POLQ - POLQ

POLQ
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 4X0P, 4X0Q, 5AGA, 5A9J, 5A9F
Идентификаторы
Псевдонимы	POLQ, POLH, PRO0327, полимераза (ДНК) тета, ДНК-полимераза тета
Внешние идентификаторы	OMIM: 604419 MGI: 2155399 ГомолоГен: 32727 Генные карты: POLQ
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 3 (человек)[1] Группа 3q13.33 Начните 121,431,427 бп[1] Конец 121,546,641 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 16 (мышь)[2] Группа 16 B3 | 16 26,32 см Начните 37,011,786 бп[2] Конец 37,095,417 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • трансферазная активность • связывание нуклеотидов • Связывание ДНК • нуклеотидилтрансферазная активность • GO: 0043142 активность одноцепочечной ДНК-геликазы • 5'-дезоксирибозо-5-фосфатлиазная активность • связывание хроматина • повреждение связывания ДНК • GO: 0001948 связывание с белками • связывание нуклеиновой кислоты • ДНК-направленная активность ДНК-полимеразы • Связывание АТФ • 5'-3 'экзонуклеазная активность • идентичное связывание с белками Сотовый компонент • нуклеоплазма • хромосома • ядро клетки • цитоплазма Биологический процесс • соматическая гипермутация генов иммуноглобулинов • отрицательная регуляция репарации двухцепочечных разрывов посредством гомологичной рекомбинации • восстановление двухцепочечного разрыва путем альтернативного негомологичного соединения концов • клеточный ответ на стимул повреждения ДНК • Репликация ДНК • репарация двухцепочечных разрывов посредством гомологичной рекомбинации • гомоолигомеризация белков • Ремонт ДНК • эксцизионная пластика основания • Процесс биосинтеза ДНК • восстановление двухниточного разрыва • ДНК-зависимая репликация ДНК • гидролиз фосфодиэфирной связи нуклеиновой кислоты Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	10721	77782
Ансамбль	ENSG00000051341	ENSMUSG00000034206
UniProt	O75417	Q8CGS6
RefSeq (мРНК)	NM_199420	NM_001159369 NM_029977
RefSeq (белок)	NP_955452	NP_001152841 NP_084253
Расположение (UCSC)	Chr 3: 121,43 - 121,55 Мб	Chr 16: 37.01 - 37,1 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

ДНК-полимераза тета является фермент что у людей кодируется POLQ ген.^[5][6] Эта полимераза играет ключевую роль в одном из трех основных путей репарации двухцепочечных разрывов: тета-опосредованном соединении концов.^{[7][8][9][10]} Большинство двухцепочечных разрывов устраняется негомологичное соединение концов (NHEJ) или гомологически направленный ремонт (HDR). Однако в некоторых случаях NHEJ и HR недостаточны, и TMEJ - единственное решение для восстановления разрыва.^[11] TMEJ часто описывается как альтернатива NHEJ, но отличается тем, что не требует Ку гетеродимер, и он может действовать только на резецированные концы ДНК.^[12] После отжига коротких (то есть нескольких нуклеотидов) участков на выступах ДНК, ДНК-полимераза тета катализирует матрично-зависимый синтез ДНК на разорванных концах, стабилизируя парную структуру.^[13][14]

Мутационная подпись полимеразы тета

ВНЧС по своей сути мутагенный, так как полимераза тета использует гомологичные нуклеотиды от обоих концов разрыва, чтобы инициировать репарацию, которая приводит к потере одного набора этих нуклеотидов в последовательности ДНК. Следовательно, TMEJ является формой соединение концов, опосредованное микрогомологией (MMEJ). Более того, если концы разрыва не стабилизированы должным образом, концы разрыва могут отсоединиться после полимеризации. Когда эти полимеризованные концы снова отжигаются, вставить возникает между делециями.^[15]

