Список программного обеспечения для прогнозирования генов - List of gene prediction software

Этот список неполный; вы можете помочь добавление недостающих предметов с участием надежные источники.

Это список программного обеспечения инструменты и веб-порталы используется для предсказание генов.

имя	Описание	Виды	использованная литература
FragGeneScan	Прогнозирование генов в полных геномах и секвенирование чтения	Прокариоты, метагеномы	[1]
ATGpr	Идентифицирует сайты инициации трансляции в последовательностях кДНК.		[2]
ПРОДИГАЛ	Его название расшифровывается как Prokaryotic Dynamic Programming Genefinding Algorithm. Он основан на функциях логарифмического правдоподобия и не использует скрытые или интерполированные марковские модели.	Прокариоты, метагеномы (метаБродигал)	[3]
АВГУСТ	Предиктор гена эукариот	Эукариоты	[4]
BGF	Скрытая марковская модель (HMM) и динамическое программирование на основании ab initio программа предсказания генов
ДИОГЕНЫ	Быстрое обнаружение кодирующих областей в коротких последовательностях генома
Поиск промоутеров драконов	Программа распознавания промоторов РНК-полимеразы II позвоночных
ЕВГЕНИЙ	Интегративный поиск генов	Эукариоты	[5]
ФГЕНЕШ	Прогнозирование структуры генов на основе HMM: несколько генов, обе цепи	Эукариоты	[6]
В РАМКАХ	Найдите гены и сдвиг рамки в G + C богатый прокариот последовательности	Прокариоты	[7]
GeMoMa	Гомология прогнозирование генов на основе сохранения положения аминокислот и интронов, а также РНК-Seq данные		[8][9]
ГЕНИЙ	Связывает ORF в полных геномах с трехмерными структурами белков
генид	Программа для прогнозирования генов, экзонов, сайтов сплайсинга и других сигналов вдоль последовательностей ДНК	Эукариоты	[10]
ГЕНЕПАРСЕР	Разбирать последовательности ДНК на интроны и экзоны
GeneMark	Семейство самообучающихся программ прогнозирования генов	Прокариоты, эукариоты, Метагеномы	[11][12][13][14]
GeneTack	Прогнозирует гены с кадровые сдвиги в геномах прокариот	Прокариоты	[15]
ГЕНОМЕСКАНСКИЙ	Предсказывает расположение и экзон-интронные структуры генов в геномных последовательностях различных организмов.
GENSCAN	Находит гены с помощью преобразования Фурье		[16]
Мерцание	Находит гены в микробной ДНК	Прокариоты
GLIMMERHMM	Эукариотическая система поиска генов	Эукариоты	[17]
GrailEXP	Предсказывает экзоны, гены, промоторы, полиас, CpG-островки, сходство EST и повторяющиеся элементы в последовательности ДНК.
mGene	Система на основе опорных векторов (SVM) для поиска генов	Эукариоты	[18]
mGene.ngs	Система на основе SVM для поиска генов с использованием разнородной информации: RNA-seq, мозаичные массивы	Эукариоты	[19]
МОРГАН	Система дерева решений для поиска генов в ДНК позвоночных	Эукариоты
NIX	Веб-инструмент для объединения результатов из разных программ: GRAIL, FEX, HEXON, MZEF, GENEMARK, GENEFINDER, FGENE, BLAST, POLYAH, REPEATMASKER, TRNASCAN
НАЭС	Предсказание промоутера нейронной сети
NNSPLICE	Прогнозирование места монтажа нейронной сети
ORF FINDER	Инструмент графического анализа для поиска всех открытых рамок считывания
Инструменты анализа нормативной последовательности	Серия модульных компьютерных программ для обнаружения регуляторных сигналов в некодирующих последовательностях
СПЛИЦЕПРЕДИКТОР	Метод определения потенциальных сайтов сплайсинга в пре-мРНК (растения) путем проверки последовательности с использованием байесовских статистических моделей	Эукариоты
Вуаль	Скрытая марковская модель для поиска генов в ДНК-сервере позвоночных	Эукариоты

Смотрите также

• Прогноз генов
• Список программ для предсказания структуры РНК
• Сравнение программного обеспечения для моделирования молекулярной механики

