База данных терапевтических целей - Therapeutic Targets Database

База данных терапевтических целей (TTD)
Журнал TTD
Содержание
ОписаниеБаза данных мишеней лекарств
Контакт
ЛабораторияГруппа инновационных исследований лекарственных средств и биоинформатики (IDRB)Группа биоинформатики и дизайна лекарств (BIDD)
Основное цитированиеPMID  31691823
Дата выхода11 ноя, 2019
Доступ
Интернет сайтhttp://db.idrblab.net/ttd/
Разное
ЛицензияБесплатный доступ
Версия7.1.01

База данных терапевтических целей(TTD) является фармацевтическим и медицинским хранилищем[1] построенный Группа инновационных исследований лекарственных средств и биоинформатики (IDRB) в Чжэцзянский университет, Китай и группа по биоинформатике и дизайну лекарств Национальный университет Сингапура. Он предоставляет информацию об известных и исследованных терапевтических белок и нуклеиновая кислота цели,[2] целевое заболевание,[3] информация о пути[4] и соответствующие препараты, направленные на каждую из этих целей.[5] Подробные сведения о целевой функции, последовательности, трехмерной структуре, свойствах связывания лиганда, фермент номенклатура и структура препарата, терапевтический класс и статус клинической разработки.[6] TTD может быть свободно доступен без необходимости входа в систему по адресу: http://db.idrblab.net/ttd/.

Статистика базы данных TTD

Эта база данных в настоящее время содержит 3419 терапевтических целей (461 успешных, 1191 клиническое испытание, 207 запатентованных и 1560 исследовательских целей) и 37 316 лекарственных препаратов (2649 одобренных, 9 465 клинических испытаний, 5 059 запатентованных и 20 143 экспериментальных препарата). Мишени и лекарства в TTD охватывают 583 биохимических класса белков и 958 терапевтических классов лекарств соответственно.[1] Последняя версия кодов Международной классификации болезней (МКБ-11), выпущенная ВОЗ, включена в TTD, чтобы облегчить четкое определение болезни / класса болезни.[7]

Проверка первичной терапевтической цели

Валидация мишени обычно требует определения того, что мишень экспрессируется в клетках / тканях, имеющих отношение к заболеванию,[8] он может быть напрямую модулирован лекарством или лекарственной молекулой с адекватной эффективностью в биохимическом анализе,[9] и что модуляция-мишень в моделях клеток и / или животных улучшает соответствующий фенотип заболевания.[10] Таким образом, TTD собирает три типа целевых данных проверки:[11]

  • Экспериментально определенная эффективность лекарств против их основной цели или мишеней.[8]
  • Очевидная эффективность или эффекты лекарств против моделей заболевания (клеточные линии, модели ex-vivo, in-vivo), связанные с их основной мишенью или мишенями.[10]
  • Наблюдаемые эффекты нокаута мишени, нокдауна, интерференции РНК, трансгенетических, обработанных антителами или антисмысловых моделей in vivo.[9]

Профиль мутации и экспрессии цели

Большие усилия были направлены на открытие, исследование и клинический мониторинг целевых терапевтических средств.[12] Этим усилиям может способствовать удобный доступ к генетическим,[13] протеомный,[14] интерактивные и другие аспекты терапевтических целей.[15] Соответствующие данные представлены в TTD:[16]

  • 2000 мутаций устойчивости к лекарствам в 83 мишенях и 104 генах, регулирующих мишень / лекарство.[17]
  • Дифференциальные профили экспрессии 758 мишеней в ткани, нацеленной на лекарственное средство, имеющее отношение к заболеванию[18] и нецелевые ткани.[19]
  • 1008 целевых комбинаций[20] 1764 лекарств и 1 604 целевых комбинации 664 многоцелевых лекарств.[21]

Клинические испытания и защищенная патентом мишень

Растущее число белков, нуклеиновых кислот и других молекулярных объектов было исследовано в качестве терапевтических мишеней, сотни из которых являются мишенями одобренных, клинических испытаний и защищенных патентами лекарств.[22] Знание этих мишеней и соответствующих лекарств, особенно тех, которые используются в клинических условиях, проходят испытания и запатентованы, очень полезно для облегчения открытия лекарств.[23] Последняя версия TTD предоставила:[1]

  • Агенты для клинических испытаний и их мишени[24] вместе с их структурами и значениями экспериментальной активности.[25]
  • Запатентованные агенты и их цели[26] вместе с их структурами и значениями экспериментальной активности.[27]

