SF3A1 - SF3A1

SF3A1
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 1ЗХ, 2DT6, 2DT7
Идентификаторы
Псевдонимы	SF3A1, PRP21, PRPF21, SAP114, SF3A120, фактор сплайсинга 3a субъединица 1
Внешние идентификаторы	OMIM: 605595 MGI: 1914715 ГомолоГен: 4294 Генные карты: SF3A1
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 22 (человек)[1] Группа 22q12.2 Начинать 30,331,988 бп[1] Конец 30,356,919 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 11 (мышь)[2] Группа 11 | 11 A1 Начинать 4,160,350 бп[2] Конец 4,182,541 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • GO: 0001948 связывание с белками • Связывание РНК Сотовый компонент • каталитическая стадия 2 сплайсосомы • сплайсосомальный комплекс • Сплайсосомальный комплекс типа U2 • Пресплицеосома U2-типа • ядро клетки • нуклеоплазма • ядерное пятнышко • U2 snRNP • Предкаталитическая сплайсосома типа U2 Биологический процесс • Сплайсинг мРНК через сплайсосомы • обработка мРНК • Обработка РНК • Узнавание сайта 3'-сплайсинга мРНК • Сплайсинг РНК • регуляция альтернативного сплайсинга мРНК через сплайсосомы • Сборка пресплицеосом типа U2 Источники:Амиго / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	10291	67465
Ансамбль	ENSG00000099995	ENSMUSG00000002129
UniProt	Q15459	Q8K4Z5
RefSeq (мРНК)	NM_005877 NM_001005409	NM_026175
RefSeq (белок)	NP_005868	NP_080451
Расположение (UCSC)	Chr 22: 30.33 - 30.36 Мб	Chr 11: 4.16 - 4.18 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Фактор сплайсинга 3 субъединица 1 это белок что у людей кодируется SF3A1 ген.^[5][6]

Этот ген кодирует субъединицу 1 белкового комплекса фактора сплайсинга 3a. Гетеротример с фактором сплайсинга 3a включает субъединицы 1, 2 и 3 и необходим для in vitro превращения мяРНП 15S U2 в активную частицу 17S, которая выполняет сплайсинг пре-мРНК. Субъединица 1 принадлежит к семейству белков SURP; назван в честь мотивов SURP (также называемых SWAP или Suppressor-of-White-APricot), которые, как считается, опосредуют связывание РНК. Субъединица 1 имеет тандемно повторяющиеся мотивы SURP в своей аминоконцевой половине, в то время как ее карбокси-концевая половина содержит богатую пролином область и убиквитин-подобный домен. Исследования связывания с производными усеченной субъединицы 1 продемонстрировали, что два мотива SURP необходимы для связывания с субъединицей 3, тогда как контакты с субъединицей 2 могут происходить через последовательности, карбокси-концевые по отношению к мотивам SURP. Альтернативный сплайсинг приводит к множеству вариантов транскриптов, кодирующих разные изоформы.^[6]

Взаимодействия

SF3A1 показал себя взаимодействовать с SF3A3^[7][8] и CDC5L.^[9]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000099995 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000002129 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Kramer A; Mulhauser F; Wersig C; Groning K; Бильбе Дж. (Январь 1996 г.). «Фактор сплайсинга млекопитающих SF3a120 представляет нового члена семейства белков SURP и гомологичен важному фактору сплайсинга PRP21p из Saccharomyces cerevisiae». РНК. 1 (3): 260–72. ЧВК  1369079. PMID  7489498.
6. «Ген Entrez: фактор сплайсинга SF3A1 3a, субъединица 1, 120 кДа».
7. Несич, Д; Кремер А. (октябрь 2001 г.). «Домены в человеческих факторах сплайсинга SF3a60 и SF3a66, необходимые для связывания с SF3a120, сборки 17S U2 snRNP и образования пресплицеосом». Мол. Клетка. Биол. Соединенные Штаты. 21 (19): 6406–17. Дои:10.1128 / MCB.21.19.6406-6417.2001. ISSN  0270-7306. ЧВК  99788. PMID  11533230.
8. Кьяра, доктор медицины; Чемпион-Арно П; Буволи М; Надаль-Жинар Б; Рид Р. (июль 1994 г.). «Специфические белок-белковые взаимодействия между основными белками, ассоциированными со сплайсосомами млекопитающих, SAP 61 и SAP 114». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ. 91 (14): 6403–7. Bibcode:1994PNAS ... 91.6403C. Дои:10.1073 / пнас.91.14.6403. ISSN  0027-8424. ЧВК  44210. PMID  8022796.
9. Ajuh, P; Kuster B; Панов К; Zomerdijk J C; Mann M; Ламонд А I (декабрь 2000 г.). «Функциональный анализ человеческого комплекса CDC5L и идентификация его компонентов с помощью масс-спектрометрии». EMBO J. АНГЛИЯ. 19 (23): 6569–81. Дои:10.1093 / emboj / 19.23.6569. ISSN  0261-4189. ЧВК  305846. PMID  11101529.

