Oxytricha trifallax - Oxytricha trifallax
| Oxytricha trifallax | |
|---|---|
 | |
Научная классификация  | |
| Clade: | SAR |
| Infrakingdom: | Альвеолаты |
| Тип: | Цилиофора |
| Учебный класс: | Спиротричея |
| Семья: | Oxytrichidae |
| Род: | Sterkiella |
| Разновидность: | С. histriomuscorum |
| Биномиальное имя | |
| Sterkiella histriomuscorum | |
| Синонимы[1] | |
| |
Sterkiella histriomuscorum, ранее Oxytricha trifallax, это инфузория виды в роду Sterkiella, известный своими сильно фрагментированными геномами, которые использовались в качестве модель для генетики инфузорий.
Генетика
Как все инфузории, О. trifallax имеет два разных типа ядер: макронуклеусы, которые являются сайтом транскрипция и экспрессия генов, и микроядра, которые активны только во время полового размножения, но в остальном транскрипционно неактивны. Макронуклеусы образуются в результате дифференциации микроядер, которая обычно включает некоторую степень РНК-опосредованного редактирования ДНК. О. trifallax является первым видом, секвенированным с необычно высокой степенью фрагментации в его макроядерном геноме. До 96% микроядерного генома удаляется во время дифференцировки в макронуклеус; для сравнения, у других инфузорий, таких как Парамеций удаляется только около 30%. Макроядерный геном имеет гаплоидный размер около 50 Мбит.[2]
В хромосомы макронуклеуса также необычно короткие. Макроядерный геном кодирует около 18 500 генов, но они распределены по 16 000 хромосомам, которые из-за их длины называются нанохромосомами.[2][3] Из-за их необычно коротких нанохромосом, большинство из которых содержат только один ген, они использовались в качестве модельных организмов для изучения теломеры и для скрининга генов некодирующей РНК.[4]
Микроядерный геном также был секвенирован и содержит около 3500 скремблированных генов. Скремблированные гены - это гены, отдельные сегменты которых расположены в разных частях микроядерного генома, и поэтому их необходимо «расшифровать» на этапе редактирования ДНК в обычный ген в макроядерном геноме. Более 225 000 отдельных сегментов ДНК необходимо расшифровать во время развития макроядерного генома из его микроядерного предшественника.[5]
В митохондриальный Геном также был секвенирован и является крупнейшим из известных митохондриальных геномов инфузорий, его длина составляет около 70 т.п.н. Подобно другим митохондриальным геномам инфузорий, геномы О. trifallax представляют собой линейные молекулы и содержат ряд расщепленных генов. Их митохондрии также обладают отдельной плазмидой, которая, возможно, участвовала в горизонтальный перенос генов в процессе эволюции митохондриального генома.[6]
Таксономия и систематика
Таксономия О. trifallax оспаривается. Он был реклассифицирован как Sterkiella histriomuscorum по морфологическим признакам, но молекулярная филогения поддерживает первоначальную классификацию как разновидностей Oxytricha.[7]
Рекомендации
- ^ Уоррен, А. (2019). Всемирная база данных Ciliophora. Sterkiella histriomuscorum (Foissner, Blatterer, Berger & Kohmann, 1991) Foissner, Blatterer, Berger & Kohmann, 1991. Доступ через: Всемирный регистр морских видов по адресу: http://www.marinespecies.org/aphia.php?p=taxdetails&id=427777 на 2019-01-07
- ^ а б Swart, Estienne C .; Bracht, John R .; Магрини, Винсент; Минкс, Патрик; Чен, Сяо; Чжоу, Йи; Khurana, Jaspreet S .; Goldman, Aaron D .; Новацки, Мариуш (29 января 2013). «Макроядерный геном Oxytricha trifallax: сложный эукариотический геном с 16 000 крошечных хромосом». PLOS Биология. 11 (1): e1001473. Дои:10.1371 / journal.pbio.1001473. ISSN 1545-7885. ЧВК 3558436. PMID 23382650.
- ^ «Этот странный организм создает новый геном каждый раз, когда занимается сексом». ПРОВОДНОЙ. Получено 2017-07-25.
- ^ Jung, S .; Swart, E.C .; Minx, P.J .; Magrini, V .; Mardis, E. R .; Ландвебер, Л. Ф .; Эдди, С. Р. (01.09.2011). "Использование нанохромосом Oxytricha trifallax для скрининга некодирующих генов РНК". Исследования нуклеиновых кислот. 39 (17): 7529–7547. Дои:10.1093 / nar / gkr501. ISSN 0305-1048. ЧВК 3177221. PMID 21715380.
- ^ Чен, Сяо; Bracht, John R .; Гольдман, Аарон Дэвид; Долженко, Егор; Клей, Дерек М .; Swart, Estienne C .; Перлман, Дэвид Х .; Doak, Thomas G .; Стюарт, Эндрю (2014). «Архитектура зашифрованного генома выявляет огромные уровни геномной перестройки во время развития». Клетка. 158 (5): 1187–1198. Дои:10.1016 / j.cell.2014.07.034. ЧВК 4199391. PMID 25171416.
- ^ Swart, Estienne C .; Новацкий, Мариуш; Шум, Жюстин; Стайлз, Хизер; Хиггинс, Брайан П .; Doak, Thomas G .; Шотанус, Клаас; Магрини, Винсент Дж .; Шалунья, Патрик (01.01.2012). "Митохондриальный геном Oxytricha trifallax". Геномная биология и эволюция. 4 (2): 136–154. Дои:10.1093 / gbe / evr136. ЧВК 3318907. PMID 22179582.
- ^ Золлер, Стивен Д .; Хаммерсмит, Роберт Л .; Swart, Estienne C .; Хиггинс, Брайан П .; Doak, Thomas G .; Херрик, Гленн; Ландвебер, Лаура Ф. (2012). «Характеристика и таксономическая достоверность инфузорий Oxytricha trifallax (класс Spirotrichea) на основе множественных генных последовательностей: ограничения в идентификации родов исключительно по морфологии». Протист. 163 (4): 643–657. Дои:10.1016 / j.protis.2011.12.006. ЧВК 3433844. PMID 22325790.