновых кислот. 44 (D1): D336 – D342. Дои:10.1093 / нар / gkv1194. ISSN  0305-1048. ЧВК  4702852. PMID  26578592.

внешняя ссылка