Псевдо K-кортежный нуклеотидный состав - Pseudo K-tuple nucleotide composition
 | Эта статья поднимает множество проблем. Пожалуйста помоги Улучши это или обсудите эти вопросы на страница обсуждения. (Узнайте, как и когда удалить эти сообщения-шаблоны) (Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения)
|
В Псевдо K-кортежный нуклеотидный состав или же PseKNC, был расширен от Чжоу Псевдоаминокислотный состав (PseAAC).[1] И PseAAC, и PseKNC имеют векторный дескриптор, но первый представляет белок или же пептид последовательности, в то время как последний представляет ДНК или же РНК последовательности.
Чтобы избежать полной потери информации о порядке последовательности для белковых и пептидных последовательностей, PseAAC[1] был предложен Куо-Чен Чоу. Чтобы решить проблему последовательностей ДНК и РНК, псевдо K-кортеж нуклеотид был предложен состав или PseKNC.[2][3][4] Для удобства научного сообщества бесплатный веб-сервер называется PseKNC[2] и пакет с открытым исходным кодом под названием PseKNC-General[3] были разработаны в 2013 и 2014 годах соответственно, которые могли преобразовывать крупномасштабные наборы данных последовательностей в псевдонуклеотидные композиции с многочисленными вариантами комбинаций физико-химических свойств. PseKNC-General может генерировать несколько режимов псевдонуклеотидных композиций, включая обычные k-кортежные нуклеотидные композиции, коэффициент автокорреляции Моро – Брото, коэффициент автокорреляции Морана, коэффициент автокорреляции Гири, PseKNC типа I и PseKNC типа II.
Как PseAAC в вычислительной протеомика и протеом анализа, PseKNC также все чаще используется в вычислительных геномика и выполнение различных геном анализы.
Рекомендации
- ^ а б Чжоу, Куо-Чен (2001). «Прогнозирование клеточных атрибутов белков с использованием псевдоаминокислотного состава». Белки: структура, функции и генетика. 43 (3): 246–55. Дои:10.1002 / prot.1035. PMID 11288174.
- ^ а б Чен, Вэй; Лэй, Тянь-Ю; Цзинь, Дянь-Чуань; Линь, Хао; Чжоу, Куо-Чен (2014). «PseKNC: гибкий веб-сервер для генерации псевдокортежей нуклеотидной композиции». Аналитическая биохимия. 456: 53–60. Дои:10.1016 / j.ab.2014.04.001. PMID 24732113.
- ^ а б Чен, Вэй; Чжан, Ситун; Брукер, Иордания; Линь, Хао; Чжан, Лицин; Чжоу, Куо-Чен (2015). «PseKNC-General: кроссплатформенный пакет для создания различных режимов псевдонуклеотидных композиций». Биоинформатика. 31 (1): 119–20. Дои:10.1093 / биоинформатика / btu602. PMID 25231908.
- ^ Чен, Вэй; Линь, Хао; Чжоу, Куо-Чен (2015). «Псевдонуклеотидная композиция или PseKNC: эффективный состав для анализа геномных последовательностей». Молекулярные биосистемы. 11 (10): 2620–34. Дои:10.1039 / c5mb00155b. PMID 26099739.