Белок, связывающий элементы 1 далеко вверх по течению - Far upstream element-binding protein 1

FUBP1
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 1J4W, 2KXH, 4LIJ
Идентификаторы
Псевдонимы	FUBP1, FBP, FUBP, hDH V, белок 1, связывающий далеко предшествующий элемент
Внешние идентификаторы	OMIM: 603444 MGI: 1196294 ГомолоГен: 48253 Генные карты: FUBP1
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 1 (человек)[1] Группа 1п31.1 Начните 77,944,055 бп[1] Конец 77,979,110 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 3 (мышь)[2] Группа 3 H3 | 3 77,05 см Начните 152,210,422 бп[2] Конец 152,236,826 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • GO: 0001948 связывание с белками • связывание нуклеиновой кислоты • связывание одноцепочечной ДНК • GO: 0001131, GO: 0001151, GO: 0001130, GO: 0001204 Активность ДНК-связывающего фактора транскрипции • Связывание ДНК • Связывание РНК Сотовый компонент • ядро клетки • нуклеоплазма Биологический процесс • положительная регуляция экспрессии генов • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • транскрипция с промотора РНК-полимеразы II • транскрипция, ДНК-шаблон Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	8880	51886
Ансамбль	ENSG00000162613	ENSMUSG00000028034
UniProt	Q96AE4	Q91WJ8
RefSeq (мРНК)	NM_001303433 NM_003902 NM_001376055 NM_001376056 NM_001376057	NM_057172 NM_001355366 NM_001355367 NM_001355368 NM_001355369 NM_001355370 NM_001355371 NM_001355372 NM_001355373 NM_001355374
RefSeq (белок)	NP_001290362 NP_003893 NP_001362984 NP_001362985 NP_001362986	NP_476513 NP_001342295 NP_001342296 NP_001342297 NP_001342298 NP_001342299 NP_001342300 NP_001342301 NP_001342302 NP_001342303
Расположение (UCSC)	Chr 1: 77.94 - 77.98 Мб	Chr 3: 152.21 - 152.24 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Белок, связывающий элементы 1 далеко вверх по течению это белок что у людей кодируется FUBP1 ген.^[5][6]

Этот ген кодирует связывающий оцДНК белок, который активирует дальний восходящий элемент (FUSE) c-myc и стимулирует экспрессию c-myc в недифференцированных клетках. Регуляция FUSE с помощью FUBP происходит посредством однонитевого связывания FUBP с некодирующей цепью. Было показано, что этот белок действует как АТФ-зависимая ДНК-геликаза.^[6]

Взаимодействия

Было показано, что белок 1, связывающий элементы, находящийся далеко выше по течению, взаимодействовать с участием MAPK14^[7] и SMN1.^[8]

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000162613 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000028034 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Дункан Р., Базар Л., Микелотти Дж., Томонага Т., Крутч Х., Авиган М., Левенс Д. (апрель 1994 г.). «Последовательно-специфичный, одноцепочечный связывающий белок активирует расположенный далеко вверх по течению элемент c-myc и определяет новый ДНК-связывающий мотив». Genes Dev. 8 (4): 465–80. Дои:10.1101 / gad.8.4.465. PMID  8125259.
6. «Ген Entrez: белок 1, связывающий далеко вышестоящий элемент (FUSE) FUBP1».
7. Ким, Мин Чжон; Пак Бом-Джун; Кан Ён-Сун; Ким Хён Джун; Пак Чжэ Хён; Кан Чон У; Ли Сан Вон; Хан Чжон Мин; Ли Хан-Ун; Ким Сонхун (июль 2003 г.). «Подавление FUSE-связывающего белка и c-myc кофактором тРНК-синтетазы p38 требуется для дифференцировки клеток легких». Nat. Genet. Соединенные Штаты. 34 (3): 330–6. Дои:10.1038 / ng1182. ISSN  1061-4036. PMID  12819782.
8. Уильямс, Б. И .; Гамильтон С. Л.; Саркар Х. К. (март 2000 г.). «Белок выживания двигательных нейронов взаимодействует с трансактиваторным связывающим белком FUSE из мозга плода человека». FEBS Lett. НИДЕРЛАНДЫ. 470 (2): 207–10. Дои:10.1016 / S0014-5793 (00) 01320-X. ISSN  0014-5793. PMID  10734235.

