PathoPhenoDB - PathoPhenoDB

В молекулярная биология, PathoPhenoDB это биологическая база данных созданный Kafkas et al.[1] Эта база данных связывает патогены с их фенотипами с помощью нескольких баз данных, таких как NCBI, Онтология болезней человека[2] Онтология человеческого фенотипа[3], Онтология фенотипа млекопитающих,[4] PubChem, САЙДЕР[5] и КАРТА.[6] Ассоциации патоген-болезнь собраны в основном на CDC и Список инфекционных заболеваний страница в Википедии. Методика присвоения таксономии была полуавтоматической. При сопоставлении с таксономией NCBI, если патоген не был точным совпадением, он затем сопоставляется с родительским классом. PathoPhenoDB использует НПМИ[7] для фильтрации пар на основе их статистики совместной встречаемости.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Кафкас, Шенай; Абдельхаким, Марва; Гашиш, Ясмин; Кулманов, Максат; Абделлатиф, Марва; Schofield, Paul N .; Хендорф, Роберт (2019-06-03). «PathoPhenoDB, связывающий человеческие патогены с их фенотипами в поддержку исследования инфекционных заболеваний». Научные данные. 6 (1): 79. Дои:10.1038 / с41597-019-0090-х. ISSN  2052-4463. ЧВК  6546783. PMID  31160594.
  2. ^ Schriml, Lynn M .; Паркинсон, Хелен; Васант, Драштти; Мэлоун, Джеймс; Биндер, Янош X .; Mungall, Christopher J .; Фу, банда; Болтон, Эван; Митрака, Эльвира (28 января 2015 г.). «Обновление Disease Ontology 2015: расширенная и обновленная база данных по заболеваниям человека для увязки биомедицинских знаний с данными о болезнях». Исследования нуклеиновых кислот. 43 (D1): D1071 – D1078. Дои:10.1093 / нар / gku1011. ISSN  0305-1048. ЧВК  4383880. PMID  25348409.
  3. ^ Робинсон, Питер Н .; Кёлер, Себастьян; Бауэр, Себастьян; Зелоу, Доминик; Хорн, Дениз; Мундлос, Стефан (17 ноября 2008 г.). «Онтология человеческого фенотипа: инструмент для аннотирования и анализа наследственных заболеваний человека». Американский журнал генетики человека. 83 (5): 610–615. Дои:10.1016 / j.ajhg.2008.09.017. ISSN  0002-9297. ЧВК  2668030. PMID  18950739.
  4. ^ Ричардсон, Джоэл Э .; Кадин, Джеймс А .; Bult, Кэрол Дж .; Блейк, Джудит А .; Эппиг, Джанан Т. (28 января 2015 г.). «База данных генома мышей (MGD): мышь как модель для биологии человека и болезней». Исследования нуклеиновых кислот. 43 (D1): D726 – D736. Дои:10.1093 / нар / gku967. ISSN  0305-1048. ЧВК  4384027. PMID  25348401.
  5. ^ Борк, Пер; Дженсен, Ларс Джул; Летунич, Ивица; Кун, Майкл (04.01.2016). «База данных препаратов и побочных эффектов SIDER». Исследования нуклеиновых кислот. 44 (D1): D1075 – D1079. Дои:10.1093 / нар / gkv1075. ISSN  0305-1048. PMID  26481350.
  6. ^ МакАртур, Эндрю Дж .; Райт, Джерард Д.; Brinkman, Fiona S.L .; Джонсон, Тимоти А .; Павловский, Эндрю С .; Вестман, Эрин Л .; Сардар, Дайм; Эльсайег, Тарик; Фрай, Джонатан Г. (04.01.2017). «CARD 2017: расширение и модельно-ориентированное лечение всеобъемлющей базы данных по устойчивости к антибиотикам». Исследования нуклеиновых кислот. 45 (D1): D566 – D573. Дои:10.1093 / нар / gkw1004. ISSN  0305-1048. PMID  27789705.
  7. ^ Церковь, Кеннет Уорд; Хэнкс, Патрик (март 1990). «Нормы словесных ассоциаций, взаимная информация и лексикография». Comput. Лингвист. 16 (1): 22–29. ISSN  0891-2017.