USP11 - USP11
Убиквитинкарбоксил-концевая гидролаза или убиквитинспецифическая протеаза 11 является фермент что у людей кодируется USP11 ген.[5][6] USP11 принадлежит к семейству убиквитинспецифических протеаз (USP), которое является подсемейством деубиквитинирующих ферментов (DUB) .USP представляют собой многодоменные протеазы и принадлежат к подсемейству цистеиновых протеаз C19. В зависимости от архитектуры домена и положения между различными членами существует различная гомология. Как правило, самый большой домен - это каталитический домен, который содержит каталитическую триаду из трех остатков, включенных в консервативные мотивы (блоки Cys и His). Каталитический домен также содержит последовательности, которые не связаны с функцией катализа, и их роль в настоящее время в основном не ясна, длина этих последовательностей варьируется для каждого USP, и, следовательно, длина всего каталитического домена может варьироваться от примерно 295 до 850. аминокислоты.[7] Конкретные последовательности внутри каталитического домена или на N-конце некоторых USP были охарактеризованы как домены UBL (убиквитин-подобный) и DUSP (домен, присутствующий в убиквитин-специфических протеазах) соответственно. В некоторых случаях, что касается доменов UBL, сообщалось, что он обладает функцией усиления катализа, как в случае USP7.[8] Кроме того, так называемый модуль домена DU представляет собой комбинацию домена DUSP, за которым следует домен UBL, разделенный линкером, и встречается в USP11, а также в USP15 и USP4.
USP11 представляет собой белок 963aa с молекулярной массой приблизительно 109,8 кДа и pI ~ 5,28; он имеет значительную гомологию с USP15 и вместе с USP4 образует подсемейство DU. Тем не менее, выравнивание трех USP подтверждает, что USP15 и USP4 являются ближайшими гомологами с идентичностью, достигающей ~ 73% между их доменами UBL1, тогда как USP11 является наиболее удаленным членом с идентичностью только ~ 32,3% по сравнению с USP15. Вставка домена UBL2 (285aa) присутствует в каталитическом домене, который включает аминокислоты 310–931, а каталитическая триада состоит из цистеина, гистидина и аспарагиновой кислоты.
Функция
Убиквитинирование белков контролирует многие внутриклеточные процессы, включая развитие клеточного цикла, активацию транскрипции и передачу сигнала. Этот динамический процесс с участием ферментов, конъюгирующих убиквитин, и ферментов деубиквитинирования, добавляет и удаляет убиквитин. Деубиквитинирующие ферменты представляют собой цистеиновые протеазы, которые специфически отщепляют убиквитин от белковых субстратов, конъюгированных с убиквитином. Этот ген кодирует деубиквитинирующий фермент, который находится в кластере генов на хромосоме Xp11.23.[6]
Взаимодействия
USP11 был показан взаимодействовать с РАНБП9.[9]
Модельные организмы
Модельные организмы были использованы при изучении функции USP11. Условный нокаутирующая мышь линия называется УСП11tm1 (КОМП) Wtsi был создан на Wellcome Trust Sanger Institute.[10] Самцы и самки животных прошли стандартизованный фенотипический скрининг[11] для определения последствий удаления.[12][13][14][15] Проведены дополнительные исследования: углубленное иммунологическое фенотипирование[16]
| Характеристика | Фенотип |
|---|---|
| Все данные доступны на сайте.[11][16] | |
| Инсулин | Нормальный |
| Гомозиготная жизнеспособность на P14 | Нормальный |
| Гомозиготная фертильность | Нормальный |
| Масса тела | Нормальный |
| Неврологический осмотр | Нормальный |
| Сила захвата | Нормальный |
| Дисморфология | Нормальный |
| Косвенная калориметрия | Нормальный |
| Тест толерантности к глюкозе | Нормальный |
| Слуховой ответ ствола мозга | Нормальный |
| DEXA | Нормальный |
| Рентгенография | Нормальный |
| Морфология глаза | Нормальный |
| Клиническая химия | Нормальный |
| Гематология 16 недель | Нормальный |
| Лейкоциты периферической крови 16 недель | Нормальный |
| Вес сердца | Нормальный |
| Сальмонелла инфекционное заболевание | Нормальный |
| Состав эпидермального иммунитета | Нормальный |
| Проблема гриппа | Нормальный |
Рекомендации
- ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000102226 - Ансамбль, Май 2017
- ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000031066 - Ансамбль, Май 2017
- ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ Пуэнте XS, Санчес Л.М., Общий CM, Лопес-Отин С. (июль 2003 г.). «Протеазы человека и мыши: сравнительный геномный подход». Обзоры природы. Генетика. 4 (7): 544–58. Дои:10.1038 / nrg1111. PMID 12838346. S2CID 2856065.
