USP16 - USP16

USP16
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2I50
Идентификаторы
Псевдонимы	USP16, UBP-M, UBPM, убиквитинспецифическая пептидаза 16
Внешние идентификаторы	OMIM: 604735 MGI: 1921362 ГомолоГен: 38183 Генные карты: USP16
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 21 (человека)[1] Группа 21q21.3 Начинать 29,024,629 бп[1] Конец 29,054,488 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 16 (мышь)[2] Группа 16 | 16 C3.3 Начинать 87,454,703 бп[2] Конец 87,483,517 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • активность пептидазы цистеинового типа • связывание ионов цинка • связывание ионов металлов • пептидазная активность • гидролазная активность • GO: 0001105 активность коактиватора транскрипции • активность эндопептидазы цистеинового типа • связывание гистонов • связывание убиквитина • тиол-зависимая убиквитин-специфическая протеазная активность Сотовый компонент • цитоплазма • ядро клетки • нуклеоплазма Биологический процесс • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • убиквитин-зависимый белковый катаболический процесс • положительное регулирование поступательного удлинения • регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • деубиквитинирование моноубиквитинированного гистона H2A • транскрипция, ДНК-шаблон • протеолиз • клеточный ответ на стимул повреждения ДНК • деление клеток • деубиквитинирование гистона H2A с K63 • положительная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • деубиквитинирование белков • позитивная регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • гомотетрамеризация белков • регуляция экспрессии генов • деубиквитинирование гистонов • регулирование клеточного цикла • GO: 0007067 митотический клеточный цикл • организация хроматина • клеточный цикл • митотическое деление ядра Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	10600	74112
Ансамбль	ENSG00000156256	ENSMUSG00000025616
UniProt	Q9Y5T5	Q99LG0
RefSeq (мРНК)	NM_006447 NM_001001992 NM_001032410	NM_024258
RefSeq (белок)	NP_001001992 NP_001027582 NP_006438	NP_077220
Расположение (UCSC)	Chr 21: 29.02 - 29.05 Мб	Chr 16: 87,45 - 87,48 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Убиквитин карбоксил-терминальная гидролаза 16 является фермент что у людей кодируется USP16 ген.^[5][6]

Этот ген кодирует деубиквитинирующий фермент, который фосфорилированный в начале митоз а затем дефосфорилирован на метафаза /анафаза переход. Может деубиквитинировать H2A, один из двух основных убиквитинированных белков хроматин, in vitro и мутантная форма белка блокируют деление клеток. Альтернативный варианты транскрипционного сплайсинга, кодирующие различные изоформы.^[6]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000156256 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000025616 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Пуэнте XS, Санчес Л.М., Общий CM, Лопес-Отин С. (июль 2003 г.). «Протеазы человека и мыши: сравнительный геномный подход». Нат Рев Жене. 4 (7): 544–58. Дои:10.1038 / nrg1111. PMID  12838346. S2CID  2856065.
6. «Ген Entrez: убиквитинспецифическая пептидаза 16 USP16».

дальнейшее чтение

• Д'Андреа А., Пеллман Д. (1999). «Деубиквитинирующие ферменты: новый класс биологических регуляторов». Крит. Rev. Biochem. Мол. Биол. 33 (5): 337–52. Дои:10.1080/10409239891204251. PMID  9827704.
• Маруяма К., Сугано С. (1994). «Олиго-кэппинг: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Ген. 138 (1–2): 171–4. Дои:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID  8125298.
• Судзуки Ю., Ёситомо-Накагава К., Маруяма К. и др. (1997). «Создание и характеристика полноразмерной библиотеки кДНК, обогащенной по 5'-концу». Ген. 200 (1–2): 149–56. Дои:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID  9373149.
• Цай С.Ю., Бэббит Р.В., Марчези В.Т. (1999). «Мутантный деубиквитинирующий фермент (Ubp-M) связывается с митотическими хромосомами и блокирует деление клеток». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 96 (6): 2828–33. Bibcode:1999PNAS ... 96.2828C. Дои:10.1073 / пнас.96.6.2828. ЧВК  15854. PMID  10077596.
• Хаттори М., Фудзияма А., Тейлор Т.Д. и др. (2000). «Последовательность ДНК хромосомы 21 человека». Природа. 405 (6784): 311–9. Bibcode:2000Натура.405..311H. Дои:10.1038/35012518. PMID  10830953.
• Wistow G, Bernstein SL, Wyatt MK и др. (2002). «Анализ экспрессирующей последовательности меток сетчатки глаза человека для проекта NEIBank: ретбиндин, обильная новая кДНК сетчатки и альтернативный сплайсинг других транскриптов гена, предпочтительных для сетчатки». Мол. Vis. 8: 196–204. PMID  12107411.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека». Nat. Genet. 36 (1): 40–5. Дои:10,1038 / ng1285. PMID  14702039.
• Ленер Б, Сандерсон CM (2004). «Структура взаимодействия белков для деградации мРНК человека». Genome Res. 14 (7): 1315–23. Дои:10.1101 / gr.2122004. ЧВК  442147. PMID  15231747.
• Босолей С.А., Едриховски М., Шварц Д. и др. (2004). «Широкомасштабная характеристика ядерных фосфопротеинов клеток HeLa». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 101 (33): 12130–5. Bibcode:2004ПНАС..10112130Б. Дои:10.1073 / pnas.0404720101. ЧВК  514446. PMID  15302935.
• Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). «Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)». Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК  528928. PMID  15489334.
• Руал Дж. Ф., Венкатесан К., Хао Т. и др. (2005). «К карте протеомного масштаба сети взаимодействия белок-белок человека». Природа. 437 (7062): 1173–8. Bibcode:2005 Натур.437.1173R. Дои:10.1038 / природа04209. PMID  16189514. S2CID  4427026.
• Пай М.Т., Ценг С.Р., Ковач Дж. Дж. И др. (2007). «Структура раствора Ubp-M BUZ-домена, высокоспецифичного белкового модуля, который распознает С-концевой хвост свободного убиквитина». J. Mol. Биол. 370 (2): 290–302. Дои:10.1016 / j.jmb.2007.04.015. ЧВК  2870993. PMID  17512543.
• Joo HY, Zhai L, Yang C и др. (2007). «Регулирование развития клеточного цикла и экспрессии генов путем деубиквитинирования H2A». Природа. 449 (7165): 1068–72. Bibcode:2007 Натур.449.1068J. Дои:10.1038 / природа06256. PMID  17914355. S2CID  4417239.