Индекс классификации пероксиредоксина - Peroxiredoxin classification index

PREX
Database.png
Содержание
Описаниебаза данных о подсемействах по разным пероксиредоксин семья.
Контакт
Исследовательский центрУниверситет Уэйк Форест
ЛабораторияКафедра биохимии
АвторыЛаура Соито, Лесли Пул, Кимберли Нельсон, Стейси Кнутсон, Жаклин Фетроу
Основное цитированиеСоито и др. (2011)[1]
Дата выхода2010
Доступ
Интернет сайтhttp://www.csb.wfu.edu/prex/

Индекс классификации пероксиредоксина (PREX ) - это база данных пероксиредоксины (Prxs) классифицируется в одно из шести отдельных подсемейств.[1] Классификация основана на подходе Deacon Active Site Profiling (DASP), который использует оценочную матрицу, зависящую от позиции (PSSM), созданную из выровненных сигнатур (построенных из фрагментов последовательностей, окружающих активные сайты структурно охарактеризованных членов группы Prx) для поиска в базах данных последовательностей.[2] Поиск в PREX интересующих Prx может быть проведен с использованием аннотации белка, номера доступа, идентификатора PDB, названия организма или последовательности белка (с использованием BLAST) для белков Prx, извлеченных из версий GenBank января 2008 г., ноября 2010 г. или октября 2011 г. (более 8000 представлены проверенные последовательности Prx). Выходные данные включают подсемейство, к которому принадлежит каждый классифицированный Prx, номера доступа и GI, род и вид, а также сигнатуру активного сайта, используемую для классификации. Последовательность запросов также представлена ​​выровненной с выбранной группой Prxs для ручной оценки и интерпретации пользователем. Этот ресурс находится в свободном доступе для исследовательского сообщества.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б Соито, Лаура; Уильямсон Крис; Кнутсон Стейси Т; Фетроу Жаклин С; Пул Лесли Б; Нельсон Кимберли Дж (январь 2011 г.). «PREX: Индекс классификации пероксиредоксина, база данных по подсемействам в разнообразном семействе пероксиредоксинов». Нуклеиновые кислоты Res. Англия. 39 (Проблема с базой данных): D332-7. Дои:10.1093 / nar / gkq1060. ЧВК  3013668. PMID  21036863.
  2. ^ Фетроу, Жаклин С. (01.07.2006). «Профилирование активных сайтов для идентификации функциональных сайтов белков в последовательностях и структурах с помощью Deacon Active Site Profiler (DASP)». Текущие протоколы в биоинформатике. Глава 8: Раздел 8.10. Дои:10.1002 / 0471250953.bi0810s14. ISSN  1934–340X. PMID  18428769.

внешняя ссылка