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000051341 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000034206 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Шариф Ф.С., Войта П.Дж., Ропп П.А., Коупленд В.К. (июль 1999 г.). «Клонирование и хромосомное картирование человеческой ДНК-полимеразы тета (POLQ), восьмой ДНК-полимеразы человека». Геномика. 59 (1): 90–6. Дои:10.1006 / geno.1999.5843. PMID  10395804.
6. «Ген Entrez: полимераза POLQ (ДНК-направленная), тета».
7. Чан Ш., Ю. А. М., МакВей М. (июль 2010 г.). «Двойная роль ДНК-полимеразы тета в альтернативной репарации двухцепочечных разрывов путем присоединения концов у Drosophila». PLOS Genetics. 6 (7): e1001005. Дои:10.1371 / journal.pgen.1001005. ЧВК  2895639. PMID  20617203.
8. Ю. А. М., МакВей М. (сентябрь 2010 г.). «Зависящее от синтеза соединение концов, опосредованное микрогомологией, составляет несколько типов репарационных соединений». Исследования нуклеиновых кислот. 38 (17): 5706–17. Дои:10.1093 / nar / gkq379. ЧВК  2943611. PMID  20460465.
9. Куле В., ван Шендель Р., Карамбелас А. Э., ван Хетерен Д. Т., Окихара К. Л., Тиджстерман М. (05.02.2014). «Полимеразный тета-зависимый путь репарации подавляет обширную геномную нестабильность на эндогенных участках ДНК G4». Nature Communications. 5 (1): 3216. Bibcode:2014 НатКо ... 5,32 16 тыс.. Дои:10.1038 / ncomms4216. PMID  24496117.
10. Реринк С.Ф., ван Шендель Р., Тейстерман М. (июнь 2014 г.). «Полимеразное тета-опосредованное соединение концов разрывов ДНК, связанных с репликацией, у C. elegans». Геномные исследования. 24 (6): 954–62. Дои:10.1101 / гр.170431.113. ЧВК  4032859. PMID  24614976.
11. Schimmel J, van Schendel R, den Dunnen JT, Tijsterman M (сентябрь 2019 г.). "Шаблонные вставки: дымящийся пистолет для полимеразного тета-опосредованного соединения концов". Тенденции в генетике. 35 (9): 632–644. Дои:10.1016 / j.tig.2019.06.001. PMID  31296341.
12. Юсефзаде MJ, Wyatt DW, Takata K, Mu Y, Hensley SC, Tomida J и др. (Октябрь 2014 г.). «Механизм подавления хромосомной нестабильности ДНК-полимеразой POLQ». PLOS Genetics. 10 (10): e1004654. Дои:10.1371 / journal.pgen.1004654. ЧВК  4183433. PMID  25275444.
13. Матеос-Гомес П.А., Гонг Ф., Наир Н., Миллер К.М., Лаззерини-Денчи Э., Сфейр А. (февраль 2015 г.). «Полимераза млекопитающих θ способствует альтернативному NHEJ и подавляет рекомбинацию». Природа. 518 (7538): 254–7. Bibcode:2015Натура.518..254M. Дои:10.1038 / природа14157. ЧВК  4718306. PMID  25642960.
14. Ceccaldi R, Liu JC, Amunugama R, Hajdu I, Primack B, Petalcorin MI, et al. (Февраль 2015 г.). «Опухоли с дефицитом гомологичной рекомбинации зависят от Polθ-опосредованной репарации». Природа. 518 (7538): 258–62. Bibcode:2015Натура. 518..258C. Дои:10.1038 / природа14184. ЧВК  4415602. PMID  25642963.
15. Schimmel J, van Schendel R, den Dunnen JT, Tijsterman M (сентябрь 2019 г.). "Шаблонные вставки: дымящийся пистолет для полимеразного тета-опосредованного соединения концов". Тенденции в генетике. 35 (9): 632–644. Дои:10.1016 / j.tig.2019.06.001. PMID  31296341.