Регулятор и сигнальный путь цели

Знание терапевтических целей и первых кандидатов в лекарственные препараты полезно для улучшения открытия лекарств.[28] В частности, данные о регуляторах-мишенях и аффилированных сигнальных путях могут облегчить исследования относительно лекарств,[29] системная фармакология,[30] новые тенденции, молекулярные пейзажи,[20] и разработка инструментов для открытия лекарств.[31] Предоставляется база данных некоторых перевозчиков[32] Таким образом, TTD разработан для предоставления такой информации о:[1]

  • Регулирующие мишень микроРНК[33] и факторы транскрипции[34] и белки, взаимодействующие с мишенью.[35]
  • Исчерпывающие пары "мишень-путь", на которые полностью ссылаются базы данных нескольких путей.[36][37]
  • Удобный доступ к множеству мишеней и лекарств, перекрестно связанных с каждым из этих путей.[31]

Рекомендации

  1. ^ а б c d Ван, Юнься; Чжан, Сун; Ли, Фэнчэн; Чжоу, Инь; Чжан, Инь; Ван, Чжэнвэнь; Чжан, Руньюань; Чжу, Цзян; Рен, Юйсян; Тан, Инь; Цинь, Чу (6 ноября 2019 г.). «База данных терапевтических целей 2020: расширенный ресурс для содействия исследованиям и ранней разработке целевых терапевтических средств». Исследования нуклеиновых кислот. 48 (D1): D1031 – D1041. Дои:10.1093 / nar / gkz981. ISSN  1362-4962. ЧВК  7145558. PMID  31691823.
  2. ^ Хопкинс А.Л., жених CR (2002). «Наркотический геном». Обзоры природы Drug Discovery. 1 (9): 727–30. Дои:10.1038 / nrd892. PMID  12209152. S2CID  13166282.
  3. ^ Overington JP, Аль-Лазикани Б., Хопкинс А.Л. (2006). «Сколько существует мишеней для наркотиков?». Обзоры природы Drug Discovery. 5 (12): 993–6. Дои:10.1038 / nrd2199. PMID  17139284. S2CID  11979420.
  4. ^ Чжэн CJ, Хан LY, Яп CW, Ji ZL, Cao ZW, Chen YZ (2006). «Лечебные мишени: ход их изучения и исследования их характеристик». Pharmacol. Rev. 58 (2): 259–79. Дои:10.1124 / пр.58.2.4. PMID  16714488. S2CID  3082221.
  5. ^ Ли, Ин Хун; Ю, Чун Янь; Ли, Сяо Сюй; Чжан, Пэн; Тан, Цзин; Ян, Цинся; Фу, Тингтин; Чжан, Сяоюй; Цуй, Сюэцзяо; Ту, Гао; Чжан, Ян (4 января 2018 г.). «Обновление базы данных терапевтических целей 2018: расширенный ресурс для облегчения лабораторных исследований целевых терапевтических средств». Исследования нуклеиновых кислот. 46 (D1): D1121 – D1127. Дои:10.1093 / нар / gkx1076. ISSN  1362-4962. ЧВК  5753365. PMID  29140520.
  6. ^ Ли YH, Yu CY, Li XX, Zhang P, Tang J, Yang Q, Fu T, Zhang X, Cui X, Tu G, Zhang Y, Li S, Yang F, Sun Q, Qin C, Zeng X, Chen Z , Чен Ю.З., Чжу Ф. (2018). «Обновление базы данных терапевтических целей 2018: расширенный ресурс для облегчения лабораторных исследований целевых терапевтических средств». Нуклеиновые кислоты Res. 46 (D1): D1121 – D1127. Дои:10.1093 / нар / gkx1076. ЧВК  5753365. PMID  29140520.
  7. ^ The Lancet, null (8 июня 2019 г.). «МКБ-11». Ланцет. 393 (10188): 2275. Дои:10.1016 / S0140-6736 (19) 31205-X. ISSN  1474-547X. PMID  31180012.
  8. ^ а б Линдси, Марк А. (1 октября 2003 г.). «Целевое открытие». Обзоры природы. Открытие наркотиков. 2 (10): 831–838. Дои:10.1038 / nrd1202. ISSN  1474-1776. PMID  14526386. S2CID  40029453.
