Адам С. Сипел - Adam C. Siepel

Адам Сипел
Адам Сипел выстрел в голову.
Адам Сипел в 2009 году.
Родившийся
Адам С. Сипел

(1972-06-24) 24 июня 1972 г. (48 лет)
Соединенные Штаты
Альма-матер
Известенэволюционно консервативные последовательности
Награды
Научная карьера
Поля
Учреждения
ТезисСравнительная геномика млекопитающих: модели эволюции и обнаружения функциональных элементов  (2005)
ДокторантДэвид Хаусслер
Интернет сайтзипеллаб.labsites.cshl.edu

Адам С. Сипел (1972 г.р.) - американский вычислительный биолог, известный своими исследованиями в сравнительная геномика и популяционная генетика, в частности, разработка статистических методов и программных средств для идентификации эволюционно консервативные последовательности.[1][2][3][4] Сипел в настоящее время является председателем Центра количественной биологии Саймонса и профессором Школы биологических наук Уотсона в Лаборатория Колд-Спринг-Харбор.[5]

Образование и карьера

Зипель получил степень бакалавра наук. в сельскохозяйственной и биологической инженерии на Корнелл Университет в 1994 г. затем работал в Лос-Аламосская национальная лаборатория до 1996 года. С 1996 по 2001 год работал разработчиком программного обеспечения в Национальный центр геномных ресурсов в Санта-Фе, при завершении M.S. в области компьютерных наук в Университет Нью-Мексико. Он получил степень доктора философии. в области компьютерных наук из Калифорнийский университет в Санта-Крус в 2005г. учился на факультете Корнелл Университет с 2006 по 2014 и переехал в Лаборатория Колд-Спринг-Харбор в 2014.

Исследование

Зипель работал над различными проблемами на пересечении Информатика, статистика, эволюционная биология, и геномика. В Лос-Аламосская национальная лаборатория, он разработал филогенетические методы обнаружения рекомбинантные штаммы из ВИЧ,[6] и на Национальный центр геномных ресурсов, он руководил разработкой ISYS, технологии интеграции разнородных баз данных биоинформатики, инструментов анализа и программ визуализации.[7] Зипель также провел теоретическую работу над алгоритмами для реконструкция филогении на основе перестройки генома, работая с Бернард Морет на Университет Нью-Мексико.[8] Когда Сипел оставил разработку программного обеспечения и присоединился к Дэвид Хаусслер лаборатория в Калифорнийский университет в Санта-Крус, он обратился к вычислительным задачам в сравнительная геномика. В группе Хаусслера он разработал несколько методов анализа, основанных на филогенетических скрытых марковских моделях, включая широко используемую программу под названием phastCons для идентификации эволюционно консервативных последовательностей в геномных последовательностях.[9]

В Корнелле исследовательская группа Сипела продолжала работать над идентификацией и характеристикой консервативные некодирующие последовательности. Они также изучали быстро развивающиеся последовательности в кодировании[10] и некодирование[11] регионы, в том числе человеческие ускоренные области. В последние годы лаборатория Siepel все больше фокусируется на людях. популяционная генетика, разработка методов оценки времени в ранней истории человечества, когда основные группы населения впервые расходились,[12] для измерения влияния естественного отбора на сайты связывания факторов транскрипции,[13] и для оценки вероятности того, что мутации в геноме человека будут иметь последствия для пригодности.[14] У группы также есть активная исследовательская программа в транскрипционная регуляция, осуществляется в тесном сотрудничестве с Джон Т. Лис лаборатория.

Общая тема исследований Зипеля - разработка точных математических моделей сложных процессов, посредством которых геномы эволюционируют с течением времени. Его исследовательская группа использует эти модели вместе с методами информатики и статистики как для того, чтобы заглянуть в прошлое, так и для решения вопросов, имеющих практическое значение для здоровья человека.[15]

Награды и награды

Зипель получил Guggenheim Fellowship в 2012.[15] Он также был награжден Стипендия Дэвида и Люсиль Паккард в области науки и техники в 2007 г. Стипендия исследовательского факультета Microsoft в 2007 г. и Стипендия Sloan Research в 2009.

