AFF2 - AFF2

AFF2
Идентификаторы
Псевдонимы	AFF2, FMR2, FMR2P, FRAXE, MRX2, OX19, AF4 / FMR2 член семейства 2
Внешние идентификаторы	OMIM: 300806 ГомолоГен: 136314 Генные карты: AFF2
Расположение гена (человек) Chr. Х-хромосома (человек)[1] Группа Xq28 Начинать 148,500,617 бп[1] Конец 149,000,663 бп[1]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • Связывание G-квадруплексной РНК • Связывание РНК • связывание двухцепочечной ДНК • GO: 0001131, GO: 0001151, GO: 0001130, GO: 0001204 Активность ДНК-связывающего фактора транскрипции Сотовый компонент • ядерное пятнышко • ядро клетки • комплекс факторов элонгации транскрипции • ЭЛЛ-ДСП Биологический процесс • обработка мРНК • регуляция сплайсинга РНК • развитие мозга • Сплайсинг РНК • обучение или память • регуляция экспрессии генов • отрицательная регуляция экспрессии генов • организация ядерных пятен • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	2334	н / д
Ансамбль	ENSG00000155966	н / д
UniProt	P51816	н / д
RefSeq (мРНК)	NM_002025 NM_001169122 NM_001169123 NM_001169124 NM_001169125 NM_001170628	н / д
RefSeq (белок)	NP_001162593 NP_001162594 NP_001162595 NP_001162596 NP_001164099 NP_002016	н / д
Расположение (UCSC)	Chr X: 148,5 - 149 Мб	н / д
PubMed поиск	[2]	н / д
Викиданные
Просмотр / редактирование человека

AF4 / FMR2 член семьи 2 это белок что у людей кодируется AFF2 ген.^[3] Мутации в AFF2 причастны к случаям рак молочной железы.^[4]

Экспансия CCG-повторов в этом гене связана с Х-связанная умственная отсталость и, в частности, синдром, известный как Хрупкая умственная отсталость XE (ФРАКС). FRAXE - одна из наиболее распространенных форм несиндромальной Х-связанной умственной отсталости. После этого состояния этот ген также известен как FMR2 (ломкая умственная отсталость 2).^[5]

Геномика

Этот ген расположен на длинном плече хромосомы X (Xq27.3-Xq28). Он имеет 22 экзона размером не менее 500 т.п.н. Возможен альтернативный сплайсинг с участием экзонов 2, 3, 5, 7 и 21. Нормальный кодируемый белок - 1311 кодоны в длину. Он выражается в виде транскрипции 8,7 килобаз в плацента и взрослый мозг.

Нормальная 5'-нетранслируемая область имеет 10-35 повторов CCG, а чаще 15-20. Патогенные расширения обычно имеют более 200 повторов и метилированы.

Этот ген принадлежит к семейству генов AFF, которое в настоящее время состоит из четырех членов: AFF1 / AF4, AFF2 / FMR2, AFF3 / LAF4 и AFF4 / AF5q31.^[6] Все белки AFF локализованы в ядре и играют роль активаторов транскрипции с положительным действием на удлинение РНК. AFF2 / FMR2, AFF3 / LAF4 и AFF4 / AF5q31 локализуются в ядерных спеклах (субядерные структуры, которые считаются сайтами хранения / модификации факторов сплайсинга пре-мРНК) и способны связывать РНК с высокой очевидной аффинностью к структуре G-квадруплекса. Они, по-видимому, модулируют альтернативный сплайсинг посредством взаимодействия со структурой, образующей G-quadruplex РНК.

Сообщалось, что другие члены этого семейства образуют гены слияния в результате транслокаций хромосом и участвуют в патогенезе миелоидных / лимфоидных или смешанных линий. лейкемия.

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000155966 - Ансамбль, Май 2017
2. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
3. «Энтрез Ген: AFF2 AF4 / FMR2 семейство, член 2».
4. Сеть Атласа генома рака (октябрь 2012 г.). «Комплексные молекулярные портреты опухолей груди человека». Природа. 490 (7418): 61–70. Bibcode:2012 Натур.490 ... 61 т. Дои:10.1038 / природа11412. ЧВК  3465532. PMID  23000897.
5. Стеттнер Г.М., Шукьер М., Хёгер С., Брокманн К., Обер Б. (август 2011 г.). «Семейная умственная отсталость и аутичное поведение, вызванные небольшой делецией гена FMR2». Американский журнал медицинской генетики. Часть А. 155A (8): 2003–7. Дои:10.1002 / ajmg.a.34122. PMID  21739600.
6. Мелко М., Дуге Д., Бенсаид М., Зонгаро С., Верхегген С., Гец Дж., Бардони Б. (май 2011 г.). «Функциональная характеристика семейства РНК-связывающих белков AFF (AF4 / FMR2): понимание молекулярной патологии умственной отсталости FRAXE». Молекулярная генетика человека. 20 (10): 1873–85. Дои:10.1093 / hmg / ddr069. PMID  21330300.

