LRRC40 - LRRC40

LRRC40
Идентификаторы
ПсевдонимыLRRC40, dJ677H15.1, богатый лейцином повтор, содержащий 40
Внешние идентификаторыMGI: 1914394 ГомолоГен: 9825 Генные карты: LRRC40
Расположение гена (человек)
Хромосома 1 (человек)
Chr.Хромосома 1 (человек)[1]
Хромосома 1 (человек)
Геномное расположение LRRC40
Геномное расположение LRRC40
Группа1п31.1Начинать70,144,805 бп[1]
Конец70,205,579 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

55631

67144

Ансамбль

ENSG00000066557

ENSMUSG00000063052

UniProt

Q9H9A6

Q9CRC8

RefSeq (мРНК)

NM_017768

NM_001289524
NM_001289525
NM_024194
NM_001359763

RefSeq (белок)

NP_060238

NP_001276453
NP_001276454
NP_077156
NP_001346692

Расположение (UCSC)Chr 1: 70.14 - 70.21 МбChr 3: 158.04 - 158.07 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Богатый лейцином повтор, содержащий 40 (LRRC40) - это белок что у людей кодируется LRRC40 ген.[5]

Распространение видов

LRRC40 сохраняется во всех своих ортологи. Весь белок является высококонсервативным у млекопитающих, тогда как консервативность высока в богатых лейцином повторах в остальных ортологах.[6] Ортологи были найдены вплоть до алого морского анемона и гомологи были найдены в бактерии и Археи с помощью ВЗРЫВ.[7] В следующей таблице представлена ​​информация о гомологах LRRC40.

Род разновидностьОбщее название организмаДивергенция от человека (MYA) [8]Присоединение к мРНК NCBIСходство последовательностей [7]Длина белкаОбщее название гена
Homo sapiens[9]Люди--NM_017768100%602LRRC40
Пан троглодиты[10]Обыкновенный шимпанзе6.4XM_51348399%602Гипотетический белок
Pongo abelii [11]Орангутанг15.8NM_00113118099%602LRRC40
Macaca fascicularis [12]Длиннохвостая макака30.2AB17921999%602Полный LRRC40
Каллитрикс Яхус [13]Обыкновенная мартышка43.9XM_002750952.199%602Прогноз: LRRC40
Sus scrofa [14]Дикий кабан92.5XM_00312792896%602Прогнозировано: LRRC40-подобный белок
Mus musculus [15]Мышь94.1NM_02419492%602LRRC40
Monodelphis domestica [16]Опоссум160.2XM_00137941786%598Гипотетический белок
Gallus gallus [17]Курица274.8NM_00103129585%603LRRC40
Taeniopygia guttata [18]Зебра зяблик274.8XM_00218836785%605Прогноз: LRRC40
Xenopus (Silurana) tropicalis [19]Западная когтистая лягушка389.7NM_00101131080%605LRRC40
Данио Рерио [20]Данио444.3NM_19986283%601LRRC40
Salmo salar [21]Лосось444.3BT04362182%600LRRC40
Nematostella vectensis [22]Алый морской анемон830.3XM_00164023066%602Прогнозируемый белок
Culex quinquefasciatus [23]Комар Южный дом838.3XM_001842697.158%612LRRC40

Ген

LRRC40 расположен на отрицательной цепи ДНК (см. Смысл (молекулярная биология) ) из хромосома 1 от 70 611 483 до 70 671 223.[24] Ген производит 2958 базовая пара мРНК. Есть 15 прогнозируемых экзоны в человеческом гене [9] с четырьмя другими шаблонами сварки, предсказанными для GeneCard альтернативной базой данных сварки.[25]

Джин соседство

LRRC40 находится ниже по течению LRRC7 (70,225,888 - 70,587,570) на положительной цепи ДНК и выше по течению SRSF11 (70,687,320-70,716,488) на положительной цепи ДНК.

Экспрессия гена

LRRC40 экспрессируется между 50-м и 100-м процентилями почти в каждой ткани тела.[26]

Экспрессия LRRC40 в 79 тканях человека.[26]

Протеин

Хотя точная функция белка LRRC40 еще не выяснена, считается, что он участвует во взаимодействиях белок-белок, поскольку он является членом богатый лейцином повтор семейство белков, которые, как известно, участвуют в белок-белковые взаимодействия.[27]

Характеристики

LRRC40 представляет собой белок из 602 аминокислот с молекулярный вес 68,254 кДа и изоэлектрическая точка от 6.04.[28] Ожидается, что LRRC40 будет локализован на ядро [29] и не имеет трансмембранных доменов, чтобы прикрепить его к ядерная мембрана. LRRC40 многое предсказал фосфорилирование места. Из 19 предсказанных фосфосерин сайтов, в ортологах сохранились только два.[30] Эти два сайта - S38 и S391.

