Конкурирующие базы данных и ресурсы по эндогенной РНК (цРНК) - Competing endogenous RNA (ceRNA) databases and resources

Конкурирующие эндогенные РНК (цРНК, также называемые губками miRNA) гипотеза: цРНК регулировать другие Транскрипты РНК (например, PTEN), соревнуясь за общие микроРНК.[1] Они играют важную роль в развитии, физиологический и патологический процессы, такие как рак. Множественные классы нкРНК (днРНК, циркуРНК, псевдогены) и белок -кодирующие мРНК функционируют как ключевые цРНК (губки) и регулировать экспрессию мРНК в растения и млекопитающее клетки.[2]

Эти конкурирующие базы данных и ресурсы эндогенной РНК (ceRNA) представляют собой компиляцию баз данных, веб-порталов и серверов, используемых для предсказания ceRNA и сетей ceRNA.

ИмяОписаниетипСвязьРекомендации
ceRNABaseceRNABase предназначена для декодирования Пан-раковые сети ceRNA с участием днРНК и мРНК путем анализа 5599 опухоль и нормальные образцы и 108 наборов данных CLIP-Seq (HITS-CLIP, PAR-CLIP, iCLIP, CLASH).база данных и серверинтернет сайт[3]
CefinderКонкурирующая база данных эндогенных РНК: предсказанные кандидаты цРНК из генома.база данныхинтернет сайт[4]
ceRNAFunctionceRNAFunction - это веб-сервер для прогнозирования функций днРНК и белков из сетей ceRNA пан-рака с использованием 13 функциональных терминов (включая: GO, KEGG, BIOCARTA и т. д.).веб сервервеб сервер[3][5]
АмурАмур - это способ одновременное предсказание взаимодействий miRNA-мишень и их опосредованных взаимодействий конкурирующих эндогенных РНК (ceRNA). Это интегративный подход, который значительно улучшает точность прогнозирования мишени миРНК, что оценивается с помощью измерений уровня мРНК и белка в линиях клеток рака молочной железы. Cupid реализуется в 3 этапа: Этап 1: переоценить сайты связывания кандидатов miRNA в 3 'UTR. Шаг 2: взаимодействия прогнозируются путем интеграции информации о выбранных сайтах и ​​статистической зависимости между профилями экспрессии miRNA и предполагаемыми мишенями. Шаг 3: Купидон оценивает, конкурируют ли предполагаемые мишени за предсказанные регуляторы miRNA.программное обеспечение (MATLAB)интернет сайт[6]
ГермесГермес предсказывает взаимодействия ceRNA (конкурирующая эндогенная РНК) из профилей экспрессии кандидатных РНК и их общих регуляторов miRNA, используя условную взаимную информацию.программное обеспечение (MATLAB)интернет сайт[7]
Linc2GOресурс аннотации функций LincRNA человека, основанный на веб-сервере ceRNA.база данныхинтернет сайт[8]
.

Рекомендации

  1. ^ Салмена, L; Полисено, L; Тай, Y; Кац, Л; Пандольфи, П.П. (5 августа 2011 г.). "Гипотеза цРНК: Розеттский камень скрытого языка РНК?". Клетка. 146 (3): 353–8. Дои:10.1016 / j.cell.2011.07.014. ЧВК  3235919. PMID  21802130.
  2. ^ Тай, Y; Ринн, Дж; Пандольфи, П.П. (16 января 2014 г.). «Многослойная сложность перекрестных помех и конкуренции ceRNA». Природа. 505 (7483): 344–52. Дои:10.1038 / природа12986. ЧВК  4113481. PMID  24429633.
  3. ^ а б Ли, JH; Лю, S; Чжоу, H; Qu, LH; Ян, Дж. Х. (1 января 2014 г.). «starBase v2.0: расшифровка сетей взаимодействия miRNA-ceRNA, miRNA-ncRNA и белок-РНК из крупномасштабных данных CLIP-Seq». Исследования нуклеиновых кислот. 42 (1): D92–7. Дои:10.1093 / nar / gkt1248. ЧВК  3964941. PMID  24297251.
  4. ^ Сарвер, Алабама; Субраманиан, S (2012). «Конкурирующая база данных эндогенных РНК». Биоинформация. 8 (15): 731–3. Дои:10.6026/97320630008731. ЧВК  3449376. PMID  23055620.
  5. ^ Yang, J. -H .; Li, J. -H .; Shao, P .; Чжоу, H .; Chen, Y. -Q .; Qu, L. -H. (2010). «StarBase: база данных для изучения карт взаимодействия микроРНК-мРНК из данных Argonaute CLIP-Seq и Degradome-Seq». Исследования нуклеиновых кислот. 39 (Проблема с базой данных): D202 – D209. Дои:10.1093 / nar / gkq1056. ЧВК  3013664. PMID  21037263.
  6. ^ Чиу, Хуа-Шэн; Льобет-Навас, Давид; Ян, Сюэруй; Чунг, Вей-Джен; Амбези-Импиомбато, Альберто; Айер, Арчана; Ким, Хёнджэ «Райан»; Севиур, Елена Г .; Ло, Цзыцзюнь; Сегал, Васудха; Мосс, Тайлер; Лу, Илин; Рам, Прахлад; Сильва, Хосе; Миллс, Гордон Б .; Калифано, Андреа; Сумазин, Павел (февраль 2015). «Амур: одновременная реконструкция сетей микроРНК-мишень и цеРНК». Геномные исследования. 25 (2): 257–67. Дои:10.1101 / гр.178194.114. ЧВК  4315299. PMID  25378249.
  7. ^ Сумазин, П; Ян, Х; Чиу, HS; Чанг, WJ; Айер, А; Льобет-Навас, Д; Rajbhandari, P; Бансал, М; Guarnieri, P; Сильва, Дж; Калифано, А (14 октября 2011 г.). «Обширная микроРНК-опосредованная сеть взаимодействий РНК-РНК регулирует установленные онкогенные пути в глиобластоме». Клетка. 147 (2): 370–81. Дои:10.1016 / j.cell.2011.09.041. ЧВК  3214599. PMID  22000015.
  8. ^ Лю, К; Ян, З; Ли, У; Солнце, Z (1 сентября 2013 г.). «Linc2GO: ресурс аннотации функций LincRNA человека, основанный на гипотезе ceRNA». Биоинформатика. 29 (17): 2221–2. Дои:10.1093 / биоинформатика / btt361. PMID  23793747.

внешняя ссылка