GAPVD1 - GAPVD1

GAPVD1
Идентификаторы
Псевдонимы	GAPVD1, GAPEX5, GAPex-5, RAP6, белок, активирующий GTPase, и домены VPS9 1
Внешние идентификаторы	OMIM: 611714 MGI: 1913941 ГомолоГен: 32637 Генные карты: GAPVD1
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 9 (человек)[1] Группа 9q33.3 Начинать 125,261,794 бп[1] Конец 125,367,207 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 2 (мышь)[2] Группа 2 | 2 млрд Начинать 34,674,594 бп[2] Конец 34,755,232 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • GTPase активирует связывание с белками • GO: 0005097, GO: 0005099, GO: 0005100 Активность активатора GTPase • активность фактора обмена гуанил-нуклеотидов • Раб гуанил-нуклеотидный фактор обмена активность • связывание кадгерина • GO: 0001948 связывание с белками Сотовый компонент • эндосома • мембрана • цитозоль Биологический процесс • GO: 0043087, GO: 0032313, GO: 0032319, GO: 0032314, GO: 0043088 регуляция активности GTPase • эндоцитоз • регулирование транспорта белка • преобразование сигнала • GO: 0032320, GO: 0032321, GO: 0032855, GO: 0043089, GO: 0032854 положительная регуляция активности GTPase • мембранная организация Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	26130	66691
Ансамбль	ENSG00000165219	ENSMUSG00000026867
UniProt	Q14C86	Q6PAR5
RefSeq (мРНК)	NM_001282679 NM_001282680 NM_001282681 NM_015635 NM_001330777 NM_001330778 NM_001354293 NM_001354294 NM_001354295 NM_001354296 NM_001354297 NM_001354298 NM_001354299 NM_001354300 NM_001354301	NM_025709 NM_001356441
RefSeq (белок)	NP_001269608 NP_001269609 NP_001269610 NP_001317706 NP_001317707 NP_056450 NP_001341222 NP_001341223 NP_001341224 NP_001341225 NP_001341226 NP_001341227 NP_001341228 NP_001341229 NP_001341230	NP_079985 NP_001343370
Расположение (UCSC)	Chr 9: 125,26 - 125,37 Мб	Chr 2: 34,67 - 34,76 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Белок, активирующий ГТФазу, и домены VPS9 1, также известный как GAPVD1, Гапекс-5 и RME-6 это белок который у человека кодируется GAPVD1 ген.^[5][6]

Функция

GAPVD1 - это Раб GTPase фактор обмена гуаниновых нуклеотидов необходимо для активации RAB5A во время поглощения апоптотический клетки.^[7] GAPVD1 также участвует в деградации рецептор эпидермального фактора роста.^[8]Активация Rab5, опосредованная Gapex-5, участвует в стимулированном инсулином образовании плазматической мембраны. фосфатидилинозитол-3-фосфат.^[9]

