Феном - Phenome

Не путать с фонема.

А феномен это набор всех фенотипы выраженный ячейка, ткань, орган, организм, или же разновидность.

Так же, как геном и протеом обозначают все гены и белки организма, феномен представляет собой сумму его фенотипических признаков. Примеры фенотипических черт человека: цвет кожи, цвет глаз, рост, или конкретный личность характеристики.[сомнительный – обсуждать] Хотя в основе любого фенотипа любого организма лежит его генотип, на фенотипическое выражение могут влиять влияния окружающей среды, мутации и генетические вариации, такие как однонуклеотидный полиморфизм (SNP) или сочетание этих факторов.

Феномика - это изучение феномена и того, как он определяется, особенно когда его изучают в отношении набора всех генов (геномика ) или все белки (протеомика ).

Происхождение и использование

Этот термин впервые был использован Дэвисом в 1949 году: «Мы предлагаем название феномен для суммы экстрагенных, неавторепродуктивных частей клетки, как цитоплазматических, так и ядерных. Феном будет материальной основой фенотипа, так же как геном является материальной основой генотипа ».[1]

Хотя феномен используется в течение многих лет, различие между использованием феномена и фенотипа проблематично. Предлагаемое определение обоих терминов как «физическая совокупность всех характеристик организма или одной из его подсистем» было предложено Манером и Кэри в 1997 году, которые утверждали, что, хотя ученые склонны интуитивно использовать эти и связанные с ними термины в некоторой манере это не препятствует исследованию, термины не имеют четкого определения и их использование непоследовательно.[2]

Некоторые употребления этого термина предполагают, что феномен данного организма лучше всего понимать как своего рода матрицу данных, представляющих физическое проявление фенотипа. Например, дискуссии, которые вел А. Варки среди тех, кто употреблял этот термин до 2003 г., предложили следующее определение: «Объем информации, описывающий фенотипы организма под влиянием генетических факторов и факторов окружающей среды».[3] Другая группа исследователей характеризует «человеческий феномен [как] многомерное пространство поиска с несколькими нейробиологическими уровнями, охватывающими протеом, клеточные системы (например, сигнальные пути), нейронные системы, а также когнитивные и поведенческие фенотипы».[4]

Биологи растений начали исследовать феномен в изучении физиологии растений.[5]

В 2009 году исследовательская группа продемонстрировала возможность выявления ассоциаций генотип-фенотип с использованием электронные медицинские карты (EHR) связаны с ДНК биобанки. Они назвали этот метод феноменальное исследование ассоциации (PheWAS).[6]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Дэвис Б.Д. (январь 1949 г.). «Выделение биохимически неполноценных мутантов бактерий с помощью пенициллина». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 35 (1): 1–10. Bibcode:1949ПНАС ... 35 .... 1Д. Дои:10.1073 / pnas.35.1.1. ЧВК  1062948. PMID  16588845.
  2. ^ Лёффлер М., Братке Т., Паулюс У., Ли YQ, Поттен С.С. (май 1997 г.). «Клональность и жизненные циклы кишечных крипт объясняются зависимой от состояния стохастической моделью организации эпителиальных стволовых клеток». Журнал теоретической биологии. 186 (1): 41–54. Дои:10.1006 / jtbi.1996.0340. PMID  9176636.
  3. ^ Варки А., Альтейде Т.К. (декабрь 2005 г.). «Сравнение геномов человека и шимпанзе: поиск иголок в стоге сена». Геномные исследования. 15 (12): 1746–58. Дои:10.1101 / гр.3737405. PMID  16339373.
  4. ^ Зибнер HR, Калликотт Дж. Х., Соммер Т., Мэттай В. С. (ноябрь 2009 г.). «От генома к феномену и обратно: связь генов с функцией и структурой человеческого мозга с помощью генетически обоснованной нейровизуализации». Неврология. 164 (1): 1–6. Дои:10.1016 / j.neuroscience.2009.09.009. ЧВК  3013363. PMID  19751805.
  5. ^ Фербанк, Роберт Т .; Тестировщик, Марк (декабрь 2011 г.). «Феномика - технологии для устранения узких мест фенотипирования». Тенденции в растениеводстве. 16 (12): 635–644. Дои:10.1016 / j.tplants.2011.09.005. ISSN  1878-4372. PMID  22074787.
  6. ^ Денни, Джошуа С.; Ричи, Мэрилин Д .; Basford, Melissa A .; Шкив, Джилл М .; Бастараче, Лиза; Браун-Джентри, Кристин; Ван, Диди; Masys, Dan R .; Роден, Дэн М .; Кроуфорд, Дана К. (01.05.2010). «PheWAS: демонстрация возможности сканирования всего феномена для выявления ассоциаций генов и болезней». Биоинформатика (Оксфорд, Англия). 26 (9): 1205–1210. Дои:10.1093 / биоинформатика / btq126. ISSN  1367-4811. ЧВК  2859132. PMID  20335276.

внешняя ссылка