Белковая структура

В вторичная структура белка имеет структуру в областях повторов лейцина. Каждый повтор лейцина имеет β-лист и α-спираль. Изображение справа показывает особую подковообразную структуру белка с множеством повторов, богатых лейцином. В зависимости от области, где расположены LRR, другие белки могут связываться внутри изгиба подковы или присоединяться к белку снаружи.

Структура белка Inla S192n G194S без его партнера по связыванию, sHEC1. Сайт связывания оставили пустым, чтобы показать основные моменты богатых лейцином повторов (желтым цветом), демонстрирующие свойства связывания белка LRR.[31]

Белковые взаимодействия

По данным Genecards, LRRC40 имеет 756 возможных белковые взаимодействия.[25] Эти взаимодействия основаны на результатах в базе данных Molecular Interaction, которая предоставила два возможных взаимодействия белков. Эти два белка описаны в таблице ниже.

СокращениеНазвание протеинаПрисоединение белка NCBIСотовая связьФункция
CDC5L5-подобный белок цикла деления клеткиNP_001244ядрорегуляция транскрипции и обработка мРНК [32]
SNW1Белок, взаимодействующий с лыжамиNP_036377.1ядрообработка мРНК [33]

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000066557 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000063052 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ "Entrez Gene: богатый лейцином повтор, содержащий 40".
  6. ^ Ченна Р., Сугавара Х., Коике Т., Лопес Р., Гибсон Т.Дж., Хиггинс Д.Г., Томпсон Д.Д. (июль 2003 г.). «Множественное выравнивание последовательностей с помощью программ серии Clustal». Нуклеиновые кислоты Res. 31 (13): 3497–500. Дои:10.1093 / нар / гкг500. ЧВК  168907. PMID  12824352.
  7. ^ а б "NCBI BLAST".
  8. ^ «Дерево времени».
  9. ^ а б "Нуклеотид NCBI: NM_017768.4".
  10. ^ "Нуклеотид NCBI: XP_513483".
  11. ^ «Нуклеотид NCBI: NM_001131180».
  12. ^ «Нуклеотид NCBI: AB179219».
  13. ^ «Нуклеотид NCBI: XM_002750952.1».
  14. ^ "Нуклеотид NCBI: XM_003127928".
  15. ^ "Нуклеотид NCBI: NM_024194".
  16. ^ "Нуклеотид NCBI: XM_001379417".
  17. ^ "Нуклеотид NCBI: NM_001031295".
  18. ^ "Нуклеотид NCBI: XM_002188367".
  19. ^ "Нуклеотид NCBI: NM_001011310".
  20. ^ "Нуклеотид NCBI: NM_199862".
  21. ^ «Нуклеотид NCBI: BT043621».
  22. ^ «Нуклеотид NCBI: XM_001640230».
  23. ^ "Нуклеотид NCBI: XM_001842697.1".
  24. ^ "NCBI Gene: 55631".
  25. ^ а б «Генные карты: LRRC40».
  26. ^ а б "Профили GEO: LRRC40 GDS596".
  27. ^ Кобе Б., Каява А.В. (декабрь 2001 г.). «Богатый лейцином повтор как мотив узнавания белка». Curr. Мнение. Struct. Биол. 11 (6): 725–32. Дои:10.1016 / S0959-440X (01) 00266-4. PMID  11751054.
  28. ^ «ExPASy: вычислить PI / Mw». Архивировано из оригинал 23 июля 2003 г.
  29. ^ "PSORTII: Инструмент локализации белков".[постоянная мертвая ссылка ]
  30. ^ «Сервер NetPhos 2.0: прогноз фосфорилирования».
  31. ^ "NCBI MMDB: Inla S192n G194S".
  32. ^ "МЯТ: CDC5L". Архивировано из оригинал 18 февраля 2013 г.
  33. ^ «МЯТ: SNW1». Архивировано из оригинал 18 февраля 2013 г.