Геноматикс - Genomatix

Genomatix GmbH
GmbH
ПромышленностьБиоинформатика
Основан1997
ОсновательДоктор Томас Вернер
Штаб-квартираМюнхен, Германия
Интернет сайтhttp://www.genomatix.de

Genomatix GmbH это вычислительная биология компания со штаб-квартирой в Мюнхен, Германия, с местонахождением в Анн-Арбор, Мичиган, СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ.

История

Genomatix была основана в 1997 году доктором Томасом Вернером как дочерняя компания Helmholtz Zentrum München (ранее «GSF - Немецкий национальный исследовательский институт окружающей среды и здоровья»). Helmholtz Zentrum Munich является частью Ассоциация немецких исследовательских центров им. Гельмгольца. Компания Genomatix была пионером в области анализа и понимания эукариотических генная регуляция.

Программные инструменты Genomatix

Genomatix предлагает комплексные решения[модное слово ] и базы данных для аннотация генома и анализ регулирования.

В портфеле продукции Genomatix есть решения[модное слово ] для:

• Литература и разработка путей
• Фактор транскрипции анализ
• Аннотации генома, объединяющие широкий спектр источников транскриптов и особое внимание к регуляторным регионам
• Технология анализа для высокопроизводительных геномных технологий (микрочипы и следующее поколение последовательность действий )

Литературный майнинг
LitInspector - это инструмент для поиска литературы, обеспечивающий поиск путей передачи генов и сигналов в базе данных PubMed NCBI.[1][2]

Путь добычи
GePS
БиблиоСфера

Текущее исследование

Персонализированная медицина разработана для Genomatix.[3] Genomatix участвует в нескольких проектах и ​​международных конференциях, например. 5-я конференция на Санторини - «Функциональная геномика на пути к персонализированному здравоохранению» [4]

С 2008 года Genomatix уделяет большое внимание анализу данных секвенирования нового поколения. Genomatix развертывает свои решения из-за большого объема данных и потребности в высокопроизводительных вычислительных мощностях.[модное слово ] как внутренние установки (программный комплект оборудования)

Доступны две системы:

1. Genomatix Mining Station (GMS) основана на патентованной парадигме распознавания геномных образов, или GenomeThesaurus, которая позволяет вводить считанные необработанные последовательности и дополнительные файлы качества с любого оборудования для глубокого секвенирования. Он обеспечивает сверхбыстрое отображение последовательностей любой длины (начиная с 8bp) без практических ограничений на количество точечных мутаций и / или вставок и удалений, которые могут быть приняты во внимание в процессе картирования. В зависимости от характера эксперимента GMS может обеспечить обнаружение и генотипирование SNP, анализ числа копий и анализ малых РНК. Для данных ChIPseq GMS обеспечивает кластеризацию и поиск пиков, а также выполняет автоматическую идентификацию шаблона привязки. Для экспериментов RNAseq нормализованные значения экспрессии рассчитываются на уровне экзона и транскрипта. Также предусмотрен специальный GenomeThesaurus для потенциальных сплайсинговых соединений, который позволяет анализировать сплайсинговые соединения и идентифицировать новые транскрипционные единицы.

Для секвенирования генома и вновь секвенированных геномов будет предоставлена ​​сборка de novo.

2. Genomatix Genome Analyzer (GGA) предоставляет последующие программные инструменты и базы данных для глубокого биологического анализа данных, поступающих из GMS. Это позволяет легко интегрировать и визуализировать терабайты фоновой аннотации базы данных генома ElDorado. GGA подробно аннотирует геномные координаты и окружающие области, полученные с помощью GMS или любой другой процедуры картирования. Кластеризация и обнаружение пиков, анализ филогенетической консервации, крупномасштабный корреляционный анализ с аннотированными геномными элементами, мета-анализ корреляции данных между различными экспериментами, поиск путей для групп идентифицированных генов, анализ сайта связывания транскрипционного фактора (TFBS) (идентификация, сверх- представление, анализ партнеров по связыванию, идентификация каркаса, филогенетическая консервация, регуляторные эффекты SNP) и многое другое - все это процессы, выполняемые на GGA.

Genomatix представляет первую в мире платформу для интегрированного анализа данных для анализа секвенирования следующего поколения с пользовательскими рабочими процессами, адаптированными к конкретным потребностям, с помощью GGA и GMS.

Дальнейшее развитие будет заключаться в объединении данных из клинических источников и медицинских приложений. В рамках консультационной платформы Genomatix уже были начаты пилотные проекты, связывающие информацию о генотипе и фенотипе.

Рекомендации

  1. ^ Frisch, M; Klocke, B; Haltmeier, M; Фреч, К. (2009). «LitInspector: литература и анализ путей передачи сигналов в тезисах PubMed». Нуклеиновые кислоты Res. 37: W135-40. Дои:10.1093 / nar / gkp303. ЧВК  2703902. PMID  19417065.
  2. ^ [1] Стартовая страница LitInspector.
  3. ^ [2] В архиве 2010-07-25 на Wayback Machine Genomatix и персонализированная медицина.
  4. ^ [3] Конференция о персонализированном здравоохранении.