База данных токсинов и токсинов-мишеней - Toxin and Toxin-Target Database

База данных токсинов и токсинов-мишеней
Содержание
Описание	База данных токсинов и токсинов
Типы данных; захвачен	Яды с небольшими молекулами, токсичные соединения и токсины, химические структуры, описания токсичных соединений, химическая систематика, мишени и переносчики токсинов, последовательности белков-мишеней, механизмы действия, летальные дозы, химические свойства, номенклатура, синонимы, спектры ЯМР, спектры МС, регуляция генов , концентрации
Связаться с нами
Исследовательский центр	Университет Альберты и Центр инноваций метаболомики
Лаборатория	Д-р Дэвид Вишарт
Основное цитирование	T3DB: база данных токсичных экзомов.
Дата выхода	2009
Доступ
Интернет сайт	http://www.t3db.ca
Скачать URL	http://www.t3db.ca/downloads
Разное
Выпуск данных; частота	Каждые 3-4 года с периодическими исправлениями и обновлениями
Политика курирования	Курируется вручную

В База данных токсинов и токсинов-мишеней (T3DB),^[1]^[2] также известный как Токсичный Exposome База данных, представляет собой свободно доступную онлайн-базу данных распространенных токсичных для человека веществ, а также их белок, ДНК или орган цели. База данных в настоящее время содержит около 3700 токсичных соединений или яды описывается почти 42 000 синонимов. В этот список входят различные группы токсины, включая общие загрязняющие вещества, пестициды, наркотики, пищевые токсины, бытовые и промышленные / рабочие токсины, токсины сигарет и уремические токсины. Эти токсические вещества связаны с 2086 соответствующими записями белков / ДНК. Всего существует 42 433 ассоциации-мишени токсическое вещество-токсин. Каждая запись токсичного соединения (ToxCard) в T3DB содержит около 100 полей данных и такую информацию, как химические свойства и дескрипторы, механизмы действия, токсичность или смертельная доза значения, молекулярные и клеточные взаимодействия, медицинская информация (симптомы и лечение) (рис. 1-3), ЯМР ан МС спектры, и повышающие и понижающие гены. Эта информация была получена из более чем 18 000 источники, который включает в себя другие базы данных, правительственные документы, книги и научная литература.

Основное внимание T3DB уделяет обеспечению механизмов токсичность и определение белков-мишеней для общих токсичных веществ. Хотя существует ряд других баз данных о токсичных соединениях, их акцент делается на охвате большого количества химических соединений, которые почти никогда не встречаются за пределами химической лаборатории. T3DB пытается собрать данные только о тех токсичных веществах, которые широко распространены или широко используются и были обнаружены или измерены у людей. T3DB полностью доступен для поиска и поддерживает обширный текст, последовательность, химическая структура, реляционный запрос и спектральные поиски. Он создан по образцу и тесно связан с База данных метаболома человека (HMDB ) и DrugBank. Возможные приложения T3DB включают: метаболомика и исследования воздействия на окружающую среду, токсичное соединение метаболизм предсказание, предсказание взаимодействия токсина / лекарства и общая осведомленность о токсичных веществах.

Рис. 1. T3DB Токсичность мышьяком

Объем и доступ

Все данные в T3DB не являются собственностью или получены из сторонних источников. Он находится в свободном доступе и доступен каждому. Кроме того, почти каждый элемент данных полностью отслеживается и явно ссылается на исходный источник. Данные T3DB доступны через общедоступный веб-интерфейс и загружаются.

Смотрите также

использованная литература

^ ^а ^б Wishart, D; Arndt D; Pon A; Sajed T; Guo AC; Джумбоу Y; Knox C; Wilson M; Liang Y; Грант Дж; Лю И; Goldansaz SA; Раппапорт СМ. (Янв 2015). «T3DB: база данных токсичных экзомов». Исследования нуклеиновых кислот. 43 (Выпуск базы данных): D928-34. Дои:10.1093 / нар / gku1004. ЧВК 4383875. PMID 25378312.
^ Лайм; Pon A; Джумбоу Y; Knox C; Шривастава S; Guo AC; Neveu V; Wishart DS. (Январь 2010 г.). «T3DB: всесторонне аннотированная база данных распространенных токсинов и их целей». Исследования нуклеиновых кислот. 38 (Проблема с базой данных): D781-6. Дои:10.1093 / нар / gkp934. ЧВК 2808899. PMID 19897546.

[pmid25378312-1] а ^б Wishart, D; Arndt D; Pon A; Sajed T; Guo AC; Джумбоу Y; Knox C; Wilson M; Liang Y; Грант Дж; Лю И; Goldansaz SA; Раппапорт СМ. (Янв 2015). «T3DB: база данных токсичных экзомов». Исследования нуклеиновых кислот. 43 (Выпуск базы данных): D928-34. Дои:10.1093 / нар / gku1004. ЧВК 4383875. PMID 25378312.

[pmid19897546-2] Лайм; Pon A; Джумбоу Y; Knox C; Шривастава S; Guo AC; Neveu V; Wishart DS. (Январь 2010 г.). «T3DB: всесторонне аннотированная база данных распространенных токсинов и их целей». Исследования нуклеиновых кислот. 38 (Проблема с базой данных): D781-6. Дои:10.1093 / нар / gkp934. ЧВК 2808899. PMID 19897546.

[1]

[2]