Род первоначально относился к семьяTrematochampsidae в 1989 году. Близкое родство с баурусухиды также рассматривался.[2] Однако он был отнесен к этому семейству лишь ориентировочно на основании некоторых особенностей черепного скелета. Некоторые особенности, такие как широкая вогнутость симфиз и латерально сжатые зубы, не ограничиваются трематохампсидами и встречаются у некоторых себекозухий, таких как Baurusuchus и Себекус. Другие функции, такие как надугловой входящие в состав краниомандибулярного сочленения, также можно найти во многих базальный мезоэукрокодилианы. Позже филогенетический анализ размещен Эремозух в пределах подотряд Sebecosuchia.[3] В настоящее время считается, что это один из многих предположительно назначенных sebecosuchians, которые не могут быть прочно помещены в какую-либо одну семью. Считается ближайшим родственником рода Pehuenchesuchus.[4]
