Трансмембранный белок 134 - Transmembrane protein 134

TMEM134
Идентификаторы
ПсевдонимыTMEM134, 2410001H17Rik, AI463452, трансмембранный белок 134
Внешние идентификаторыMGI: 1914240 ГомолоГен: 11837 Генные карты: TMEM134
Расположение гена (человек)
Хромосома 11 (человек)
Chr.Хромосома 11 (человек)[1]
Хромосома 11 (человек)
Геномное расположение TMEM134
Геномное расположение TMEM134
Группа11q13.2Начинать67,461,710 бп[1]
Конец67,469,272 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

80194

66990

Ансамбль

ENSG00000172663

ENSMUSG00000024845

UniProt

Q9H6X4

Q8R0J4

RefSeq (мРНК)

NM_001078650
NM_001078651
NM_025124

NM_001078649
NM_025889

RefSeq (белок)

NP_001072118
NP_001072119
NP_079400

NP_001072117
NP_080165

Расположение (UCSC)Chr 11: 67.46 - 67.47 Мбн / д
PubMed поиск[2][3]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Трансмембранный белок 134 белок, кодируемый TMEM134 ген. TMEM134 не имеет других известных псевдонимов. Есть два трансмембранных домена и домен с неизвестной функцией (DUF872).[4] Эволюционные, большинство организмов, которые имеют этот ген, являются приматами и млекопитающими, хотя есть некоторые организмы, восходящие к Дросфила и C. elegans. В ходе текущих исследований не было подтвержденных функций TMEM134.

Структура гена

Ген состоит из 6 экзонов длиной от 67464348 до 67469277 килобайт. Он расположен на хромосоме 11q13.2, которая является минусовой цепью хромосомы. У гена есть три изоформы; а, б и в.

Протеин

Структура белка

Белок кодируется геном TMEM134 и имеет длину 195 аминокислот. Белок содержит два трансмембранных домена, но не содержит сигнального пептида. Это предполагает наличие внутреннего сигнального пептида перед транслируемой частью белка. Белок в целом считается нормальным с точки зрения содержания аминокислот, но имеет две области высокой гидрофобности, которые возникают в трансмембранных областях белка. Это дает белку изоэлектрическую точку 6,08. Общий вес белка составляет 21,6 килодальтон, который сохраняется во всех ортологах. Белок также содержит домен с неизвестной функцией 872 (DUF872). В настоящее время нет никаких мыслей о возможном функционировании этого домена.

Это белковая конструкция TMEM134, содержащая два трансмембранных домена и DUF872.

Регулирование и перевод

TMEM134 регулируется промотором GXP50275.[5] Промотор состоит из 870 аминокислот и 15 вариантов его транскриптов. Промотор хорошо сохраняется у млекопитающих. В промоторе есть несколько консервативных связывающих областей, включая EGR / нервный фактор и регуляторную область гена болезни Хантингтона.

Место расположения

Считается, что последний белок находится в эндоплазматическом ретикулуме и ядерной мембране.[6] Белок закреплен в двух разных регионах: 123–145 и 155–177. Часть белка, которая выходит в цитозоль, сильно фосфорилируется. Эти сайты фосфорилирования законсервированы у костистых рыб.

Посттрансляционная модификация

Единственный посттрансляционная модификация происходит фосфорилирование. Нет сайтов гликозилирования, сульфинирования или сумоилирования.

Взаимодействия

TMEM134 взаимодействует с другим белком, ELAVL1. Этот белок связывается с AU богатыми элементами в мРНК FOS и IL3 / интерлейкин-3.[7]

Выражение

Был проведен микроматричный анализ профилей GEO, и было показано, что TMEM134 повсеместно экспрессируется в большинстве тканей человека.[8] Несмотря на то, что в тканях человека наблюдается повсеместная экспрессия, есть и другие ткани с более высокими уровнями экспрессии, такие как сердце, ткань груди и ткань простаты.

Гомология

Как обсуждалось ранее, у приматов и млекопитающих существует довольно много охраняемых видов, но есть некоторые отдаленные ортологи рыбок данио и Дросфила, и гомолог C. elegans.

Род и видРаспространенное имяДлинаПрисоединениеПроцент идентичности[9]
Homo sapiensЧеловек195 лет назадNP_079400100%
Папио анубисОливковый павиан195 лет назадXP_003905916.197%
Sus scrofaДикий кабан246 лет назадXP_00348071095%
Оринкус окраOrca195 лет назадXP_00427806494%
Equua callabusЛошадь208 лет назадXP_00559852592%
Ceratotherium simum simumБелый носорог186 ааXP_00443776689%
Bos taurusКорова229 лет назадXP_00522709778%
Дросфилия мелангостарПлодовая муха170 лет назадNP_00126129632%
Caenorhabditis elegansЧервь168 лет назадNP_00102140126%

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000172663 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  3. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ Генные карты https://www.genecards.org/
  5. ^ Эльдорадо http://www.genomatix.de/cgi-bin/eldorado/main.pl
  6. ^ ExPasy http://www.expasy.org/
  7. ^ Генные карты https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=ELAVL1
  8. ^ Профили NCBI GEO https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geoprofiles/?term=tmem134
  9. ^ NCBI BLAST http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi