SRNA-Xcc1 - SRNA-Xcc1

мРНК-Xcc1 (малая РНК, идентифицированная из Xanthomonas campestris pv. Campestris ) - это семейство транс-действующих некодирующая РНК (также известный как малая РНК).[1][2] Гомологи sRNA-Xcc1 обнаружены у нескольких бактериальных штаммов, принадлежащих к альфа-протеобактерии, бета-протеобактерии, гамма-протеобактерии, и дельта-протеобактерии. В Ксантомонады Campestris pv. Campestris, sRNA-Xcc1 кодируется интегрон генная кассета и находится под положительным контролем регуляторов вирулентности HrpG и HrpX.[3][4]

Происхождение и филогенетическое распространение

sRNA-Xcc1 кодируется кассетой генов в интегроне Xanthomonas campestris pv. Campestris и гомологи мРНК-Xcc1 часто обнаруживаются в кассетах интегронных генов, клонированных из некультивируемых бактерий,[5] возможно, что sRNA-Xcc1 первоначально захватывается интегронами из естественной среды. мРНК-Xcc1 гомологи обнаружены в нескольких таксономически далеких родственных штаммах через альфа-, бета- и гамма-протеобактерии, но не у близкородственных бактерий, что подразумевает, что sRNA-Xcc1 передается через горизонтальный перенос генов (HGT). Гомологичный ген sRNA-Xcc1 находится на Tn5542, a транспозон несут плазмида pHMT112, что указывает на то, что горизонтальный перенос sRNA-Xcc1 осуществляется с помощью транспозонов и / или плазмид.[6]

Возможная биологическая функция

Экспрессия sRNA-Xcc1 находится под положительным контролем двух важных вирулентность регуляторы HrpG и HrpX Xanthomonas campestris pv. Campestris, что указывает на то, что sRNA-Xcc1 может участвовать в патогенез из возбудитель.

Рекомендации

  1. ^ Чен XL; Тан DJ; Цзян Р.П .; Он YQ; Цзян БЛ; Лу GT; Тан JL (2011). «sRNA-Xcc1, транс-действующая sRNA, кодируемая интегроном и переносимая плазмидой, находится под положительным контролем ключевых регуляторов вирулентности HrpG и HrpX Xanthomonas campestris pathovar campestris». РНК Биол. 8 (6): 947–53. Дои:10.4161 / rna.8.6.16690. ЧВК  3256417. PMID  21941121.
  2. ^ Schmidtke C, Findeiß S, Sharma CM, Kuhfuß J, Hoffmann S, Vogel J, et al. (2011). «Полногеномный анализ транскриптома растительного патогена Xanthomonas выявляет мРНК с предполагаемой функцией вирулентности». Нуклеиновые кислоты Res. 40 (5): 2020–2031. Дои:10.1093 / nar / gkr904. ЧВК  3300014. PMID  22080557.
  3. ^ Wengelnik K; Ван ден Аккервекен G; Бонас У (1996). «HrpG, ключевой регуляторный белок hrp Xanthomonas campestris pv. Vesicatoria, гомологичен двухкомпонентным регуляторам ответа». Мол Растительный Микроб Взаимодействовать. 9 (8): 704–12. Дои:10.1094 / mpmi-9-0704. PMID  8870269.
  4. ^ Wengelnik K; Бонас У (1996). «HrpXv, регулятор типа AraC, активирует экспрессию пяти из шести локусов в кластере hrp Xanthomonas campestris pv. Vesicatoria».. J Бактериол. 178 (12): 3462–9. ЧВК  178114. PMID  8655542.
  5. ^ Gillings MR; Холли МП; Стокса HW; Холмс AJ (2005). «Интегроны в Xanthomonas: источник разнообразия видового генома». Proc Natl Acad Sci U S A. 102 (12): 4419–24. Дои:10.1073 / pnas.0406620102. ЧВК  555480. PMID  15755815.
  6. ^ Tan HM; Tang HY; Joannou CL; Abdel-Wahab NH; Мейсон-младший (1993). «Гены бензолдиоксигеназы, кодируемые плазмидой Pseudomonas putida ML2, необычны по использованию кодонов и имеют низкое содержание G + C». Ген. 130 (1): 33–9. Дои:10.1016/0378-1119(93)90343-2. PMID  8344526.

Филогенетические диаграммы

  • Множественное выравнивание и консенсусная модель вторичной структуры гомологов sRNA-Xcc1. Множественное выравнивание было выполнено с использованием программы ClustalW, и согласованная вторичная структура была предсказана на основе множественного выравнивания с использованием программы RNAalifold. Мотив консервативной последовательности «AUACAAnACCC» был заключен в рамку.

  • Филогенетическое дерево гомологов sRNA-Xcc1 на основе множественных выравниваний. Символы в правой части названия бактериального штамма указывают на класс вида, который содержит гомолог sRNA-Xcc1, и место, где находится гомолог.