Сравнение программного обеспечения для прогнозирования плавления ДНК - Comparison of DNA melting prediction software

Этот сравнение программного обеспечения для прогнозирования плавления ДНК включает исходный код и веб-программное обеспечение для прогнозирования ДНК таяние и структура.[1]

Типы программного обеспечения, методы, доступность и т. Д.

ИмяСсылкиОтличительные чертыМетодЯзыкПредел SeqДиссоциация
ДНК расплав[2]исходный кодСтат мехMATLAB1 Мб[3]?
MeltSim 1.0[4]исходный кодGUI за WindowsСтат мехПаскаль Delphi2 Мб?
MeltSim 1.99[4]исходный кодCLIСтат мехC?
Польша сервервеб серверСтат мехF771 кбда
Stitchprofiles.uio.noвеб серверСтат мехPerl, гнуплот480 кбНет
uMeltвеб серверСтат мехAdobe Flex3500 млрд?
WebSIDDвеб серверСтат мехC ++10 кб?
OligoCalcвеб сервер
OligoAnalyzer 3.1веб сервер

NN = Методы, использующие термодинамические параметры ближайшего соседа для предсказания олигонуклеотид температуры плавления (Тм), кривые плавления, Кривые ДСК или другие свойства, полученные из закон массового действия.

Стат мех = Статистическая механика методы, применяемые к более длинным молекулам ДНК для прогнозирования процессов плавления с промежуточными субпереходами. профили плавления рассчитываются на основе функции раздела это объясняет частично расплавленные конфигурации ДНК.

Поддерживаемые функции ввода

ИмяТипы NAКонцентрацияТермодинамический
параметры
Другой ввод
Лин ДНКциркулярная ДНКРНКLNA[Na +][Mg ++]Strand конц.
ДНК расплавдаНетНетНет????
GeneFizzдаНетНетНетНетНетНетНетФайл EMBL / Genbank
MeltSimдаНетНетНетдаНетНетда
Польша сервердаНетдаНетНетНетдаданесоответствия
Stitchprofiles.uio.noдаНетНетНетдаНетНетдаспирали
uMeltдаНетНетНетдадаНетда
WebSIDDдадаНетНетНетНетНетНетУровень стресса

Поддерживаемые функции вывода

ИмяКривые плавленияВероятность
функции
Контурные линии
(карта расплава)
Другой выход
Θ (Т)dΘ / dTбп50%Другой %
ДНК расплав??да??
GeneFizzНетНетдаНетНетотображает CDS, ген, мРНК
MeltSim?дададаНет
Польша сервер?дададаНетподвижность геля
Stitchprofiles.uio.noдаНетдададапрофили стежка, параметры FF
uMeltдадаНетдаНетдинамический профиль плавления
WebSIDDНетНетдаНетНетG (x), вероятности B-Z, # открытые точки, # открытые области, минимум E

Ссылки и примечания

  1. ^ Примечание. В это сравнение не включены программы для Предсказание структуры РНК, анализ Микрочип ДНК термодинамика, дизайн нуклеиновой кислоты (например., грунтовка дизайн) и атомистический уровень моделирование ДНК.
  2. ^ Michoel, T; Ван де Пер, Y (2006). «Матричная модель геликоидального переноса для неоднородного плавления ДНК» (PDF). Физический обзор E. 73 (1 Пт 1): 011908. Дои:10.1103 / PhysRevE.73.011908. PMID  16486186. S2CID  13395867.
  3. ^ Подход с использованием окон используется для последовательностей> 1 МБ.
  4. ^ а б Блейк, Р. Д.; Биццаро, JW; Блейк, JD; День, гр; Delcourt, SG; Ноулз, Дж; Маркс, К.А.; Санта-Люсия-младший (1999). «Статистико-механическое моделирование плавления полимерной ДНК с помощью MELTSIM». Биоинформатика. 15 (5): 370–5. Дои:10.1093 / биоинформатика / 15.5.370. PMID  10366657.

внешняя ссылка