WeNMR - WeNMR

WeNMR-logo.png

WeNMR всемирный электронная инфраструктура за ЯМР-спектроскопия и структурная биология. Это самый большой виртуальная организация в Науки о жизни и поддерживается EGI.

Цели

WeNMR направлен на объединение дополнительных исследовательских групп в области структурной биологии и биологии в виртуальное исследовательское сообщество на мировом уровне и предоставление им платформы для интеграции и оптимизации вычислительных подходов, необходимых для ЯМР и SAXS анализ данных и структурное моделирование. Доступ к инфраструктуре обеспечивается через портал, объединяющий широко используемое программное обеспечение и технологию GRID.

Услуги

Доступно около двух десятков сервисов вычислительного ЯМР, которые можно разделить на:

Сопутствующие мероприятия

  • Критическая оценка автоматического определения структуры белков по данным ЯМР (CASD-NMR) проводится WeNMR.[15] Первая статья CASD-NMR, описывающая результаты, достигнутые в раунде 2009-2010, была опубликована в Structure.[16]
  • WeNMR способствовал созданию архива из более чем 9000 отчетов о валидации Банк данных белков структуры в NRG-CING.[17]
  • WeNMR тесно сотрудничает с проектом ESFRI Инструктировать по комплексной структурной биологии

История

Трехлетний проект WeNMR стартовал в ноябре 2010 года как естественный преемник проекта eNMR. Финансовая поддержка была оказана грантами Европейского сообщества 213010 (eNMR) и 261572 (WeNMR) в рамках 7-й рамочной программы (электронная инфраструктура RI-261571).

Партнеры

Название организации-участникаСтрана
Universiteit Utrecht (BCBR) (координатор)Нидерланды
Иоганн Вольфганг Гете Universitaet Франкфурт-на-Майне (BMRZ)Германия
Consorzio Interuniversitario Risonanze Magnetiche di Metallo Proteine ​​(CIRMMP)Италия
Istituto Nazionale di Fisica Nucleare (INFN)Италия
Radboud Universiteit Nijmegen (RUN)Нидерланды
Кембриджский университет (UCAM)Великобритания
Европейская организация молекулярной биологии (EMBL) - Гамбургский филиалГермания
Консультации по ЯМР Spronk SpronkNMRЛитва
Academia Sinica, ТайбэйТайвань

Рекомендации

  1. ^ MDD ЯМР
  2. ^ Автоматическое назначение
  3. ^ МАРС
  4. ^ а б UNIO
  5. ^ ТАЛОС +
  6. ^ Banci, L .; Бертини, I .; Huber, J. G .; Лучинат, Ц .; Розато, А. (1998). «Частичная ориентация окисленных и восстановленных цитохромов в высоких магнитных полях: вклад анизотропии магнитной восприимчивости и последствия для определения структуры белкового раствора». Журнал Американского химического общества. 120 (49): 12903. Дои:10.1021 / ja981791w.
  7. ^ Бертини, I .; Giachetti, A .; Лучинат, Ц .; Parigi, G .; Петухов, М. В .; Pierattelli, R .; Ravera, E .; Свергун, Д. И. (2010). «Конформационное пространство гибких биологических макромолекул по усредненным данным». Журнал Американского химического общества. 132 (38): 13553–13558. Дои:10.1021 / ja1063923. PMID  20822180.
  8. ^ Ван Дейк, М .; Бонвин, А. М. Дж. Дж. (2009). «3D-DART: сервер моделирования структуры ДНК». Исследования нуклеиновых кислот. 37 (Проблема с веб-сервером): W235 – W239. Дои:10.1093 / nar / gkp287. ЧВК  2703913. PMID  19417072.
  9. ^ ХЭДДОК
  10. ^ Vranken, W. F .; Boucher, W .; Стивенс, Т. Дж .; Fogh, R.H .; Pajon, A .; Llinas, M .; Ulrich, E. L .; Markley, J. L .; Ionides, J .; Лауэ, Э. Д. (2005). «Модель данных CCPN для ЯМР-спектроскопии: Разработка программного обеспечения». Белки: структура, функции и биоинформатика. 59 (4): 687. Дои:10.1002 / prot.20449.
  11. ^ SHIFTX2
  12. ^ ПРЕДИТОР
  13. ^ RCI
  14. ^ UPLABEL
  15. ^ Rosato, A .; Aramini, J.M .; Arrowsmith, C .; Багария, А .; Baker, D .; Cavalli, A .; Doreleijers, J. F .; Елецкий, А .; Giachetti, A .; Guerry, P .; Гутманас, А .; Güntert, P .; Привет.; Herrmann, T .; Huang, Y.J .; Jaravine, V .; Jonker, H.R.A .; Кеннеди, М. А .; Lange, O.F .; Лю, G .; Маллявин, Т. Р. С. Э .; Mani, R .; Mao, B .; Монтелионе, Г. Т .; Nilges, M .; Росси, П .; Van Der Schot, G .; Schwalbe, H .; Szyperski, T. A .; Вендрусколо, М. (2012). «Слепое тестирование рутинного, полностью автоматизированного определения структур белка по данным ЯМР». Структура. 20 (2): 227–236. Дои:10.1016 / j.str.2012.01.002. ЧВК  3609704. PMID  22325772.
  16. ^ Rosato, A .; Багария, А .; Baker, D .; Bardiaux, B .; Cavalli, A .; Doreleijers, J. F .; Giachetti, A .; Guerry, P .; Güntert, P .; Herrmann, T .; Huang, Y.J .; Jonker, H.R.A .; Mao, B .; Маллявин, Т. Р. С. Э .; Монтелионе, Г. Т .; Nilges, M .; Raman, S .; Van Der Schot, G .; Vranken, W. F .; Vuister, G.W .; Бонвин, А. М. Дж. Дж. (2009). «CASD-ЯМР: критическая оценка автоматического определения структуры с помощью ЯМР». Природные методы. 6 (9): 625–626. Дои:10.1038 / nmeth0909-625. ЧВК  2841015. PMID  19718014.
  17. ^ Doreleijers, J. F .; Vranken, W. F .; Schulte, C .; Markley, J. L .; Ulrich, E. L .; Vriend, G .; Вуистер, Г. В. (2011). «NRG-CING: комплексные отчеты о проверке исправленных экспериментальных данных биомолекулярного ЯМР и координат в wwPDB». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (Проблема с базой данных): D519 – D524. Дои:10.1093 / nar / gkr1134. ЧВК  3245154. PMID  22139937.

внешняя ссылка