PhytoPath - PhytoPath
 | |
|---|---|
| Содержание | |
| Описание | Проект PhytoPath собирает и объединяет данные в масштабе генома от важных грибковых, оомицетных и бактериальных патогенов растений с литературной информацией о мутантных фенотипах. Данные отображаются с использованием платформы Ensembl Genomes. |
| Типы данных захвачен | Данные в масштабе генома, фенотипы микробных мутантов |
| Организмы | 88 грибковых, 24 бактериальных и 23 простейших патогена |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | EMBL-EBI и Rothamsted Research |
| Основное цитирование | PMID 26476449 |
| Дата выхода | 2012 |
| Доступ | |
| Формат данных | FASTA, GFF3 |
| Интернет сайт | PhytoPath |
| Инструменты | |
| Интернет | PhytoPath BioMart поиск |
| Разное | |
| Лицензия | Лицензия на программное обеспечение Apache 2.0 |
| Управление версиями | да |
| Выпуск данных частота | ежеквартальный |
| Версия | PhytoPath построен на основе 32-го выпуска (август 2016 г.) Ensembl Genomes и версии 4.2 базы PHI. |
PhytoPath это совместный научный проект Европейский институт биоинформатики и Rothamsted Research. Проект нацелен на использование растущего объема «-омических» данных, генерируемых для фитопатогенов, их растений-хозяев и связанных с ними модельных видов. Фенотипическая информация о мутантах генов напрямую отображается в браузерах генома.
Фон
PhytoPath - это биоинформатический ресурс, запущенный в 2012 году, который объединяет данные в масштабе генома важных патогенных видов растений с литературной информацией о фенотипах инфекции хозяина, доступной из базы данных взаимодействия патоген-хозяин (PHI-база). Он обеспечивает доступ к полной сборке генома и моделям генов из приоритетных культур и модельным фитопатогенным видам грибов и оомицетов через Ансамбль Интерфейс браузера Genomes. Phytopath также напрямую связывается с отдельными моделями последовательностей генов в браузере генома Ensembl с рецензируемой информацией о фенотипе, хранящейся в PHI-база. Ресурс Phytopath призван предоставить инструменты для сравнительного анализа геномов грибов и оомицетов. В 2015 году база данных делает доступными 135 геномных последовательностей в браузерах генома 87 видов патогенов растений. Для 1364 генов фенотипическая аннотация относительно их роли в патогенности или в качестве мишеней для химического вмешательства отображается непосредственно в браузере генома патогена. Поддержка аннотации сообщества для генных моделей обеспечивается с помощью онлайн-редактора генов WebApollo для некоторых видов.
внешняя ссылка
Рекомендации
- Pedro, H .; Maheswari, U .; Городской, М .; Irvine, A.G .; Cuzick, A .; Mcdowall, M.D .; Staines, D.M .; Кулеша, Э .; Hammond-Kosack, K.E .; Керси, П.Дж. (2016). «PhytoPath: интегративный ресурс по геномике патогенов растений». Исследования нуклеиновых кислот. 44: D688-639. Дои:10.1093 / нар / gkv1052. ЧВК 4702788. PMID 26476449.
- Фличек; и другие. (2011). «Ансамбль 2011». Нуклеиновые кислоты Res. 39: D800–6. Дои:10.1093 / nar / gkq1064. ЧВК 3013672. PMID 21045057.
- Winnenburg, R .; Городской, М .; Beacham, A .; Болдуин, Т.К .; Holland, S .; Lindeberg, M .; Hansen, H .; Rawlings, C .; Hammond-Kosack, K .; Кёлер, Дж. (2008). «Обновление базы PHI: дополнения к базе данных взаимодействий патогена-хозяина». Исследования нуклеиновых кислот. 36: D572–6. Дои:10.1093 / нар / гкм858. ЧВК 2238852. PMID 17942425.
- Болдуин, Т.К .; Winnenburg, R .; Городской, М .; Rawlings, C .; Köhler, J .; Хаммонд-Косак, К. (2006). «База данных взаимодействий между патогенами и хозяевами (PHI-base) дает представление об общих и новых темах патогенности». Молекулярные взаимодействия растений и микробов. 19 (12): 1451–62. Дои:10.1094 / mpmi-19-1451. PMID 17153929.