Структура

На основе гомологии последовательностей было показано, что Gapex-5 млекопитающих имеет аминоконцевой Ras ЗАЗОР домен, центральный полипролин (SH3 связывающей) области и карбоксиконцевого Rab ГЭФ домен. Домен RabGEF предложили активировать Rab5^[10] и Rab31.^[11]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000165219 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000026867 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. «Ген Entrez: белок, активирующий GTPase GAPVD1 и домены 1 VPS9».
6. Хункер С.М., Гальвис А., Крук И., Джамбини Х., Вейсага М.Л., Барбьери М.А. (февраль 2006 г.). «Rab5-активирующий белок 6, новый эндосомальный белок, играющий роль в эндоцитозе». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 340 (3): 967–75. Дои:10.1016 / j.bbrc.2005.12.099. PMID  16410077.
7. Китано М., Накая М., Накамура Т., Нагата С., Мацуда М. (май 2008 г.). «Визуализация активности Rab5 выявляет важные регуляторы созревания фагосом». Природа. 453 (7192): 241–5. Дои:10.1038 / природа06857. PMID  18385674.
8. Су X, Kong C, Stahl PD (июль 2007 г.). «GAPex-5 опосредует убиквитинирование, перенос и деградацию рецептора эпидермального фактора роста». J. Biol. Chem. 282 (29): 21278–84. Дои:10.1074 / jbc.M703725200. PMID  17545148.
9. Лодхи И.Дж., Бриджес Д., Чанг С.Х., Чжан Ю., Ченг А., Гелетка Л.М., Вайсман Л.С., Салтиель А.Р. (июль 2008 г.). «Инсулин стимулирует производство фосфатидилинозитол-3-фосфата за счет активации Rab5». Мол. Биол. Клетка. 19 (7): 2718–28. Дои:10.1091 / mbc.E08-01-0105. ЧВК  2441665. PMID  18434594.
10. Су X, Лоди И.Дж., Салтиель А.Р., Шталь ДП (сентябрь 2006 г.). «Стимулируемое инсулином взаимодействие между субстратом 1 рецептора инсулина и p85alpha и активация протеинкиназы B / Akt требует Rab5». J. Biol. Chem. 281 (38): 27982–90. Дои:10.1074 / jbc.M602873200. PMID  16880210.
11. Лодхи И.Дж., Чанг С.Х., Чанг Л., Волленвейдер Д., Уотсон Р.Т., Иноуэ М., Пессин Дж.Э., Салтиель А.Р. (январь 2007 г.). "Gapex-5, фактор обмена гуаниновых нуклеотидов Rab31, который регулирует перемещение Glut4 в адипоцитах". Cell Metab. 5 (1): 59–72. Дои:10.1016 / j.cmet.2006.12.006. ЧВК  1779820. PMID  17189207.

дальнейшее чтение

• Су X, Kong C, Stahl PD (2007). «GAPex-5 опосредует убиквитинирование, перенос и деградацию рецептора эпидермального фактора роста». J. Biol. Chem. 282 (29): 21278–84. Дои:10.1074 / jbc.M703725200. PMID  17545148.
• Ханкер С.М., Гальвис А., Крук И. и др. (2006). «Rab5-активирующий белок 6, новый эндосомальный белок, играющий роль в эндоцитозе». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 340 (3): 967–75. Дои:10.1016 / j.bbrc.2005.12.099. PMID  16410077.
• Джин Дж., Смит Ф. Д., Старк С. и др. (2004). «Протеомный, функциональный и доменный анализ in vivo 14-3-3 связывающих белков, участвующих в регуляции цитоскелета и клеточной организации». Curr. Биол. 14 (16): 1436–50. Дои:10.1016 / j.cub.2004.07.051. PMID  15324660. S2CID  2371325.
• Босолей С.А., Едриховски М., Шварц Д. и др. (2004). «Широкомасштабная характеристика ядерных фосфопротеинов клеток HeLa». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 101 (33): 12130–5. Дои:10.1073 / pnas.0404720101. ЧВК  514446. PMID  15302935.
• Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека». Nat. Genet. 36 (1): 40–5. Дои:10,1038 / ng1285. PMID  14702039.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Нагасе Т., Кикуно Р., Исикава К. и др. (2000). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неидентифицированных генов человека. XVII. Полные последовательности 100 новых клонов кДНК из мозга, которые кодируют большие белки in vitro». ДНК Res. 7 (2): 143–50. Дои:10.1093 / dnares / 7.2.143. PMID  10819331.
• Боналдо М.Ф., Леннон Г., Соарес МБ (1997). «Нормализация и вычитание: два подхода для облегчения открытия генов». Genome Res. 6 (9): 791–806. Дои:10.1101 / гр.6.9.791. PMID  8889548.
• Адамс, доктор медицины, Керлаваж А.Р., Флейшманн, Р.Д. и др. (1995). «Первоначальная оценка разнообразия генов человека и паттернов экспрессии на основе 83 миллионов нуклеотидов последовательности кДНК» (PDF). Природа. 377 (6547 Прил.): 3–174. PMID  7566098.