Открытый язык синтетической биологии - Synthetic Biology Open Language
В Открытый язык синтетической биологии (SBOL)[1] это предлагаемый стандарт данных для обмен синтетическая биология проекты между программные пакеты.[2] Он находится в разработке SBOL Developers Group.[3] с 2008 года. Эта группа нацелена на разработку стандарта открытым и демократичным образом, чтобы охватить как можно больше интересов и избежать доминирования одной компании. Группа также стремится развивать и улучшать стандарты дизайна с течением времени, поскольку область синтетической биологии отражает это развитие.
А язык графического моделирования под названием SBOL visual также был создан для визуализации конструкций SBOL.[4]
Стандартные визуальные символы Synthetic Biology Open Language (SBOL): промоутер, сайт связывания праймера, компакт-диски, сайт ограничения, так далее.
Релизы
| Версия | Дата |
|---|---|
| 1.0 | Ноябрь 2011 г. |
| 1.1 | Октябрь 2012 г. |
| 2.0 | Июль 2015 г. |
| 2.1.0 | Октябрь 2016[5] |
Рекомендации
- ^ "Открытый язык синтетической биологии (SBOL)".
- ^ Galdzicki, Михал; Клэнси, Кевин П. Оберортнер, Эрнст; Покок, Мэтью; Куинн, Жаклин Y; Родригес, Сезар А; Рёнер, Николас; Уилсон, Мэнди Л; Адам, Лаура; Андерсон, Дж. Кристофер; Бартли, Брайан А; Бил, Джейкоб; Чандран, Дипак; Чен, Джоанна; Денсмор, Дуглас; Энди, Дрю; Грюнберг, Райк; Халлинан, Дженнифер; Хиллсон, Натан Дж; Джонсон, Джеффри Д; Кучинский, Аллан; Люкс, Мэтью; Мисирли, Гоксель; Пекку, Жан; Плахар, Гектор А; Сирин, Эврен; Стэн, Гай-Барт; Вильялобос, Алан; Випат, Анил; Дженнари, Джон Х; Майерс, Крис Дж; Сауро, Герберт М. (6 июня 2014 г.). «Открытый язык синтетической биологии (SBOL) обеспечивает общественный стандарт для передачи дизайнов в синтетической биологии». Природа Биотехнологии. 32 (6): 545–550. Дои:10.1038 / nbt.2891. PMID 24911500.
- ^ https://sbolstandard.org/development/gov/
- ^ Куинн, Жаклин Ю.; Кокс, Роберт Сидни; Адлер, Аарон; Бил, Джейкоб; Бхатия, Свапнил; Цай, Ижи; Чен, Джоанна; Клэнси, Кевин; Galdzicki, Михал; Хиллсон, Натан Дж .; Ле Новер, Николя; Махешвари, Акшай Дж .; Маклафлин, Джеймс Аластер; Майерс, Крис Дж .; П, Умеш; Покок, Мэтью; Родригес, Сезар; Солдатова, Лариса; Стэн, Гай-Барт В .; Суэйнстон, Нил; Випат, Анил; Сауро, Герберт М. (3 декабря 2015 г.). "SBOL Visual: графический язык для генетических образцов". PLOS Биология. 13 (12): e1002310. Дои:10.1371 / journal.pbio.1002310. ЧВК 4669170. PMID 26633141.
- ^ Бил, Джейкоб; Кокс, Роберт Сидни; Грюнберг, Райк; Маклафлин, Джеймс; Нгуен, Трами; Бартли, Брайан; Бисселл, Майкл; Чой, Кири; Клэнси, Кевин; МакКлин, Крис; Мэдсен, Кертис; Мисирли, Гоксель; Оберортнер, Эрнст; Покок, Мэтью; Рёнер, Николас; Саминени, Мехер; Чжан, Майкл; Чжан, Чжэнь; Зундель, Зак; Gennari, John H .; Майерс, Крис; Сауро, Герберт; Випат, Анил (2016). "Открытый язык синтетической биологии (SBOL), версия 2.1.0". Журнал интегративной биоинформатики. 13 (3): 291. Дои:10.1515 / jib-2016-291. PMID 28187407.