Компонент экзосомы 1 - Exosome component 1

EXOSC1
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2NN6
Идентификаторы
Псевдонимы	EXOSC1, CGI-108, CSL4, Csl4p, SKI4, Ski4p, hCsl4p, p13, компонент экзосомы 1
Внешние идентификаторы	OMIM: 606493 MGI: 1913833 ГомолоГен: 9359 Генные карты: EXOSC1
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 10 (человек)[1] Группа 10q24.1 Начните 97,435,909 бп[1] Конец 97,446,017 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 19 (мышь)[2] Группа 19 | 19 C3 Начните 41,922,292 бп[2] Конец 41,933,423 бп[2]
Генная онтология Молекулярная функция • активность экзорибонуклеазы • GO: 0001948 связывание с белками • Связывание РНК Сотовый компонент • цитоплазма • цитозоль • ядерная экзосома (РНКазный комплекс) • ядрышко • экзосома (комплекс РНКазы) • нуклеоплазма • ядро клетки Биологический процесс • регуляция стабильности мРНК • экзонуклеолитическая транскрибируемая ядерной мРНК катаболический процесс, вовлеченный в зависимый от деаденилирования распад • обработка рРНК • Гидролиз фосфодиэфирной связи РНК, экзонуклеолитический • Обработка РНК Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	51013	66583
Ансамбль	ENSG00000171311	ENSMUSG00000034321
UniProt	Q9Y3B2	Q9DAA6
RefSeq (мРНК)	NM_016046 NM_001318362 NM_001318363 NM_001318364 NM_001318365 NM_001318366	NM_001164561 NM_025644 NM_001320231 NM_001320232 NM_001320233
RefSeq (белок)	NP_001305291 NP_001305292 NP_001305293 NP_001305294 NP_001305295 NP_057130	NP_001158033 NP_001307160 NP_001307161 NP_001307162 NP_079920
Расположение (UCSC)	Chr 10: 97.44 - 97.45 Мб	Chr 19: 41.92 - 41.93 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Гомолог 3'-5 'экзорибонуклеазы CSL4 является фермент что у людей кодируется EXOSC1 ген.^[5][6][7]

Этот ген кодирует основной компонент экзосомальный комплекс. Экзосома млекопитающих необходима для быстрой деградации РНК, содержащей богатые элементы AU, но не для укорочения поли (A). Ассоциация этого белка с экзосомой опосредуется белок-белковыми взаимодействиями с рибосомным РНК-процессирующим белком 42 и рибосомальным РНК-процессирующим белком 46.^[7]

Взаимодействия

Компонент 1 экзосомы может взаимодействовать с:

• Компонент экзосомы 5,^[5][8]
• Компонент экзосомы 6,^[8] и
• Компонент экзосомы 7.^[5][8]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000171311 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000034321 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Raijmakers R, Noordman YE, van Venrooij WJ, Pruijn GJ (январь 2002 г.). «Белок-белковые взаимодействия hCsl4p с другими субъединицами экзосом человека». Дж Мол Биол. 315 (4): 809–18. Дои:10.1006 / jmbi.2001.5265. PMID  11812149.
6. Chen CY, Gherzi R, Ong SE, Chan EL, Raijmakers R, Pruijn GJ, Stoecklin G, Moroni C, Mann M, Karin M (ноябрь 2001 г.). «Связывающие белки AU рекрутируют экзосому для разрушения мРНК, содержащих ARE». Клетка. 107 (4): 451–64. Дои:10.1016 / S0092-8674 (01) 00578-5. PMID  11719186. S2CID  14817671.
7. «Энтрез Ген: экзосомный компонент 1 EXOSC1».
8. Raijmakers R, Egberts WV, van Venrooij WJ, Pruijn GJ (ноябрь 2002 г.). «Белковые взаимодействия между компонентами экзосом человека поддерживают сборку субъединиц РНКазы PH в шестичленное кольцо, подобное PNPase». J. Mol. Биол. 323 (4): 653–63. Дои:10.1016 / с0022-2836 (02) 00947-6. PMID  12419256.

дальнейшее чтение

• Lai CH, Chou CY, Ch'ang LY и др. (2000). «Идентификация новых человеческих генов, эволюционно консервативных у Caenorhabditis elegans, с помощью сравнительной протеомики». Genome Res. 10 (5): 703–13. Дои:10.1101 / гр.10.5.703. ЧВК  310876. PMID  10810093.
• ван Хоф А., Скобы Р. Р., Бейкер Р. Р., Паркер Р. (2000). «Функция белков ski4p (Csl4p) и Ski7p в 3'-к-5'-деградации мРНК». Мол. Cell. Биол. 20 (21): 8230–43. Дои:10.1128 / MCB.20.21.8230-8243.2000. ЧВК  86432. PMID  11027292.
• Брауэр Р., Аллманг С., Райджмейкерс Р. и др. (2001). «Три новых компонента экзосомы человека». J. Biol. Chem. 276 (9): 6177–84. Дои:10.1074 / jbc.M007603200. PMID  11110791.
• Брауэр Р., Ври Эгбертс В. Т., Хенгстман Г. Дж. И др. (2002). «Аутоантитела, направленные к новым компонентам комплекса PM / Scl, экзосомы человека». Артрит Res. 4 (2): 134–8. Дои:10.1186 / ar389. ЧВК  83843. PMID  11879549.
• Райджмакерс Р., Эгбертс В.В., ван Венроой В.Дж., Пруейн Г.Дж. (2002). «Белковые взаимодействия между компонентами экзосом человека поддерживают сборку субъединиц РНКазы PH в шестичленное кольцо, подобное PNPase». J. Mol. Биол. 323 (4): 653–63. Дои:10.1016 / S0022-2836 (02) 00947-6. PMID  12419256.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека». Nat. Genet. 36 (1): 40–5. Дои:10,1038 / ng1285. PMID  14702039.
• Делукас П., Earthrowl ME, Grafham DV, et al. (2004). «Последовательность ДНК и сравнительный анализ хромосомы 10 человека». Природа. 429 (6990): 375–81. Дои:10.1038 / природа02462. PMID  15164054.
• Ленер Б, Сандерсон CM (2004). «Структура взаимодействия белков для деградации мРНК человека». Genome Res. 14 (7): 1315–23. Дои:10.1101 / gr.2122004. ЧВК  442147. PMID  15231747.
• Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). «Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)». Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК  528928. PMID  15489334.
• Андерсен Дж. С., Лам Ю. В., Леунг А. К. и др. (2005). «Динамика нуклеолярного протеома». Природа. 433 (7021): 77–83. Дои:10.1038 / природа03207. PMID  15635413. S2CID  4344740.
• Руал Дж. Ф., Венкатесан К., Хао Т. и др. (2005). «К карте протеомного масштаба сети взаимодействия белок-белок человека». Природа. 437 (7062): 1173–8. Дои:10.1038 / природа04209. PMID  16189514. S2CID  4427026.
• Кимура К., Вакамацу А., Сузуки Ю. и др. (2006). «Диверсификация транскрипционной модуляции: широкомасштабная идентификация и характеристика предполагаемых альтернативных промоторов генов человека». Genome Res. 16 (1): 55–65. Дои:10.1101 / гр. 4039406. ЧВК  1356129. PMID  16344560.