TRA2B - TRA2B

TRA2B
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2CQC, 2KXN, 2RRA, 2RRB
Идентификаторы
Псевдонимы	TRA2B, Htra2-beta, PPP1R156, SFRS10, SRFS10, TRA2-BETA, TRAN2B, трансформатор 2-бета-гомолог (Drosophila), трансформатор 2-бета-гомолог
Внешние идентификаторы	OMIM: 602719 MGI: 106016 ГомолоГен: 20965 Генные карты: TRA2B
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 3 (человек)[1] Группа 3q27.2 Начните 185,914,558 бп[1] Конец 185,938,103 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 16 (мышь)[2] Группа 16 B1 | 16 13,18 см Начните 22,244,549 бп[2] Конец 22,266,005 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • связывание нуклеиновой кислоты • связывание мРНК • GO: 0001948 связывание с белками • связывание полипуринового тракта • Связывание РНК • специфическое связывание белкового домена • связывание пре-мРНК • идентичное связывание с белками Сотовый компонент • ядро клетки • внутренняя ядерная мембрана • нуклеоплазма • сплайсосомальный комплекс • рибонуклеопротеин Биологический процесс • Сплайсинг РНК посредством реакций переэтерификации • Сплайсинг РНК • регионализация коры головного мозга • обработка мРНК • отрицательная регуляция сплайсинга мРНК через сплайсосомы • эмбриональное развитие мозга • Сплайсинг мРНК через сплайсосомы • положительная регуляция сплайсинга мРНК через сплайсосомы • регуляция альтернативного сплайсинга мРНК через сплайсосомы • регуляция сплайсинга РНК • олигомеризация белков • клеточный ответ на стимул глюкозы Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	6434	20462
Ансамбль	ENSG00000136527	ENSMUSG00000022858
UniProt	P62995	P62996
RefSeq (мРНК)	NM_001243879 NM_004593	NM_009186 NM_001330554 NM_001330555
RefSeq (белок)	NP_001230808 NP_004584	NP_001317483 NP_001317484 NP_033212
Расположение (UCSC)	Chr 3: 185.91 - 185.94 Мб	Chr 16: 22.24 - 22.27 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Трансформатор-2 гомолог белка бета, также известен как TRA2B ранее известный как фактор сплайсинга, богатый аргинином / серином 10 (гомолог трансформатора 2, Drosophila) (SFRS10), это белок что у людей кодируется TRA2B ген.^[5][6]

Взаимодействия

TRA2B был показан взаимодействовать с участием RBMX.^[7]

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000136527 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000022858 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. «Ген Entrez: фактор сплайсинга SFRS10, аргинин / серин-богатый 10 (гомолог трансформатора 2, дрозофила)».
6. Nayler O, Cap C, Stamm S (октябрь 1998 г.). «Ген трансформер-2-бета человека (SFRS10): полная нуклеотидная последовательность, хромосомная локализация и создание тканеспецифической изоформы». Геномика. 53 (2): 191–202. Дои:10.1006 / geno.1998.5471. PMID  9790768.
7. Хофманн, Ивонн; Вирт Брунгильда (август 2002 г.). «hnRNP-G способствует включению экзона 7 моторного нейрона выживания (SMN) посредством прямого взаимодействия с Htra2-beta1». Гм. Мол. Genet. 11 (17): 2037–49. Дои:10.1093 / hmg / 11.17.2037. ISSN  0964-6906. PMID  12165565.