Рекомендации

  1. ^ а б Адам С. Сипел публикации, проиндексированные Google ученый
  2. ^ Публикации Адама С. Сипела индексируется Scopus библиографическая база данных. (требуется подписка)
  3. ^ Брайан Кугер, М .; Трубы, л .; Squina, F .; Prade, R .; Siepel, A .; Palermo, R .; Katze, M. G .; Mason, C.E .; Кровь, П. Д. (2014). «Обеспечение крупномасштабной сборки последовательностей следующего поколения с помощью Blacklight». Параллелизм и вычисления: практика и опыт. 26 (13): 2157–2166. Дои:10.1002 / cpe.3231. ЧВК  4185199. PMID  25294974.
  4. ^ Консорциум проектов ENCODE; Бирни Э; Стаматояннопулос Ж.А.; Датта А; Guigó R; Gingeras TR; Маргулис EH; Weng Z; Снайдер М; Dermitzakis ET; и другие. (2007). «Идентификация и анализ функциональных элементов в 1% генома человека в рамках пилотного проекта ENCODE». Природа. 447 (7146): 799–816. Bibcode:2007Натура.447..799Б. Дои:10.1038 / природа05874. ЧВК  2212820. PMID  17571346.
  5. ^ Резюме Адама Сипела.
  6. ^ Siepel, A.C .; Halpern, A. L .; MacKen, C; Корбер, Б. Т. (1995). «Компьютерная программа, разработанная для быстрого скрининга межподтипных рекомбинантных последовательностей ВИЧ типа 1». Исследования СПИДа и ретровирусы человека. 11 (11): 1413–6. Дои:10.1089 / помощь.1995.11.1413. PMID  8573400.
  7. ^ Siepel, A .; Фермер, А .; Толопко, А .; Zhuang, M .; Mendes, P .; Beavis, W .; Собрал, Б. (2001). «ISYS: децентрализованный компонентный подход к интеграции разнородных биоинформатических ресурсов». Биоинформатика. 17 (1): 83–94. Дои:10.1093 / биоинформатика / 17.1.83. PMID  11222265.
  8. ^ Зипель, А. С. (2003). "Алгоритм перечисления разворотов сортировки для перестановок со знаком" (PDF). Журнал вычислительной биологии. 10 (3–4): 575–97. CiteSeerX  10.1.1.114.8797. Дои:10.1089/10665270360688200. PMID  12935346.
  9. ^ Siepel, A .; Bejerano, G; Pedersen, J. S .; Hinrichs, A. S .; Хоу, М; Розенблум, К; Clawson, H; Spieth, J; Hillier, L.W .; Ричардс, S; Weinstock, G.M .; Wilson, R.K .; Гиббс, Р. А .; Kent, W. J .; Миллер, Вт; Хаусслер, Д. (2005). «Эволюционно консервативные элементы в геномах позвоночных, насекомых, червей и дрожжей». Геномные исследования. 15 (8): 1034–50. Дои:10.1101 / гр.3715005. ЧВК  1182216. PMID  16024819.
  10. ^ Kosiol, C .; Vinař, T. Š .; Da Fonseca, R. R .; Hubisz, M. J .; Bustamante, C.D .; Nielsen, R .; Зипель, А. (2008). «Паттерны позитивного отбора в шести геномах млекопитающих». PLOS Genetics. 4 (8): e1000144. Дои:10.1371 / journal.pgen.1000144. ЧВК  2483296. PMID  18670650.
  11. ^ Поллард, К. С .; Hubisz, M. J .; Rosenbloom, K. R .; Зипель, А. (2009). «Обнаружение ненейтральных скоростей замещения на филогении млекопитающих». Геномные исследования. 20 (1): 110–21. Дои:10.1101 / гр.097857.109. ЧВК  2798823. PMID  19858363.
  12. ^ Gronau, I .; Hubisz, M. J .; Гулько, Б .; Danko, C.G .; Зипель, А. (2011). «Байесовский вывод демографии древнего человека из отдельных последовательностей генома». Природа Генетика. 43 (10): 1031–4. Дои:10,1038 / нг.937. ЧВК  3245873. PMID  21926973.
  13. ^ Арбица, Л .; Gronau, I .; Аксой, Б. А .; Hubisz, M. J .; Гулько, Б .; Кейнан, А .; Зипель, А. (2013). «Полногеномный вывод естественного отбора по сайтам связывания факторов транскрипции человека». Природа Генетика. 45 (7): 723–729. Дои:10.1038 / ng.2658. ЧВК  3932982. PMID  23749186.
  14. ^ Гулько, Б .; Hubisz, M. J .; Gronau, I .; Зипель, А. (2015). «Метод расчета вероятностей последствий пригодности для точечных мутаций в геноме человека». Природа Генетика. 47 (3): 276–283. Дои:10,1038 / нг.3196. ЧВК  4342276. PMID  25599402.
  15. ^ а б Профиль Гуггенхайма. В архиве 18 апреля 2012 г. Wayback Machine