  9. ^ а б Видалин, Оливье; Муслмани, Мачадия; Эстьен, Клеман; Эччакир, Хамид; Абина, Амин М. (1 октября 2009 г.). «Проверка мишени in vivo с использованием моделей недействительности гена, РНК-интерференции и функционального нокаута белков: пора объединить». Текущее мнение в фармакологии. 9 (5): 669–676. Дои:10.1016 / j.coph.2009.06.017. ISSN  1471-4973. PMID  19646923.
  10. ^ а б В целом, Christopher M .; Кляйфельд, Одед (15 марта 2006 г.). «Микросреда опухоли - мнение: валидация матричных металлопротеиназ в качестве мишеней для лекарств и антител для лечения рака». Обзоры природы. Рак. 6 (3): 227–239. Дои:10.1038 / nrc1821. ISSN  1474–175X. PMID  16498445. S2CID  21114447.
  11. ^ Чжу, Фэн; Ши, Чжэ; Цинь, Чу; Тао, Линь; Лю, Синь; Сюй, Фэн; Чжан, Ли; Песня, Ян; Лю, Сянхуи; Чжан, Цзинсянь; Хан, Буконг (1 января 2012 г.). «Обновление базы данных терапевтических целей 2012: ресурс для содействия целенаправленному открытию лекарств». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (Выпуск базы данных): D1128–1136. Дои:10.1093 / nar / gkr797. ISSN  1362-4962. ЧВК  3245130. PMID  21948793.
  12. ^ Мунос, Бернар (1 декабря 2009 г.). «Уроки 60 лет фармацевтических инноваций». Обзоры природы. Открытие наркотиков. 8 (12): 959–968. Дои:10.1038 / nrd2961. ISSN  1474-1784. PMID  19949401. S2CID  10212056.
  13. ^ Ян, Цинся; Ли, Бо; Тан, Цзин; Цуй, Сюэцзяо; Ван, Юнься; Ли, Сяофэн; Ху, Цзе; Чен, Юйцзун; Сюэ, Вэйвэй; Лу, Ян; Цю, Юньцин (3 июня 2019 г.). «Последовательная генная подпись шизофрении, идентифицированная с помощью новой стратегии отбора признаков из исчерпывающих наборов транскриптомных данных». Брифинги по биоинформатике. 21 (3): 1058–1068. Дои:10.1093 / bib / bbz049. ISSN  1477-4054. PMID  31157371.
  14. ^ Тан, Цзин; Фу, Цзяньбо; Ван, Юнься; Ло, Юнчао; Ян, Цинся; Ли, Бо; Ту, Гао; Хун, Цзяцзюнь; Цуй, Сюэцзяо; Чен, Юйцзун; Яо, Ликсия (1 августа 2019 г.). «Одновременное повышение точности, точности и устойчивости количественной оценки протеома без меток за счет оптимизации цепочек обработки данных». Молекулярная и клеточная протеомика. 18 (8): 1683–1699. Дои:10.1074 / mcp.RA118.001169. ISSN  1535-9484. ЧВК  6682996. PMID  31097671.
  15. ^ Ван, Панпан; Фу, Тингтин; Чжан, Сяоюй; Ян, Фэнюань; Чжэн, Госюнь; Сюэ, Вэйвэй; Чен, Юйцзун; Яо, Сяоцзюнь; Чжу, Фэн (1 ноября 2017 г.). «Дифференциация физико-химических свойств между NDRI и sNRI, клинически важными для лечения СДВГ». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Общие предметы. 1861 (11 Pt A): 2766–2777. Дои:10.1016 / j.bbagen.2017.07.022. ISSN  0304-4165. PMID  28757337.
  16. ^ Ли, Ин Хун; Ю, Чун Янь; Ли, Сяо Сюй; Чжан, Пэн; Тан, Цзин; Ян, Цинся; Фу, Тингтин; Чжан, Сяоюй; Цуй, Сюэцзяо; Ту, Гао; Чжан, Ян (4 января 2018 г.). «Обновление базы данных терапевтических целей 2018: расширенный ресурс для облегчения лабораторных исследований целевых терапевтических средств». Исследования нуклеиновых кислот. 46 (D1): D1121 – D1127. Дои:10.1093 / нар / gkx1076. ISSN  1362-4962. ЧВК  5753365. PMID  29140520.
  17. ^ Хьюз, Диармайд; Андерссон, Дэн И. (1 августа 2015 г.). «Эволюционные последствия лекарственной устойчивости: общие принципы для различных целей и организмов». Обзоры природы. Генетика. 16 (8): 459–471. Дои:10.1038 / nrg3922. ISSN  1471-0064. PMID  26149714. S2CID  6359064.