дальнейшее чтение

• Мацуо Н., Огава С., Имаи Ю. и др. (1996). «Клонирование нового РНК-связывающего полипептида (RA301), индуцированное гипоксией / реоксигенацией». J. Biol. Chem. 270 (47): 28216–22. Дои:10.1074 / jbc.270.47.28216. PMID  7499316.
• Леннон Г., Оффрей С., Полимеропулос М., Соареш МБ (1996). «Консорциум I.M.A.G.E.: комплексный молекулярный анализ геномов и их экспрессии». Геномика. 33 (1): 151–2. Дои:10.1006 / geno.1996.0177. PMID  8617505.
• Бейл Б., Скреатон Г., Штамм С. (1997). «Молекулярное клонирование htra2-бета-1 и htra2-бета-2, двух человеческих гомологов tra-2, полученных путем альтернативного сплайсинга». ДНК клетки биол. 16 (6): 679–90. Дои:10.1089 / dna.1997.16.679. PMID  9212162.
• Имаи Ю., Мацуо Н., Огава С. и др. (1998). «Клонирование гена YT521 для нового белка, связанного со сплайсингом РНК, индуцированного гипоксией / реоксигенацией». Brain Res. Мол. Мозг Res. 53 (1–2): 33–40. Дои:10.1016 / S0169-328X (97) 00262-3. PMID  9473574.
• Tacke R, Tohyama M, Ogawa S, Manley JL (1998). «Белки Tra2 человека являются активаторами сплайсинга пре-мРНК». Ячейка. 93 (1): 139–48. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 81153-8. PMID  9546399. S2CID  15384749.
• Нейлер О., Cap C, Stamm S (1998). «Ген трансформер-2-бета человека (SFRS10): полная нуклеотидная последовательность, хромосомная локализация и создание тканеспецифической изоформы». Геномика. 53 (2): 191–202. Дои:10.1006 / geno.1998.5471. PMID  9790768.
• Элдридж А.Г., Ли Й., Шарп П.А., Бленкоу Б.Дж. (1999). «Коактиватор сплайсинга SRm160 / 300 необходим для функции экзон-энхансер». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 96 (11): 6125–30. Bibcode:1999PNAS ... 96.6125E. Дои:10.1073 / пнас.96.11.6125. ЧВК  26846. PMID  10339552.
• Лай М.К., Линь Р.И., Хуанг С.И. и др. (2000). «Белок семейства импортин-бета человека, транспортин-SR2, взаимодействует с фосфорилированным доменом RS белков SR». J. Biol. Chem. 275 (11): 7950–7. Дои:10.1074 / jbc.275.11.7950. PMID  10713112.
• Венейблс Дж. П., Эллиотт Д. Д., Макарова О. В. и др. (2000). «RBMY, вероятный фактор сперматогенеза человека, и другие белки hnRNP G взаимодействуют с Tra2beta и влияют на сплайсинг». Гм. Мол. Genet. 9 (5): 685–94. Дои:10,1093 / hmg / 9,5,685. PMID  10749975.
• Хельмкен С., Вирт Б. (2001). «Исключение Htra2-beta1, повышающего регулятора полноразмерного транскрипта SMN2, как модифицирующего гена для спинальной мышечной атрофии». Гм. Genet. 107 (6): 554–8. Дои:10.1007 / s004390000409. PMID  11153908. S2CID  30528707.
• Янг П.Дж., ДиДонато С.Дж., Ху Д. и др. (2002). «SRp30c-зависимая стимуляция включения экзона 7 мотонейрона выживания (SMN) облегчается прямым взаимодействием с hTra2 beta 1». Гм. Мол. Genet. 11 (5): 577–87. Дои:10,1093 / чмг / 11,5,577. PMID  11875052.
• Хофманн Й., Вирт Б. (2003). «hnRNP-G способствует включению экзона 7 моторного нейрона выживания (SMN) посредством прямого взаимодействия с Htra2-beta1». Гм. Мол. Genet. 11 (17): 2037–49. Дои:10.1093 / hmg / 11.17.2037. PMID  12165565.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002ПНАС ... 9916899М. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Тран К., Коулман Т.П., Розер Дж. Р. (2003). «Человеческий трансформер 2beta и SRp55 взаимодействуют с кальцитонин-специфическим усилителем сплайсинга». Биохим. Биофиз. Acta. 1625 (2): 141–52. Дои:10.1016 / S0167-4781 (02) 00600-0. PMID  12531473.
• Эль Язиди-Белкоура I, Adriaenssens E, Dollé L и др. (2003). «Белок домена смерти, связанный с рецептором фактора некроза опухоли, вовлечен в опосредованную рецептором нейротрофина антиапоптотическую активность фактора роста нервов в клетках рака груди». J. Biol. Chem. 278 (19): 16952–6. Дои:10.1074 / jbc.M300631200. PMID  12604596.
• Цзян З., Тан Х, Хавлиоглу Н. и др. (2003). «Мутации в экзоне 10 тау-гена, связанные с FTDP-17, изменяют активность экзонного энхансера сплайсинга для взаимодействия с Tra2 beta». J. Biol. Chem. 278 (21): 18997–9007. Дои:10.1074 / jbc.M301800200. ЧВК  2140226. PMID  12649279.
• Чен X, Го Л., Линь В., Сюй П (2004). «Экспрессия изоформ Tra2beta регулируется онтогенетически по тканевому и временному паттерну». Cell Biol. Int. 27 (6): 491–6. Дои:10.1016 / S1065-6995 (03) 00072-6. PMID  12798777. S2CID  44758770.
• Helmken C, Hofmann Y, Schoenen F и др. (2004). «Доказательства модифицирующего пути в дискордантных семьях SMA: сниженный уровень SMN уменьшает количество его взаимодействующих партнеров и Htra2-beta1». Гм. Genet. 114 (1): 11–21. Дои:10.1007 / s00439-003-1025-2. PMID  14520560. S2CID  19872246.
• Ли Дж., Хокинс И.К., Харви С.Д. и др. (2003). «Регулирование альтернативного сплайсинга с помощью SRrp86 и взаимодействующих с ним белков». Мол. Cell. Биол. 23 (21): 7437–47. Дои:10.1128 / MCB.23.21.7437-7447.2003. ЧВК  207616. PMID  14559993.
• Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека». Nat. Genet. 36 (1): 40–5. Дои:10,1038 / ng1285. PMID  14702039.