ДОК - DOCK
| Оригинальный автор (ы) | Брайан К. Шойхет, Дэвид А. Кейс, Роберт Риццо |
|---|---|
| Разработчики) | Калифорнийский университет в Сан-Франциско |
| изначальный выпуск | 1982 |
| Стабильный выпуск | 3 ряд: 3,7; 6 серия: 6.7 / 12 февраля 2015 г. |
| Написано в | ДОК 3: Фортран, C ДОК 6: C ++, C, Фортран 77 |
| Операционная система | ДОК 3: исходный код ДОК 6: Linux, macOS, Windows |
| Платформа | x86, x86-64 |
| Размер | 100 МБ |
| Доступно в | английский |
| Тип | Молекулярный стыковка |
| Лицензия | Проприетарный: бесплатное ПО академический коммерческий |
| Интернет сайт | док |
Программа UCSF ДОК была создана в 1980-х годах Ирвин "Гвоздь" Кунц группы, и был первым стыковка программа.[1] DOCK использует геометрические алгоритмы для предсказания способов связывания малых молекул.[2][3][4] Брайан К. Шойхет, Дэвид А. Кейс и Роберт Риццо являются разработчиками DOCK.
Активно разрабатываются две версии программы стыковки: DOCK 6 и DOCK 3.
Методы отбора лигандов, используемые программой DOCK, включают.
- Жесткая стыковка: соответствие формы, использование сфер, помещенных в карман, и выполнение двудольное соответствие между этими сферами и молекулой (все версии).
- Гибкий лиганд учитывается с помощью следующих методов: алгоритм, называемый закрепиться и расти (v4-v6),[2] и иерархическая стыковка баз данных (v3.5-3.7).[5][6]
А молекулярная динамика движок был реализован в DOCK v6 группой Дэвида А. Кейса в функции оценки ЯНТАРЬ счет. Эта способность учитывает гибкость рецептора и позволяет ранжировать по энергетическим ансамблям в расчетах стыковки.[4]
Смотрите также
- AutoDock
- Молекулярное моделирование
- Сравнение программного обеспечения для моделирования молекулярной механики
Рекомендации
- ^ Кунц, ID; Blaney, JM; Оатли, SJ; Langridge, R; Феррин Т.Э. (1982). «Геометрический подход к взаимодействиям макромолекул-лиганд». Журнал молекулярной биологии. 161 (2): 269–88. Дои:10.1016 / 0022-2836 (82) 90153-Х. PMID 7154081.
- ^ а б Юинг, Т.Дж.; Макино, С; Skillman, AG; Кунц, И. Д. (2001). «DOCK 4.0: стратегии поиска для автоматического молекулярного стыковки гибких баз данных молекул». Журнал компьютерного молекулярного дизайна. 15 (5): 411–28. Дои:10.1023 / А: 1011115820450. PMID 11394736.
- ^ Moustakas, DT; Lang, PT; Пегг, S; Петтерсен, Э; Кунц, ID; Brooijmans, N; Риццо, RC (2006). «Разработка и проверка модульной расширяемой стыковочной программы: DOCK 5». Журнал компьютерного молекулярного дизайна. 20 (10–11): 601–19. Дои:10.1007 / s10822-006-9060-4. PMID 17149653.
- ^ а б Lang, PT; Brozell, SR; Мукерджи, S; Петтерсен, EF; Meng, EC; Томас, V; Риццо, RC; Дело, DA; и другие. (2009). «ДОК 6: Комбинирование методов для моделирования комплексов РНК – малые молекулы». РНК. 15 (6): 1219–30. Дои:10.1261 / rna.1563609. ЧВК 2685511. PMID 19369428.
- ^ Лорбер, DM; Шойчет, Б.К. (1998). «Стыковка гибких лигандов с использованием конформационных ансамблей». Белковая наука. 7 (4): 938–950. Дои:10.1002 / pro.5560070411. ЧВК 2143983. PMID 9568900.
- ^ Лорбер, DM; Шойчет, Б.К. (2005). «Иерархическая стыковка баз данных множественных конформаций лигандов». Curr Top Med Chem. 5 (8): 739–49. Дои:10.2174/1568026054637683. ЧВК 1364474. PMID 16101414.