TOM1 - TOM1

TOM1
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 1ELK, 1WRD, 2N2N
Идентификаторы
Псевдонимы	TOM1, мишень мембранного транспортного белка myb1
Внешние идентификаторы	OMIM: 604700 MGI: 1338026 ГомолоГен: 88453 Генные карты: TOM1
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 22 (человек)[1] Группа 22q12.3 Начинать 35,299,275 бп[1] Конец 35,347,992 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 8 (мышь)[2] Группа 8 | 8 C1 Начинать 75,033,705 бп[2] Конец 75,070,121 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • клатриновое связывание • GO: 0001948 связывание с белками Сотовый компонент • цитозоль • эндосома • ранняя эндосома • внеклеточная экзосома • внутриклеточный • цитоплазма • мембрана • клеточная мембрана • мембрана азурофильных гранул • специфическая гранулированная мембрана Биологический процесс • внутриклеточный транспорт белка • эндоцитоз • эндосомный транспорт • транспорт белка • дегрануляция нейтрофилов • транспорт Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	10043	21968
Ансамбль	ENSG00000100284	ENSMUSG00000042870
UniProt	O60784	O88746
RefSeq (мРНК)	NM_001135729 NM_001135730 NM_001135732 NM_005488	NM_001136259 NM_011622
RefSeq (белок)	NP_001129201 NP_001129202 NP_001129204 NP_005479	NP_001129731 NP_035752
Расположение (UCSC)	Chr 22: 35,3 - 35,35 Мб	Chr 8: 75.03 - 75.07 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Мишень белка Myb 1 это белок что у людей кодируется TOM1 ген.^[5][6][7]

Специфическая функция этого гена еще не определена, но она может включать транслокацию рецепторных комплексов фактора роста в лизосому для деградации. Этот ген локализован в 22q13.1, причем HMOX1 и MCM5 расположены дистально, а HMG2L1 - проксимально.^[7]

Взаимодействия

TOM1 был показан взаимодействовать с TOLLIP^[8] и ZFYVE16.^[9]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000100284 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000042870 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Серусси Э., Кедра Д., Кост-Алимова М., Сандберг-Нордквист А.С., Франссон И., Якобс Дж.Ф., Фу Й., Pan HQ, Роу Б.А., Имре С., Думански Д.П. (август 1999 г.). «Гены TOM1 отображаются на хромосоме 22q13.1 человека и хромосоме 8C1 мыши и кодируют белки, аналогичные эндосомным белкам HGS и STAM». Геномика. 57 (3): 380–8. Дои:10.1006 / geno.1998.5739. PMID  10329004.
6. Като Й, Шиба Й, Мицухаси Х, Янагида Й, Такацу Х, Накаяма К. (май 2004 г.). «Tollip и Tom1 образуют комплекс и привлекают убиквитин-конъюгированные белки на ранние эндосомы». J Biol Chem. 279 (23): 24435–43. Дои:10.1074 / jbc.M400059200. PMID  15047686.
7. «Энтрез Ген: мишень TOM1 для myb1 (курица)».
8. Ямаками, Мэгуми; Йошимори Тамоцу; Йокосава Хидэёси (декабрь 2003 г.). «Tom1, белок, содержащий домен VHS, взаимодействует с толлипом, убиквитином и клатрином». J. Biol. Chem. 278 (52): 52865–72. Дои:10.1074 / jbc.M306740200. ISSN  0021-9258. PMID  14563850.
9. Сит, Ли-Фонг; Лю Ниншэн; Хэнсон Брендон Дж; Хун Ваньцзинь (февраль 2004 г.). "Endofin привлекает TOM1 к эндосомам". J. Biol. Chem. 279 (6): 4670–9. Дои:10.1074 / jbc.M311228200. ISSN  0021-9258. PMID  14613930.

дальнейшее чтение

• Данэм И., Шимицу Н., Роу Б.А. и др. (1999). «Последовательность ДНК хромосомы 22 человека». Природа. 402 (6761): 489–95. Bibcode:1999Натура.402..489D. Дои:10.1038/990031. PMID  10591208.
• Мисра С., Бич Б.М., Херли Дж. Х. (2000). «Структура домена VHS человека Tom1 (мишень myb 1): понимание взаимодействия с белками и мембранами». Биохимия. 39 (37): 11282–90. Дои:10.1021 / bi0013546. PMID  10985773.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002ПНАС ... 9916899М. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Кларк Х.Ф., Герни А.Л., Абая Э. и др. (2003). «Инициатива по открытию секретных белков (SPDI), широкомасштабная попытка идентифицировать новые секретируемые и трансмембранные белки человека: биоинформатическая оценка». Genome Res. 13 (10): 2265–70. Дои:10.1101 / гр.1293003. ЧВК  403697. PMID  12975309.
• Ямаками М, Йошимори Т, Йокосава Х (2004). «Tom1, белок, содержащий домен VHS, взаимодействует с толлипом, убиквитином и клатрином». J. Biol. Chem. 278 (52): 52865–72. Дои:10.1074 / jbc.M306740200. PMID  14563850.
• Сит Л.Ф., Лю Н., Хансон Б.Дж., Хонг В. (2004). "Endofin привлекает TOM1 к эндосомам". J. Biol. Chem. 279 (6): 4670–9. Дои:10.1074 / jbc.M311228200. PMID  14613930.
• Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека». Nat. Genet. 36 (1): 40–5. Дои:10,1038 / ng1285. PMID  14702039.
• Коллинз Дж. Э., Райт К. Л., Эдвардс К. А. и др. (2005). «Основанный на аннотации генома подход к клонированию ORFeome человека». Геном Биол. 5 (10): R84. Дои:10.1186 / gb-2004-5-10-r84. ЧВК  545604. PMID  15461802.
• Сит Л.Ф., Хонг В. (2005). «Endofin привлекает клатрин к ранним эндосомам через TOM1». J. Cell Sci. 118 (Pt 3): 575–87. Дои:10.1242 / jcs.01628. PMID  15657082.
• Шмид Э.М., Форд М.Г., Бурти А. и др. (2007). «Роль концентратора бета-придатков AP2 в привлечении партнеров для сборки везикул, покрытых клатрином». PLoS Biol. 4 (9): e262. Дои:10.1371 / journal.pbio.0040262. ЧВК  1540706. PMID  16903783.
• Олсен Ю.В., Благоев Б., Гнад Ф. и др. (2006). «Глобальная, in vivo и сайт-специфическая динамика фосфорилирования в сигнальных сетях». Ячейка. 127 (3): 635–48. Дои:10.1016 / j.cell.2006.09.026. PMID  17081983.

внешняя ссылка

• TOM1 расположение человеческого гена в Браузер генома UCSC.
• TOM1 детали человеческого гена в Браузер генома UCSC.