  18. ^ Искыр, Мурат; Кампильос, Моника; Кун, Майкл; Дженсен, Ларс Джул; ван Ноорт, Вера; Борк, Пер (9 сентября 2010 г.). «Медикаментозная регуляция целевой экспрессии». PLOS вычислительная биология. 6 (9): e1000925. Bibcode:2010PLSCB ... 6E0925I. Дои:10.1371 / journal.pcbi.1000925. ISSN  1553-7358. ЧВК  2936514. PMID  20838579.
  19. ^ Фардид, Реза; Наджафи, Масуд; Саладжегех, Ашкан; Каземи, Элахе; Резаэян, Аболхасан (1 января 2017 г.). «Радиационно-индуцированный нецелевой эффект in vivo: оценка экспрессии генов циклоогеназы-2 и эндотелина-1 в тканях сердца крысы». Журнал исследований рака и терапии. 13 (1): 51–55. Дои:10.4103/0973-1482.203601. ISSN  1998-4138. PMID  28508833.
  20. ^ а б Цзя, Цзя; Чжу, Фэн; Ма, Сяохуа; Цао, Чживэй; Cao, Zhiwei W .; Ли, Исюэ; Li, Yixue X .; Чен, Юй Цзун (1 февраля 2009 г.). «Механизмы комбинаций лекарств: взаимодействие и сетевые перспективы». Обзоры природы. Открытие наркотиков. 8 (2): 111–128. Дои:10.1038 / nrd2683. ISSN  1474-1784. PMID  19180105. S2CID  54466254.
  21. ^ Тао, Линь; Чжу, Фэн; Сюй, Фэн; Чен, Чжэ; Цзян, Юй Ян; Чен, Юй Цзун (1 декабря 2015 г.). «Совместное нацеливание на пути выхода лекарств от рака дает клинические преимущества для многоцелевых противоопухолевых лекарств». Фармакологические исследования. 102: 123–131. Дои:10.1016 / j.phrs.2015.09.019. ISSN  1096-1186. PMID  26438971.
  22. ^ Ohlstein, E.H .; Ruffolo, R. R .; Эллиотт, Дж. Д. (2000). «Открытие лекарств в следующем тысячелетии». Ежегодный обзор фармакологии и токсикологии. 40: 177–191. Дои:10.1146 / annurev.pharmtox.40.1.177. ISSN  0362-1642. PMID  10836132.
  23. ^ Эдвардс, Алед (2009). «Крупномасштабная структурная биология протеома человека». Ежегодный обзор биохимии. 78: 541–568. Дои:10.1146 / annurev.biochem.78.070907.103305. ISSN  1545-4509. PMID  19489729.
  24. ^ Раск-Андерсен, Матиас; Масурам, Сурендар; Шёт, Хельги Б. (2014). «Геном, пригодный для употребления наркотиков: оценка мишеней лекарств в клинических испытаниях предполагает серьезные изменения в молекулярном классе и показаниях». Ежегодный обзор фармакологии и токсикологии. 54: 9–26. Дои:10.1146 / annurev-pharmtox-011613-135943. ISSN  1545-4304. PMID  24016212.
  25. ^ Арнольд, Д .; Lueza, B .; Douillard, J.-Y .; Peeters, M .; Lenz, H.-J .; Venook, A .; Heinemann, V .; Van Cutsem, E .; Pignon, J.P .; Tabernero, J .; Сервантес, А. (1 августа 2017 г.). «Прогностическая и прогностическая ценность стороны первичной опухоли у пациентов с метастатическим колоректальным раком дикого типа RAS, получавших химиотерапию и антитела, направленные против EGFR, в шести рандомизированных исследованиях». Анналы онкологии. 28 (8): 1713–1729. Дои:10.1093 / annonc / mdx175. ISSN  1569-8041. ЧВК  6246616. PMID  28407110.
  26. ^ Шаабани, Шабнам; Huizinga, Harmen P. S .; Бутера, Роберто; Коучи, Ариана; Гузик, Катаржина; Magiera-Mularz, Katarzyna; Holak, Tad A .; Дёмлинг, Александр (1 сентября 2018 г.). «Обзор патента на антагонисты PD-1 / PD-L1: небольшие молекулы, пептиды и макроциклы (2015-2018)». Экспертное заключение о терапевтических патентах. 28 (9): 665–678. Дои:10.1080/13543776.2018.1512706. ISSN  1744-7674. ЧВК  6323140. PMID  30107136.
  27. ^ Гранжан, Николас; Шарпио, Бриджит; Пена, Карлос Андрес; Пайтч, Мануэль С. (2005). «Конкурентная разведка и патентный анализ в открытии лекарств». Открытие лекарств сегодня: технологии. 2 (3): 211–215. Дои:10.1016 / j.ddtec.2005.08.007. ISSN  1740-6749. PMID  24981938.
