График последовательности - Sequence graph

В сравнительная геномика, а граф последовательности, также называемый график выравнивания, график точек останова, или же граф смежности, это двунаправленный граф в котором вершины представляют собой отрезки ДНК а края представляют смежность между сегментами в геном.^[1] Сегменты маркируются цепочкой ДНК, которую они представляют, и каждый край соединяет задний конец одного сегмента с головным концом другого сегмента. Каждое ребро смежности помечено (возможно, пустой) цепочкой ДНК. Прохождение связного компонента сегментов и ребер смежности (называемого нить) дает последовательность, которая обычно представляет собой геном или часть генома. Сегменты можно представить как синтения блоки, причем края определяют, как расположить эти блоки в конкретном геноме, и маркировка краев смежности, представляющих основания, которые не содержатся в блоках синтении.

Приложения

Множественное выравнивание последовательностей

Графики последовательностей могут использоваться для представления множественное выравнивание последовательностей с добавлением нового вида ребра, представляющего гомология между сегментами.^[2] Для набора геномов можно создать ациклический граф точек останова с потоком для каждого генома. Для двух сегментов ${ Displaystyle (а, б)}$ и ${ displaystyle (c, d)}$ , куда ${ displaystyle a}$ , ${ displaystyle b}$ , ${ displaystyle c}$ , и ${ displaystyle d}$ представляют собой концы двух сегментов, ребра гомологии могут быть созданы из ${ displaystyle a}$ к ${ displaystyle c}$ и ${ displaystyle b}$ к ${ displaystyle d}$ или из ${ displaystyle a}$ к ${ displaystyle d}$ и ${ displaystyle b}$ к ${ displaystyle c}$ - представляющие две возможные ориентации гомологии. Преимущество представления множественного выравнивания последовательностей таким способом состоит в том, что можно включать инверсии и другие структурные перестройки, которые не допускаются в матричном представлении.

Представление вариации

Если существует несколько возможных путей при обходе потока в графе последовательностей, несколько последовательностей могут быть представлены одним и тем же потоком. Это означает, что можно создать граф последовательностей, который представляет популяцию людей с немного разными геномами, причем каждому геному соответствует один путь через граф. Эти графики были предложены в качестве замены ссылка человеческий геном.^[3]

Рекомендации

^ Алексеев, М. А .; Певзнер, П. А. (13 февраля 2009 г.). «Графики точек останова и реконструкции генома предков». Геномные исследования. Лаборатория Колд-Спринг-Харбор. 19 (5): 943–957. Дои:10.1101 / гр.082784.108. ISSN 1088-9051. ЧВК 2675983. PMID 19218533.CS1 maint: ref = harv (связь)
^ Патен, Бенедикт; Зербино, Даниэль Р.; Хики, Гленн; Хаусслер, Дэвид (2014-06-19). «Объединяющая модель эволюции генома в условиях экономии». BMC Bioinformatics. ООО "Спрингер Сайенс энд Бизнес Медиа". 15 (1): 206. Дои:10.1186/1471-2105-15-206. ISSN 1471-2105. ЧВК 4082375. PMID 24946830.CS1 maint: ref = harv (связь)
^ Патен, Бенедикт; Новак, Адам; Хаусслер, Дэвид (2014-04-20). «Сопоставление с эталонной структурой генома». arXiv:1404.5010 [q-bio.GN ].CS1 maint: ref = harv (связь)

[1] Алексеев, М. А .; Певзнер, П. А. (13 февраля 2009 г.). «Графики точек останова и реконструкции генома предков». Геномные исследования. Лаборатория Колд-Спринг-Харбор. 19 (5): 943–957. Дои:10.1101 / гр.082784.108. ISSN 1088-9051. ЧВК 2675983. PMID 19218533.CS1 maint: ref = harv (связь)

[2] Патен, Бенедикт; Зербино, Даниэль Р.; Хики, Гленн; Хаусслер, Дэвид (2014-06-19). «Объединяющая модель эволюции генома в условиях экономии». BMC Bioinformatics. ООО "Спрингер Сайенс энд Бизнес Медиа". 15 (1): 206. Дои:10.1186/1471-2105-15-206. ISSN 1471-2105. ЧВК 4082375. PMID 24946830.CS1 maint: ref = harv (связь)

[3] Патен, Бенедикт; Новак, Адам; Хаусслер, Дэвид (2014-04-20). «Сопоставление с эталонной структурой генома». arXiv:1404.5010 [q-bio.GN ].CS1 maint: ref = harv (связь)

[1]

[2]

[3]