использованная литература

1. Ро М., Тан Х, Йе Й (ноябрь 2010 г.). «FragGeneScan: предсказание генов в коротких и подверженных ошибкам считываниях». Исследования нуклеиновых кислот. 38 (20): e191. Дои:10.1093 / nar / gkq747. ЧВК  2978382. PMID  20805240.
2. «Прогнозирование начала трансляции ATG». atgpr.dbcls.jp. Получено 2018-09-08.
3. Hyatt D, Chen GL, Locascio PF, Land ML, Larimer FW, Hauser LJ (март 2010 г.). «Блудный сын: распознавание прокариотических генов и идентификация сайта инициации трансляции». BMC Bioinformatics. 11: 119. Дои:10.1186/1471-2105-11-119. ЧВК  2848648. PMID  20211023.
4. Келлер О., Коллмар М., Станке М., Ваак С. (март 2011 г.). «Новый метод предсказания гибридных генов, использующий выравнивание множественных последовательностей белков». Биоинформатика (Оксфорд, Англия). 27 (6): 757–63. Дои:10.1093 / биоинформатика / btr010. PMID  21216780.
5. Foissac S, Gouzy J, Rombauts S, Mathé C, Amselem J, Sterck L, de Peer YV, Rouzé P, Schiex T. (май 2008 г.). «Аннотации генома растений и грибов: EuGene как модельная платформа». Современная биоинформатика. 3 (2): 87–97. Дои:10.2174/157489308784340702.
6. Саламов А.А., Соловьев В.В. (апрель 2000 г.). «Обнаружение гена Ab initio в геномной ДНК дрозофилы». Геномные исследования. 10 (4): 516–22. Дои:10.1101 / гр.10.4.516. ЧВК  310882. PMID  10779491.
7. Schiex T, Gouzy J, Moisan A, de Oliveira Y (июль 2003 г.). «FrameD: гибкая программа для проверки качества и предсказания генов в прокариотических геномах и зашумленных зрелых последовательностях эукариот». Исследования нуклеиновых кислот. 31 (13): 3738–41. Дои:10.1093 / нар / гкг610. ЧВК  169016. PMID  12824407.
8. Кейлваген Дж., Венк М., Эриксон Дж. Л., Шаттат М. Х., Грау Дж., Хартунг Ф. (май 2016 г.). «Использование сохранения положения интрона для предсказания генов на основе гомологии». Исследования нуклеиновых кислот. 44 (9): e89. Дои:10.1186 / s12859-018-2203-5. ЧВК  4872089. PMID  26893356.
9. Keilwagen J, Hartung F, Paulini M, Twardziok SO, Grau J (май 2018 г.). «Объединение данных РНК-seq и предсказания генов на основе гомологии для растений, животных и грибов». BMC Bioinformatics. 19 (1): 189. Дои:10.1093 / nar / gkw092. ЧВК  5975413. PMID  29843602.
10. Бланко, Энрике; Парра, Генис; Гиго, Родерик (июнь 2007 г.), «Использование генеида для идентификации генов», Текущие протоколы в биоинформатике, John Wiley & Sons, Inc., Глава 4: 4.3.1–4.3.28, Дои:10.1002 / 0471250953.bi0403s18, ISBN  978-0471250951, PMID  18428791
11. Лукашин А.В., Бородовский М. (февраль 1998 г.). «GeneMark.hmm: новые решения для поиска генов». Исследования нуклеиновых кислот. 26 (4): 1107–15. Дои:10.1093 / nar / 26.4.1107. ЧВК  147337. PMID  9461475.
12. Бесемер Дж, Ломсадзе А, Бородовский М (июнь 2001 г.). «GeneMarkS: метод самообучения для предсказания начала генов в микробных геномах. Значение для поиска мотивов последовательностей в регуляторных областях». Исследования нуклеиновых кислот. 29 (12): 2607–18. Дои:10.1093 / nar / 29.12.2607. ЧВК  55746. PMID  11410670.
13. Ломсадзе А., Бернс П.Д., Бородовский М. (сентябрь 2014 г.). «Интеграция картированных считываний RNA-Seq в автоматическое обучение алгоритма поиска эукариотических генов». Исследования нуклеиновых кислот. 42 (15): e119. Дои:10.1093 / нар / gku557. ЧВК  4150757. PMID  24990371.
14. Жу В., Ломсадзе А., Бородовский М. (июль 2010 г.). «Идентификация гена Ab initio в метагеномных последовательностях». Исследования нуклеиновых кислот. 38 (12): e132. Дои:10.1093 / nar / gkq275. ЧВК  2896542. PMID  20403810.
15. Антонов И., Бородовский М. (июнь 2010 г.). «Genetack: идентификация сдвига рамки считывания в последовательностях, кодирующих белок, с помощью алгоритма Витерби». Журнал биоинформатики и вычислительной биологии. 8 (3): 535–51. Дои:10.1142 / S0219720010004847. PMID  20556861.
16. Бердж С., Карлин С. (апрель 1997 г.). «Прогнозирование полных структур генов в геномной ДНК человека». Журнал молекулярной биологии. 268 (1): 78–94. CiteSeerX  10.1.1.115.3107. Дои:10.1006 / jmbi.1997.0951. PMID  9149143.
17. Majoros WH, Pertea M, Salzberg SL (ноябрь 2004 г.). «TigrScan и GlimmerHMM: два первых эукариотических геноискателя с открытым исходным кодом». Биоинформатика. 20 (16): 2878–9. Дои:10.1093 / биоинформатика / bth315. PMID  15145805.
18. Schweikert G, Zien A, Zeller G, Behr J, Dieterich C, Ong CS и др. (Ноябрь 2009 г.). «mGene: точный поиск генов на основе SVM с приложением к геномам нематод». Геномные исследования. 19 (11): 2133–43. Дои:10.1101 / гр.090597.108. ЧВК  2775605. PMID  19564452.
19. Gan X, Stegle O, Behr J, Steffen JG, Drewe P, Hildebrand KL и др. (Август 2011 г.). «Множественные эталонные геномы и транскриптомы Arabidopsis thaliana». Природа. 477 (7365): 419–23. Bibcode:2011Натура.477..419G. Дои:10.1038 / природа10414. ЧВК  4856438. PMID  21874022.