  28. ^ Сантос, Рита; Урсу, Олег; Голтон, Анна; Бенту, А. Патрисия; Donadi, Ramesh S .; Bologa, Cristian G .; Карлссон, Аннели; Аль-Лазикани, Биссан; Херси, Энн; Oprea, Tudor I .; Оверингтон, Джон П. (1 января 2017 г.). «Комплексная карта молекулярных мишеней для лекарств». Обзоры природы. Открытие наркотиков. 16 (1): 19–34. Дои:10.1038 / nrd.2016.230. ISSN  1474-1784. ЧВК  6314433. PMID  27910877.
  29. ^ Финан, Крис; Голтон, Анна; Крюгер, Феликс А .; Ламберс, Р. Томас; Шах, Тина; Энгманн, Йорген; Галвер, Луана; Келли, Райан; Карлссон, Аннели; Сантос, Рита; Оверингтон, Джон П. (29 марта 2017 г.). «Геном, пригодный для употребления наркотиков, и поддержка идентификации и проверки целей при разработке лекарств». Научная трансляционная медицина. 9 (383): eaag1166. Дои:10.1126 / scitranslmed.aag1166. ISSN  1946-6242. ЧВК  6321762. PMID  28356508.
  30. ^ Чжао, Шань; Айенгар, Рави (2012). «Системная фармакология: сетевой анализ для выявления многомасштабных механизмов действия лекарств». Ежегодный обзор фармакологии и токсикологии. 52: 505–521. Дои:10.1146 / annurev-pharmtox-010611-134520. ISSN  1545-4304. ЧВК  3619403. PMID  22235860.
  31. ^ а б Чермели, Петер; Агостон, Вилмос; Понгор, Шандор (1 апреля 2005 г.). «Эффективность многоцелевых лекарств: сетевой подход может помочь в разработке лекарств». Тенденции в фармакологических науках. 26 (4): 178–182. arXiv:q-bio / 0412045. Дои:10.1016 / j.tips.2005.02.007. ISSN  0165-6147. PMID  15808341. S2CID  6960300.
  32. ^ Инь, Цзяи; Вс, Вэнь; Ли, Фэнчэн; Хун, Цзяцзюнь; Ли, Сяосюй; Чжоу, Инь; Лу, Иньцзин; Лю, Мэнчжи; Чжан, Сюэ; Чен, На; Цзинь, Сюпин (9 сентября 2019 г.). «VARIDT 1.0: вариативность базы данных транспортеров лекарств». Исследования нуклеиновых кислот. 48 (D1): D1042 – D1050. Дои:10.1093 / нар / gkz779. ISSN  1362-4962. ЧВК  6943059. PMID  31495872.
  33. ^ Руков, Якоб Левин; Шомрон, Ноам (1 августа 2011 г.). «Фармакогеномика микроРНК: посттранскрипционная регуляция лекарственного ответа». Тенденции в молекулярной медицине. 17 (8): 412–423. Дои:10.1016 / j.molmed.2011.04.003. ISSN  1471–499X. PMID  21652264.
  34. ^ Heguy, A .; Стюарт, А. А .; Haley, J.D .; Smith, D.E .; Фоулкс, Дж. Г. (1995). «Экспрессия генов как цель для открытия новых лекарств». Экспрессия гена. 4 (6): 337–344. ISSN  1052-2166. ЧВК  6134365. PMID  7549465.
  35. ^ Хопкинс, Эндрю Л. (1 ноября 2008 г.). «Сетевая фармакология: новая парадигма в открытии лекарств». Природа Химическая Биология. 4 (11): 682–690. Дои:10.1038 / nchembio.118. ISSN  1552-4469. PMID  18936753.
  36. ^ Канехиса, Минору; Фурумичи, Михо; Танабэ, Мао; Сато, Йоко; Моришима, Канаэ (4 января 2017 г.). «KEGG: новые взгляды на геномы, пути развития, болезни и лекарства». Исследования нуклеиновых кислот. 45 (D1): D353 – D361. Дои:10.1093 / нар / gkw1092. ISSN  1362-4962. ЧВК  5210567. PMID  27899662.
  37. ^ Пон, Эллисон; Джуисон, Тимоти; Су, Илу; Лян, Юнцзе; Нокс, Крейг; Мацеевский, Адам; Уилсон, Майкл; Уишарт, Дэвид С. (1 июля 2015 г.). "Пути с PathWhiz". Исследования нуклеиновых кислот. 43 (W1): W552–559. Дои:10.1093 / нар / gkv399. ISSN  1362-4962. ЧВК  4489271. PMID  25934797.

внешняя ссылка