Архив изображений рака (TCIA) - The Cancer Imaging Archive (TCIA)

Архив изображений рака (TCIA) - это база данных с открытым доступом медицинские изображения за рак исследование. Сайт финансируется Национальный институт рака (NCI) Программа визуализации рака, и контракт находится в ведении Университет Арканзаса медицинских наук. Данные в архиве организованы в коллекции, которые обычно имеют общий тип рака и / или анатомическую локализацию. Большинство данных состоит из CT, МРТ, и ядерная медицина (например. ДОМАШНИЙ ПИТОМЕЦ ) изображения, хранящиеся в DICOM формат, но также предоставлены или связаны многие другие типы вспомогательных данных, чтобы повысить полезность исследования.[1] Все данные деидентифицированы в соответствии с Медицинское страхование Портативность и Акт об ответственности и Национальные институты здоровья политики обмена данными.

Ресурсы TCIA предназначены для поддержки:

  • Разработка методов компьютерной диагностики (количественная визуализация)
  • Оценка объективной воспроизводимости научных данных с помощью приемлемых стандартных статистических методов
  • Исследование корреляции клинико-диагностических медицинских изображений с цифровыми микроскопическими гистологическими изображениями
  • Исследовательские исследования биомаркеров, для которых визуализация является ключевым элементом
  • Сотрудничество между междисциплинарными исследователями, где визуализация имеет решающее значение для исследования неоднородности опухоли, между пациентами и внутри опухоли; отслеживание временной реакции тканей - объективные измерения прогрессирования опухоли; визуализация геномики и связи и анализ больших данных (клиническая, гистопатология, геномика)[2]

TCIA признан рекомендуемым хранилищем научных данных Nature, PLOS One,[3] и F1000Research.[4] Он также указан в Реестр хранилищ данных исследований.[5]

История

До создания TCIA NCI финансировал разработку Национальный архив биомедицинских изображений. NBIA - это Открытый исходный код веб приложение который был разработан для хранения и запроса изображений DICOM. Впоследствии в декабре 2010 г. был инициирован TCIA для расширения деятельности по обмену данными путем финансирования компонента услуг, который поможет решить технические и политические проблемы, связанные с исследованиями в области медицинской визуализации. TCIA использует инструменты с открытым исходным кодом, такие как NBIA и Clinical Trials Processor, для предоставления своих услуг.[6][7]

Организация архива

Контент сайта разделен на пять категорий:[8]

  • О нас - предоставляет общий обзор сайта и организаций, ответственных за его работу.
  • Поделитесь своими данными - предоставляет обзор того, как подать заявку на загрузку данных в архив.
  • Доступ к архиву - предоставляет информацию о доступных данных, методах доступа к этим данным и метриках использования системы.
  • Исследовательская деятельность - предоставляет информацию об основных исследовательских инициативах, проводимых с использованием данных TCIA, а также информацию о правилах публикации.
  • Справка - предоставляет информацию о том, как получить поддержку с помощью архива, а также документацию и политики использования данных.

Способы доступа к данным

К большинству коллекций в Архиве визуализации рака можно получить доступ без учетной записи, но некоторые из них ограничены определенными пользователями и, следовательно, требуют учетной записи для доступа к ним.[2] TCIA имеет несколько способов просмотра, фильтрации и загрузки данных. Они включают:

  • Массовая загрузка всего содержимого коллекции
  • Использование NBIA приложение для фильтрации или поиска в коллекциях или между ними
  • Используя RESTful Интерфейс прикладного программирования для фильтрации или поиска в коллекциях или между ними

Просмотр, массовая загрузка и доступ к вспомогательным данным

Домашняя страница включает список всех доступных коллекций. Также предоставляется основная информация о таких данных, как тип рака, местонахождение рака, способы и количество субъектов. При нажатии на название коллекции открывается страница с описанием данных, включая их первоначальную цель исследования, то, как данные были созданы и как они могут быть полезны для других пользователей TCIA. Например, Дои:10.7937 / K9 / TCIA.2015.L4FRET6Z описывает коллекцию NSCLC-Radiomics-Genomics. В нижней части страницы есть ссылки для поиска или загрузки изображений и любых доступных вспомогательных данных на вкладке «Доступ к данным». Дополнительные вкладки предоставляют информацию о версиях данных и о том, как цитировать данные, если они используются в публикациях.

Многие коллекции содержат дополнительные типы данных, такие как геномика, демографические данные пациентов, сведения о лечении и экспертный анализ изображений. Эти данные обычно можно найти только при просмотре страниц коллекции, в отличие от поиска в NBIA или с помощью API.

Фильтрация или поиск с помощью NBIA

На каждой странице Коллекции, а также в главном меню сайта есть ссылки на «Поиск по TCIA». Это загрузит приложение NBIA, которое позволяет выполнять простой, расширенный и бесплатный поиск текста. Результаты поиска соответствуют стандартной иерархии DICOM: пациент -> исследование -> серия. TCIA предоставляет исчерпывающую документацию по различным функциям программного обеспечения NBIA.[9]

RESTful API

Через API также доступен ряд команд поиска и загрузки. Новые итерации API выпускаются как новые версии, так что существующие приложения, разработанные для более старых версий API, продолжают работать.[10]

Исследовательская деятельность

Список известных публикаций, основанный на данных TCIA, поддерживается для удобства исследователей, которые могут захотеть исследовать, как он использовался ранее.[11] В дополнение к рецензируемым публикациям существует также несколько крупных исследовательских инициатив, описанных в разделе «Исследовательская деятельность» на сайте.