дальнейшее чтение

• Mulley JC, Yu S, Loesch DZ, Hay DA, Donnelly A, Gedeon AK, Carbonell P, López I., Glover G, Gabarrón I. (март 1995 г.). «FRAXE и умственная отсталость». Журнал медицинской генетики. 32 (3): 162–9. Дои:10.1136 / jmg.32.3.162. ЧВК  1050310. PMID  7783162.
• Гец Дж., Гедеон А. К., Сазерленд Г. Р., Малли Дж. К. (май 1996 г.). «Идентификация гена FMR2, связанного с умственной отсталостью FRAXE». Природа Генетика. 13 (1): 105–8. Дои:10.1038 / ng0596-105. PMID  8673085.
• Гу И, Шен И, Гиббс Р.А., Нельсон Д.Л. (май 1996 г.). «Идентификация FMR2, нового гена, связанного с повторением FRAXE CCG и островком CpG». Природа Генетика. 13 (1): 109–13. Дои:10.1038 / ng0596-109. PMID  8673086.
• Чакрабарти Л., Найт С.Дж., Фланнери А.В., Дэвис К.Э. (февраль 1996 г.). «Ген-кандидат для умеренной умственной отсталости на уязвимом участке FRAXE». Молекулярная генетика человека. 5 (2): 275–82. Дои:10.1093 / hmg / 5.2.275. PMID  8824884.
• Гец Дж., Остра Б.А., Хоккей А., Карбонелл П., Тернер Дж., Хаан Э.А., Сазерленд Г.Р., Малли Дж.С. (март 1997 г.). «Экспрессия FMR2 в семьях с умственной отсталостью FRAXE». Молекулярная генетика человека. 6 (3): 435–41. Дои:10,1093 / hmg / 6.3.435. PMID  9147647.
• Gecz J, Bielby S, Sutherland GR, Mulley JC (сентябрь 1997 г.). «Структура гена и субклеточная локализация FMR2, члена нового семейства предполагаемых активаторов транскрипции». Геномика. 44 (2): 201–13. Дои:10.1006 / geno.1997.4867. PMID  9299237.
• Чакрабарти Л., Бристульф Дж., Фосс Г.С., Дэвис К.Э. (март 1998 г.). «Экспрессия мышиного гомолога FMR2 в мозге мышей и во время развития». Молекулярная генетика человека. 7 (3): 441–8. Дои:10,1093 / чмг / 7.3.441. PMID  9467002.
• Gecz J, Mulley JC (1999). «Характеристика и экспрессия большой изоформы FMR2 размером 13,7 т.п.н.». Европейский журнал генетики человека. 7 (2): 157–62. Дои:10.1038 / sj.ejhg.5200279. PMID  10196698.
• Мюррей А., Уэбб Дж., Деннис Н., Конвей Дж., Мортон Н. (октябрь 1999 г.). «Микроделеции в FMR2 могут быть важной причиной преждевременной недостаточности яичников». Журнал медицинской генетики. 36 (10): 767–70. Дои:10.1136 / jmg.36.10.767. ЧВК  1734234. PMID  10528856.
• Диас Нето Э., Корреа Р.Г., Верджовски-Алмейда С., Брионес М.Р., Нагаи М.А., да Силва В., Заго М.А., Бордин С., Коста Ф.Ф., Голдман Г.Х., Карвалью А.Ф., Мацукума А., Байя Г.С., Симпсон Д.Х., Брунштейн А., де Оливейра П.С., Бучер П., Джонженил К.В., О'Хара М.Дж., Соарес Ф., Брентани Р.Р., Рейс Л.Ф., де Соуза С.Дж., Симпсон А.Дж. (март 2000 г.). «Секвенирование человеческого транскриптома с использованием тегов последовательности, экспрессируемой ORF». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 97 (7): 3491–6. Bibcode:2000PNAS ... 97.3491D. Дои:10.1073 / pnas.97.7.3491. ЧВК  16267. PMID  10737800.
• Ло Нигро К., Фаравелли Ф., Кавани С., Перрони Л., Новелло П., Витали М., Брикарелли Ф. Д., Грассо М. (март 2000 г.). «Мутация FRAXE у умственно отсталого субъекта и у его фенотипически нормального брата-близнеца». Европейский журнал генетики человека. 8 (3): 157–62. Дои:10.1038 / sj.ejhg.5200425. PMID  10780779.
• Цзэн С.К., Цзэн П.Й., Сан Х.С., Чен Р.М., Лин С.Дж. (июнь 2000 г.) «Значение скрининга мутации генов FMR1 и FMR2 у лиц с неспецифической умственной отсталостью в Тайване». Диагностическая молекулярная патология. 9 (2): 75–80. Дои:10.1097/00019606-200006000-00002. PMID  10850542.
• Musumeci SA, Scuderi C, Ferri R, Anello G, Salluzzo R, Bosco P, Elia M (сентябрь 2000 г.). «Существует ли особая картина ЭЭГ для умственной отсталости FRAXE?». Клиническая нейрофизиология. 111 (9): 1632–6. Дои:10.1016 / S1388-2457 (00) 00367-9. PMID  10964075.
• Хиллман М.А., Гец Дж. (2001). «Хрупкий XE-ассоциированный протеин 2 семейной умственной отсталости (FMR2) действует как мощный активатор транскрипции». Журнал генетики человека. 46 (5): 251–9. Дои:10.1007 / с100380170074. PMID  11355014.
• Китано Т., Шварц С., Никель Б., Паабо С. (август 2003 г.). «Паттерны разнообразия генов в 10 локусах Х-хромосомы у людей и шимпанзе». Молекулярная биология и эволюция. 20 (8): 1281–9. Дои:10.1093 / molbev / msg134. PMID  12777533.
• Брылавски Б.П., Честейн П.Д., Коэн С.М., Кордейро-Стоун М., Кауфман Д.Г. (апрель 2007 г.). «Картирование ориджина репликации ДНК в промоторе ломкого гена X FMR1». Экспериментальная и молекулярная патология. 82 (2): 190–6. Дои:10.1016 / j.yexmp.2006.10.004. ЧВК  1934615. PMID  17196195.

внешняя ссылка

• Человек AFF2 расположение генома и AFF2 страница сведений о гене в Браузер генома UCSC.