- ^ а б «Ген Entrez: убиквитинспецифическая пептидаза 11 USP11».
- ^ Ниджман С.М., Луна-Варгас МП, Велдс А., Бруммелькамп Т.Р., Дирак А.М., Сикма Т.К., Бернардс Р. (декабрь 2005 г.). «Геномный и функциональный инвентарь деубиквитинирующих ферментов». Клетка. 123 (5): 773–86. Дои:10.1016 / j.cell.2005.11.007. HDL:1874/20959. PMID 16325574. S2CID 15575576.
- ^ Faesen AC, Dirac AM, Shanmugham A, Ovaa H, Perrakis A, Sixma TK (октябрь 2011 г.). «Механизм активации USP7 / HAUSP за счет его С-концевого убиквитин-подобного домена и аллостерической регуляции GMP-синтетазой». Молекулярная клетка. 44 (1): 147–59. Дои:10.1016 / j.molcel.2011.06.034. PMID 21981925.
- ^ Идегучи Х., Уэда А., Танака М., Ян Дж., Цудзи Т., Оно С., Хагивара Е., Аоки А., Исигацубо Ю. (октябрь 2002 г.). «Структурная и функциональная характеристика деубиквитинирующего фермента USP11, который взаимодействует с RanGTP-ассоциированным белком RanBPM». Биохимический журнал. 367 (Pt 1): 87–95. Дои:10.1042 / BJ20011851. ЧВК 1222860. PMID 12084015.
- ^ Гердин А.К. (2010). «Программа генетики Sanger Mouse: характеристика мышей с высокой пропускной способностью». Acta Ophthalmologica. 88: 925–7. Дои:10.1111 / j.1755-3768.2010.4142.x.
- ^ а б «Международный консорциум по фенотипированию мышей».
- ^ Скарнес В.К., Розен Б., Вест А.П., Кутсуракис М., Бушелл В., Айер В., Мухика А.О., Томас М., Харроу Дж., Кокс Т., Джексон Д., Северин Дж., Биггс П., Фу Дж., Нефедов М., де Йонг П.Дж., Стюарт А.Ф., Брэдли А. (июнь 2011 г.). «Ресурс условного нокаута для полногеномного исследования функции генов мыши». Природа. 474 (7351): 337–42. Дои:10.1038 / природа10163. ЧВК 3572410. PMID 21677750.
- ^ Долгин Е. (июнь 2011 г.). "Библиотека мыши настроена на нокаут". Природа. 474 (7351): 262–3. Дои:10.1038 / 474262a. PMID 21677718.
- ^ Коллинз Ф.С., Россант Дж., Вурст В. (январь 2007 г.). «Мышь по всем причинам». Клетка. 128 (1): 9–13. Дои:10.1016 / j.cell.2006.12.018. PMID 17218247. S2CID 18872015.
- ^ White JK, Gerdin AK, Karp NA, Ryder E, Buljan M, Bussell JN, et al. (Июль 2013). «Полногеномное поколение и систематическое фенотипирование мышей с нокаутом открывает новые роли для многих генов». Клетка. 154 (2): 452–64. Дои:10.1016 / j.cell.2013.06.022. ЧВК 3717207. PMID 23870131.
- ^ а б «Консорциум иммунофенотипирования инфекций и иммунитета (3i)».
дальнейшее чтение
- Д'Андреа А., Пеллман Д. (1999). «Деубиквитинирующие ферменты: новый класс биологических регуляторов». Критические обзоры в биохимии и молекулярной биологии. 33 (5): 337–52. Дои:10.1080/10409239891204251. PMID 9827704.
- Суонсон Д.А., Фройнд С.Л., Плодер Л., Макиннес Р.Р., Валле Д. (апрель 1996 г.). «Ген С-концевой гидролазы убиквитина на проксимальном коротком плече Х-хромосомы: последствия для Х-сцепленных заболеваний сетчатки». Молекулярная генетика человека. 5 (4): 533–8. Дои:10,1093 / чмг / 5,4,533. PMID 8845848.