Радиологическая инициатива CIP TCGA по радиогеномическим исследованиям

Большое количество коллекций содержит предметы, которые были проанализированы как часть базы данных NIH / NHGRI, известной как Атлас генома рака (TCGA). Это дает исследователям возможность сопоставлять клинические изображения с использованием общих уникальных идентификаторов для каждого исследования, имеющего в TCGA обширный геномный анализ, цифровые слайды патологии и массовую загрузку индивидуальных демографических данных и клинических данных. Многопрофильная сеть исследователей, добровольно проводящих свое время, использует эти данные для разработки методов определения прогноза или предсказания реакции на терапию.[12] Коллекции TCGA обозначаются номенклатурой, разделяемой порталом данных TCGA.[13] (например: TCGA-BRCA, TCGA-GBM и т. д.). На них распространяется особая политика публикации, которая отличается от других общедоступных данных на TCIA.[14]

Challenge соревнования

TCIA также предоставляет специальные наборы данных, используемые для соревнований Challenge, таких как международные профессиональные сообщества, ориентированные на цифровые изображения, такие как MICCAI, SPIE, или ISBI. На сайте поддерживается каталог предыдущих и предстоящих задач.[15]

Идентификаторы цифровых объектов

Чтобы облегчить обмен данными, многие публикации призывают авторов включать ссылки на данные, которые авторы использовали при создании результатов, описанных в их научных статьях. Кроме того, теперь доступны новые журналы для непосредственного описания сбора данных (например, Природа Научные данные). TCIA присваивает идентификаторы цифровых объектов (DOI) всем коллекциям при их отправке, а также имеет возможность создавать постоянные идентификаторы, связанные с подмножествами данных, хранящихся в TCIA, которые авторы могут использовать для цитирования данных в своих научных статьях.[16]

внешняя ссылка

Рекомендации

  1. ^ Вендт, Кларк (июнь 2013 г.). «Архив изображений рака (TCIA): поддержание и эксплуатация общедоступного хранилища информации». Журнал цифровых изображений. 26 (6): 1045–57. Дои:10.1007 / s10278-013-9622-7. ЧВК  3824915. PMID  23884657.
  2. ^ а б «Об архиве изображений рака (TCIA) - Архив изображений рака (TCIA)». Архив изображений рака (TCIA). Получено 2016-03-24.
  3. ^ «PLOS ONE: ускорение публикации научных результатов, прошедших рецензирование». journals.plos.org. Получено 2016-06-11.
  4. ^ «Рекомендации по данным - F1000Research». f1000research.com. Получено 2016-06-11.
  5. ^ "Архив изображений рака | re3data.org". service.re3data.org. Получено 2016-06-11.
  6. ^ Кларк, Кеннет; Вендт, Брюс; Смит, Кирк; Фрейманн, Джон; Кирби, Джастин; Коппель, Пол; Мур, Стивен; Филлипс, Стэнли; Маффитт, Дэвид (2013-07-25). «Архив изображений рака (TCIA): поддержание и эксплуатация общедоступного хранилища информации». Журнал цифровых изображений. 26 (6): 1045–1057. Дои:10.1007 / s10278-013-9622-7. ISSN  0897-1889. ЧВК  3824915. PMID  23884657.
  7. ^ "Архив изображений рака". Программа визуализации рака - Национальный институт рака. Получено 2016-03-24.
  8. ^ «Архив изображений рака (TCIA) - растущий архив медицинских изображений рака». Архив изображений рака (TCIA). Получено 2016-03-24.
  9. ^ «Руководство пользователя архива визуализации рака - Онлайн-справка TCIA - Wiki архива визуализации рака». wiki.cancerimagingarchive.net. Получено 2016-03-24.
  10. ^ "Руководство по использованию программного интерфейса TCIA (REST API) - Открытый доступ к архиву изображений рака (TCIA) - Wiki архива изображений рака". wiki.cancerimagingarchive.net. Получено 2016-03-24.
  11. ^ «Публикации - Открытый доступ к Архиву визуализации рака (TCIA) - Вики-сайт архива визуализации рака». wiki.cancerimagingarchive.net. Получено 2016-03-24.
  12. ^ «Радиологическая инициатива CIP TCGA - Открытый доступ к архиву изображений рака (TCIA) - Wiki архива изображений рака». wiki.cancerimagingarchive.net. Получено 2016-03-24.
  13. ^ Портал данных TCGA
  14. ^ «Политика использования данных и ограничения - Открытый доступ к Архиву визуализации рака (TCIA) - Вики-сайт архива визуализации рака». wiki.cancerimagingarchive.net. Получено 2016-03-24.
  15. ^ «Соревнования по вызову - Открытый доступ к Архиву визуализации рака (TCIA) - Wiki архива визуализации рака». wiki.cancerimagingarchive.net. Получено 2016-03-24.
  16. ^ "Идентификаторы цифровых объектов TCIA - TCIA DOI - Wiki архива визуализации рака". wiki.cancerimagingarchive.net. Получено 2016-03-24.