дальнейшее чтение

• Кьяра, доктор медицины, Чемпион-Арно П., Буволи М. и др. (1994). «Специфические белок-белковые взаимодействия между основными белками, ассоциированными со сплайсосомами млекопитающих, SAP 61 и SAP 114». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 91 (14): 6403–7. Bibcode:1994PNAS ... 91.6403C. Дои:10.1073 / пнас.91.14.6403. ЧВК  44210. PMID  8022796.
• Rain JC; Тартаков А.М.; Krämer A; Легрен П. (1996). «Основные домены фактора сплайсинга PRP21 участвуют в связывании с белками PRP9 и PRP11 и сохраняются в процессе эволюции». РНК. 2 (6): 535–50. ЧВК  1369393. PMID  8718683.
• Neubauer G, King A, Rappsilber J и др. (1998). «Масс-спектрометрия и поиск в базе данных EST позволяют охарактеризовать мультибелковый сплайсосомный комплекс». Nat. Genet. 20 (1): 46–50. Дои:10.1038/1700. PMID  9731529.
• «К полной последовательности человеческого генома». Genome Res. 8 (11): 1097–108. 1999. Дои:10.1101 / гр. 8.11.1097. PMID  9847074.
• Krämer A; Grüter P; Грёнинг К.; Кастнер Б (1999). «Комбинированный биохимический и электронно-микроскопический анализы выявили архитектуру мяРНП U2 млекопитающих». J. Cell Biol. 145 (7): 1355–68. Дои:10.1083 / jcb.145.7.1355. ЧВК  2133165. PMID  10385517.
• Данэм И., Шимидзу Н., Роу Б.А. и др. (1999). «Последовательность ДНК хромосомы 22 человека». Природа. 402 (6761): 489–95. Bibcode:1999Натура.402..489D. Дои:10.1038/990031. PMID  10591208.
• Das R; Чжоу З; Рид Р. (2000). «Функциональная ассоциация U2 snRNP с АТФ-независимым сплайсосомным комплексом E.». Мол. Клетка. 5 (5): 779–87. Дои:10.1016 / S1097-2765 (00) 80318-4. PMID  10882114.
• Gunther M; Laithier M; Брисон О. (2000). «Набор белков, взаимодействующих с фактором транскрипции Sp1, идентифицированный в результате двухгибридного скрининга». Мол. Клетка. Биохим. 210 (1–2): 131–42. Дои:10.1023 / А: 1007177623283. PMID  10976766.
• Аджух П., Кустер Б., Панов К. и др. (2001). «Функциональный анализ человеческого комплекса CDC5L и идентификация его компонентов с помощью масс-спектрометрии». EMBO J. 19 (23): 6569–81. Дои:10.1093 / emboj / 19.23.6569. ЧВК  305846. PMID  11101529.
• Сузуки Ю., Цунода Т., Сесе Дж. И др. (2001). «Идентификация и характеристика потенциальных промоторных областей 1031 вида генов человека». Genome Res. 11 (5): 677–84. Дои:10.1101 / гр.гр-1640р. ЧВК  311086. PMID  11337467.
• Будет CL, Schneider C, MacMillan AM и др. (2001). «Новый белок snRNP U2 и U11 / U12, который связывается с участком разветвления пре-мРНК». EMBO J. 20 (16): 4536–46. Дои:10.1093 / emboj / 20.16.4536. ЧВК  125580. PMID  11500380.
• Несич Д; Кремер А (2001). «Домены в человеческих факторах сплайсинга SF3a60 и SF3a66, необходимые для связывания с SF3a120, сборки 17S U2 snRNP и образования пресплицеосом». Мол. Клетка. Биол. 21 (19): 6406–17. Дои:10.1128 / MCB.21.19.6406-6417.2001. ЧВК  99788. PMID  11533230.
• Юрица М.С., Ликлидер Л.Дж., Гиги С.Р. и др. (2002). «Очистка и характеристика нативных сплайсосом, пригодных для трехмерного структурного анализа». РНК. 8 (4): 426–39. Дои:10.1017 / S1355838202021088. ЧВК  1370266. PMID  11991638.
• Будет CL, Urlaub H, Achsel T, et al. (2002). «Характеристика новых белков snRNP SF3b и 17S U2, включая гомолог человеческого Prp5p и белок DEAD-бокса SF3b». EMBO J. 21 (18): 4978–88. Дои:10.1093 / emboj / cdf480. ЧВК  126279. PMID  12234937.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002ПНАС ... 9916899М. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Босолей С.А., Едриховски М., Шварц Д. и др. (2004). «Широкомасштабная характеристика ядерных фосфопротеинов клеток HeLa». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 101 (33): 12130–5. Bibcode:2004ПНАС..10112130Б. Дои:10.1073 / pnas.0404720101. ЧВК  514446. PMID  15302935.
• Несич Д; Танацкович Г; Кремер А (2005). «Роль тел Кахаля на последних этапах биогенеза U2 snRNP». J. Cell Sci. 117 (Pt 19): 4423–33. Дои:10.1242 / jcs.01308. PMID  15316075.
• Лин КТ; Лу РМ; Tarn WY (2004). «Белки, содержащие домен WW, взаимодействуют с ранней сплайсосомой и участвуют в сплайсинге пре-мРНК in vivo». Мол. Клетка. Биол. 24 (20): 9176–85. Дои:10.1128 / MCB.24.20.9176-9185.2004. ЧВК  517884. PMID  15456888.
• Коллинз Дж. Э., Райт К. Л., Эдвардс К. А. и др. (2005). «Основанный на аннотации генома подход к клонированию ORFeome человека». Геном Биол. 5 (10): R84. Дои:10.1186 / gb-2004-5-10-r84. ЧВК  545604. PMID  15461802.

внешняя ссылка

• SF3A1 расположение человеческого гена в Браузер генома UCSC.
• SF3A1 детали человеческого гена в Браузер генома UCSC.