дальнейшее чтение

• Hogg M, Sauer-Eriksson AE, Johansson E (март 2012 г.). «Беспорядочный синтез ДНК с помощью ДНК-полимеразы человека θ». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (6): 2611–22. Дои:10.1093 / nar / gkr1102. ЧВК  3315306. PMID  22135286.
• Робертсон Н.Г., Хетарпал У., Гутьеррес-Эспелета Г.А., Бибер Ф.Р., Мортон С.К. (сентябрь 1994 г.). «Выделение новых и известных генов из библиотеки кДНК улитки человеческого плода с использованием субтрактивной гибридизации и дифференциального скрининга». Геномика. 23 (1): 42–50. Дои:10.1006 / geno.1994.1457. PMID  7829101.
• Мага Г., Шевелев И., Рамадан К., Спадари С., Хюбшер Ю. (май 2002 г.). «Тета-ДНК-полимераза, очищенная из клеток человека, представляет собой фермент высокой точности». Журнал молекулярной биологии. 319 (2): 359–69. Дои:10.1016 / S0022-2836 (02) 00325-X. PMID  12051913.
• Секи М., Марини Ф, Вуд Р. Д. (ноябрь 2003 г.). «POLQ (Pol theta), ДНК-полимераза и ДНК-зависимая АТФаза в клетках человека». Исследования нуклеиновых кислот. 31 (21): 6117–26. Дои:10.1093 / нар / gkg814. ЧВК  275456. PMID  14576298.
• Кавамура К., Бахар Р., Сеймия М., Чиё М., Вада А., Окада С. и др. (Март 2004 г.). «ДНК-полимераза тета предпочтительно экспрессируется в лимфоидных тканях и активируется при раке человека». Международный журнал рака. 109 (1): 9–16. Дои:10.1002 / ijc.11666. PMID  14735462. S2CID  19912440.
• Судзуки Ю., Ямасита Р., Широта М., Сакакибара Ю., Чиба Дж., Мидзусима-Сугано Дж. И др. (Сентябрь 2004 г.). «Сравнение последовательностей генов человека и мыши выявляет гомологичную блочную структуру в промоторных областях». Геномные исследования. 14 (9): 1711–8. Дои:10.1101 / гр.2435604. ЧВК  515316. PMID  15342556.
• Секи М., Масутани С., Ян Л. В., Шуфферт А., Иваи С., Бахар И., Вуд Р. Д. (ноябрь 2004 г.). «Высокоэффективный обход повреждений ДНК ДНК-полимеразой Q человека». Журнал EMBO. 23 (22): 4484–94. Дои:10.1038 / sj.emboj.7600424. ЧВК  526458. PMID  15496986.
• Чиапперино Д., Цай М., Сайер Дж. М., Яги Х., Крот Х., Масутани С. и др. (Декабрь 2005 г.). «Подверженный ошибкам транслезионный синтез ДНК-полимеразой эта на ДНК-содержащих дезоксиаденозиновых аддуктах 7,8-дигидрокси-9,10-эпокси-7,8,9,10-тетрагидробензо [а] пирена». Журнал биологической химии. 280 (48): 39684–92. Дои:10.1074 / jbc.M508008200. PMID  16188888.
• Зан Х., Шима Н., Сюй З., Аль-Катани А., Эвинджер III А.Дж., Чжун Й. и др. (Ноябрь 2005 г.). «Трансмезионная ДНК-полимераза тета играет доминирующую роль в соматической гипермутации гена иммуноглобулина». Журнал EMBO. 24 (21): 3757–69. Дои:10.1038 / sj.emboj.7600833. ЧВК  1276717. PMID  16222339.
• Cruet-Hennequart S, Coyne S, Glynn MT, Oakley GG, Carty MP (апрель 2006 г.). «УФ-индуцированное фосфорилирование RPA увеличивается в отсутствие ДНК-полимеразы эта и требует ДНК-PK». Ремонт ДНК. 5 (4): 491–504. Дои:10.1016 / днареп.2006.01.008. PMID  16520097.
• Чен Ю.В., Кливер Дж. Э., Ханаока Ф., Чанг К. Ф., Чжоу К. М. (апрель 2006 г.). «Новая роль ДНК-полимеразы эта в модулировании клеточной чувствительности к химиотерапевтическим агентам». Молекулярные исследования рака. 4 (4): 257–65. Дои:10.1158 / 1541-7786.MCR-05-0118. PMID  16603639.
• Юаса М.С., Масутани С., Хирано А., Кон М.А., Ямаидзуми М., Накатани И., Ханаока Ф. (июль 2006 г.). «Комплекс ДНК-полимеразы человека эта, содержащий Rad18, Rad6 и Rev1; протеомный анализ и нацеливание комплекса на связанную с хроматином фракцию клеток, подвергающихся остановке репликационной вилки». Гены в клетки. 11 (7): 731–44. Дои:10.1111 / j.1365-2443.2006.00974.x. PMID  16824193. S2CID  32695133.
• Choi JY, Stover JS, Angel KC, Chowdhury G, Rizzo CJ, Guengerich FP (сентябрь 2006 г.). «Биохимическая основа генотоксичности пищевых мутагенов гетероциклического ариламина: ДНК-полимераза человека эта селективно продуцирует делецию двух оснований при копировании N2-гуанилового аддукта 2-амино-3-метилимидазо [4,5-f] хинолина, но не аддукта C8 на сайте NarI G3 ». Журнал биологической химии. 281 (35): 25297–306. Дои:10.1074 / jbc.M605699200. PMID  16835218.
• Кино К., Ито Н., Сугасава К., Сугияма Х, Ханаока Ф (2007). «Синтез трансформации ДНК-полимеразой человека через продукты окисления гуанина». Серия симпозиумов по нуклеиновым кислотам. 48 (48): 171–2. Дои:10.1093 / nass / 48.1.171. PMID  17150533.
• Юинг Р.М., Чу П., Элизма Ф., Ли Х., Тейлор П., Клими С. и др. (2007). «Крупномасштабное картирование белок-белковых взаимодействий человека с помощью масс-спектрометрии». Молекулярная системная биология. 3 (1): 89. Дои:10.1038 / msb4100134. ЧВК  1847948. PMID  17353931.