- Brandau O, Nyakatura G, Jedele KB, Platzer M, Achatz H, Ross M, Murken J, Rosenthal A, Meindl A (1999). «UHX1 и PCTK1: точная характеристика и локализация в богатой генами области в Xp11.23 и оценка в качестве генов-кандидатов для заболеваний сетчатки, сопоставленных с Xp21.1-p11.2». Европейский журнал генетики человека. 6 (5): 459–66. Дои:10.1038 / sj.ejhg.5200207. PMID 9801870.
- Стоддарт К.Л., Джермак С., Нагараджа Р., Шлессингер Д., Бех-Хансен Н.Т. (февраль 1999 г.). «Физическая карта, покрывающая область размером 2 Мб в xp11.3 человека дистальнее DX6849». Ген. 227 (1): 111–6. Дои:10.1016 / S0378-1119 (98) 00564-2. PMID 9931462.
- Thiselton DL, McDowall J, Brandau O, Ramser J, d'Esposito F, Bhattacharya SS, Ross MT, Hardcastle AJ, Meindl A (апрель 2002 г.). «Интегрированная, функционально аннотированная генная карта интервала DXS8026-ELK1 на человеческом Xp11.3-Xp11.23: потенциальная горячая точка для нейрогенетических расстройств». Геномика. 79 (4): 560–72. Дои:10.1006 / geno.2002.6733. PMID 11944989.
- Идегучи Х., Уэда А., Танака М., Ян Дж., Цудзи Т., Оно С., Хагивара Е., Аоки А., Исигацубо Ю. (октябрь 2002 г.). «Структурная и функциональная характеристика деубиквитинирующего фермента USP11, который взаимодействует с RanGTP-ассоциированным белком RanBPM». Биохимический журнал. 367 (Pt 1): 87–95. Дои:10.1042 / BJ20011851. ЧВК 1222860. PMID 12084015.
- Angelats C, Wang XW, Jermiin LS, Copeland NG, Jenkins NA, Baker RT (январь 2003 г.). «Выделение и характеристика убиквитин-специфической протеазы мыши Usp15». Геном млекопитающих. 14 (1): 31–46. Дои:10.1007 / s00335-002-3035-0. PMID 12532266. S2CID 23215004.
- Bouwmeester T, Bauch A, Ruffner H, Angrand PO, Bergamini G, Croughton K, Cruciat C, Eberhard D, Gagneur J, Ghidelli S, Hopf C, Huhse B, Mangano R, Michon AM, Schirle M, Schlegl J, Schwab M , Stein MA, Bauer A, Casari G, Drewes G, Gavin AC, Jackson DB, Joberty G, Neubauer G, Rick J, Kuster B, Superti-Furga G (февраль 2004 г.). «Физическая и функциональная карта пути передачи сигнала TNF-альфа / NF-каппа B человека». Природа клеточной биологии. 6 (2): 97–105. Дои:10.1038 / ncb1086. PMID 14743216. S2CID 11683986.
- Шенфельд А.Р., Апгар С., Долиос Г., Ван Р., Ааронсон С.А. (сентябрь 2004 г.). «BRCA2 убиквитинируется in vivo и взаимодействует с USP11, деубиквитинирующим ферментом, который проявляет функцию выживания в клеточном ответе на повреждение ДНК». Молекулярная и клеточная биология. 24 (17): 7444–55. Дои:10.1128 / MCB.24.17.7444-7455.2004. ЧВК 506974. PMID 15314155.
- Юинг Р.М., Чу П., Элизма Ф, Ли Х, Тейлор П., Клими С., Макбрум-Цераевски Л., Робинсон, доктор медицины, О'Коннор Л., Ли М., Тейлор Р., Дхарси М., Хо Й, Хейлбут А., Мур Л., Чжан S, Орнатски O, Бухман YV, Ethier M, Sheng Y, Vasilescu J, Abu-Farha M, Lambert JP, Duewel HS, Stewart II, Kuehl B, Hogue K, Colwill K, Gladwish K, Muskat B, Kinach R, Adams С.Л., Моран М.Ф., Морин Г.Б., Топалоглоу Т., Фигейз Д. (2007). «Крупномасштабное картирование белок-белковых взаимодействий человека с помощью масс-спектрометрии». Молекулярная системная биология. 3 (1): 89. Дои:10.1038 / msb4100134. ЧВК 1847948. PMID 17353931.