дальнейшее чтение

• Уильямс BY, Гамильтон SL, Саркар HK (2000). «Белок выживания мотонейрона взаимодействует с трансактиваторным связывающим белком FUSE из мозга плода человека». FEBS Lett. 470 (2): 207–10. Дои:10.1016 / S0014-5793 (00) 01320-X. PMID  10734235.
• Лю Дж., Хе Л., Коллинз И. и др. (2000). «Репрессор, взаимодействующий с FBP, нацелен на TFIIH, чтобы ингибировать активированную транскрипцию». Мол. Ячейка. 5 (2): 331–41. Дои:10.1016 / S1097-2765 (00) 80428-1. PMID  10882074.
• Марковцов В., Николич Ю.М., Гольдман Ю.А. и др. (2000). «Совместная сборка комплекса hnRNP, индуцированная тканеспецифическим гомологом белка, связывающего полипиримидиновый тракт». Мол. Cell. Биол. 20 (20): 7463–79. Дои:10.1128 / MCB.20.20.7463-7479.2000. ЧВК  86300. PMID  11003644.
• Он Л., Вебер А., Левенс Д. (2000). «Детерминанты ядерного нацеливания на белок, связывающий далеко вышестоящий элемент, фактор транскрипции c-myc». Нуклеиновые кислоты Res. 28 (22): 4558–65. Дои:10.1093 / nar / 28.22.4558. ЧВК  113884. PMID  11071946.
• Виндини А, Очем А, Триоло Г, Фаласки А (2001). «Идентификация ДНК-геликазы V человека с белком, связывающим элементы далеко вверх по течению». Нуклеиновые кислоты Res. 29 (5): 1061–7. Дои:10.1093 / nar / 29.5.1061. ЧВК  29729. PMID  11222755.
• Лю Дж., Акулитчев С., Вебер А. и др. (2001). «Нарушение взаимодействия активаторов и репрессоров с TFIH в xeroderma pigmentosum». Ячейка. 104 (3): 353–63. Дои:10.1016 / S0092-8674 (01) 00223-9. PMID  11239393.
• Брэддок Д. Т., Луи Дж. М., Бабер Дж. Л. и др. (2002). «Структура и динамика KH доменов от FBP, связанных с одноцепочечной ДНК». Природа. 415 (6875): 1051–6. Дои:10.1038 / 4151051a. PMID  11875576.
• Раппсилбер Дж, Райдер У, Ламонд А.И., Манн М (2002). «Масштабный протеомный анализ сплайсосомы человека». Genome Res. 12 (8): 1231–45. Дои:10.1101 / гр 473902. ЧВК  186633. PMID  12176931.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002ПНАС ... 9916899М. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Ким MJ, Пак Би Джей, Кан Ю.С. и др. (2003). «Подавление FUSE-связывающего белка и c-myc кофактором тРНК-синтетазы p38 требуется для дифференцировки клеток легких». Nat. Genet. 34 (3): 330–6. Дои:10.1038 / ng1182. PMID  12819782.
• Бранденбергер Р., Вэй Х., Чжан С. и др. (2005). «Характеристика транскриптома проясняет сигнальные сети, которые контролируют рост и дифференцировку ES-клеток человека». Nat. Биотехнология. 22 (6): 707–16. Дои:10.1038 / nbt971. PMID  15146197.
• Босолей С.А., Едриховски М., Шварц Д. и др. (2004). «Широкомасштабная характеристика ядерных фосфопротеинов клеток HeLa». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 101 (33): 12130–5. Bibcode:2004ПНАС..10112130Б. Дои:10.1073 / pnas.0404720101. ЧВК  514446. PMID  15302935.
• Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). «Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)». Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК  528928. PMID  15489334.
• Кузин Ф., Лю Дж., Сэнфорд С. и др. (2004). «Динамический ответ вышестоящей ДНК на вызванный транскрипцией скручивающий стресс». Nat. Struct. Мол. Биол. 11 (11): 1092–100. Дои:10.1038 / nsmb848. PMID  15502847.
• Раш Дж., Мориц А., Ли К.А. и др. (2005). «Иммуноаффинное профилирование фосфорилирования тирозина в раковых клетках». Nat. Биотехнология. 23 (1): 94–101. Дои:10.1038 / nbt1046. PMID  15592455.
• Stelzl U, Worm U, Lalowski M, et al. (2005). «Сеть белок-белкового взаимодействия человека: ресурс для аннотирования протеома». Ячейка. 122 (6): 957–68. Дои:10.1016 / j.cell.2005.08.029. PMID  16169070.
• Депутат Фауч, Врабель А.М., Джонсон Д.Х. (2006). «Идентификация миоцилин-ассоциированных белков в трабекулярной сети человека». Exp. Глаз Res. 82 (6): 1046–52. Дои:10.1016 / j.exer.2005.09.016. PMID  16289162.
• Лю Дж., Кузин Ф., Не З. и др. (2006). «Система FUSE / FBP / FIR / TFIIH - это молекулярная машина, программирующая импульс экспрессии c-myc». EMBO J. 25 (10): 2119–30. Дои:10.1038 / sj.emboj.7601101. ЧВК  1462968. PMID  16628215.
• Ко Х.С., Ким С.В., Шрирам С.Р. и др. (2006). «Идентификация расположенного далеко вверх по течению элемента связывающего белок-1 как подлинного субстрата Паркина». J. Biol. Chem. 281 (24): 16193–6. Дои:10.1074 / jbc.C600041200. PMID  16672220.