PSORTdb - PSORTdb

PSORTdb
PSORTdb Logo.gif
Содержание
Описаниебаза данных субклеточной локализации белков
ОрганизмыПрокариоты
Контакт
Исследовательский центрУниверситет Саймона Фрейзера
ЛабораторияКафедра молекулярной биологии и биохимии
АвторыСебастьен Рей
Основное цитированиеРей и др. (2005)[1]
Дата выхода2010 (версия 2.0)
Доступ
Интернет сайтhttp://db.psort.org/
Разное
ЛицензияСтандартная общественная лицензия GNU
Версия2.0

PSORTdb это база данных белков субклеточная локализация (SCL) для бактерии и археи. Он является членом PSORT семья биоинформатика инструменты.[1] База данных состоит из двух наборов данных, ePSORTdb и cPSORTdb, которые содержат информацию, полученную путем экспериментальной проверки и расчетного прогнозирования соответственно. Набор данных ePSORTdb - это самая крупная тщательно отобранная коллекция экспериментально подтвержденных данных вероятности нежелательной почты.[2]

PSORTdb был первоначально разработан в 2005 году для того, чтобы содержать прогнозы субклеточной локализации белков для бактерий.[3] Вычислительные прогнозы в наборе данных cPSORTdb были созданы с помощью инструмента PSORT PSORTb 2.0, самого точного предсказателя вероятности нежелательной почты того времени.[3][4]

Вторая и текущая версия PSORTdb была выпущена в 2010 году. Записи в базе данных автоматически генерируются по мере того, как новые секвенированные геномы прокариот становятся доступными через NCBI. На момент второго выпуска ePSORTdb содержал более 12 000 записей для бактериальных белков и 800 записей для белков архей; cPSORTdb содержал предсказания SCL для более чем 3 700 000 белков. Данные ePSORTdb получены в результате ручного поиска литературы (с использованием PubMed ) а также Swiss-Prot аннотации. Прогнозы cPSORTdb генерируются с помощью обновленного инструмента PSORTb 3.0.[3]

Доступ к PSORTdb можно получить через веб-интерфейс или через ВЗРЫВ. Вся база данных также доступна для скачивания под Стандартная общественная лицензия GNU. Каждый термин в базе данных связан с идентификатором из Генная онтология для обеспечения интеграции с другими биоинформатическими ресурсами.[1]

С 2014 года PSORTdb поддерживается лабораторией Фиона Бринкман в Университет Саймона Фрейзера.[5][6]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б c Рей, Себастьен; Акаб Майкл; Гарди Дженнифер Л; Лэрд Мэтью Р; deFays Katalin; Ламберт Кристоф; Бринкман Фиона С. Л. (январь 2005 г.). «PSORTdb: база данных субклеточной локализации белков для бактерий». Нуклеиновые кислоты Res. 33 (Выпуск базы данных): D164–8. Дои:10.1093 / nar / gki027. ЧВК  539981. PMID  15608169.
  2. ^ "PSORTdb :: Главная". Получено 1 сентября 2014.
  3. ^ а б c Yu, N. Y .; Laird, M. R .; Spencer, C .; Бринкман, Ф. С. Л. (10 ноября 2010 г.). «PSORTdb - расширенная, автоматически обновляемая, удобная база данных субклеточной локализации белков для бактерий и архей». Исследования нуклеиновых кислот. 39 (База данных): D241 – D244. Дои:10.1093 / nar / gkq1093. ЧВК  3013690. PMID  21071402.
  4. ^ Гарди, JL; Laird, MR; Чен, Ф; Рей, S; Уолш, CJ; Сложный эфир, М; Бринкман, Ф.С. (1 марта 2005 г.). «PSORTb v.2.0: расширенное прогнозирование субклеточной локализации бактериального белка и данные, полученные в результате сравнительного протеомного анализа». Биоинформатика. 21 (5): 617–23. Дои:10.1093 / биоинформатика / bti057. PMID  15501914.
  5. ^ "PSORTdb :: О нас". Получено 1 сентября 2014.
  6. ^ «Вычислительные инструменты разработаны - Лаборатория Фионы Бринкман». Получено 1 сентября 2014.

внешняя ссылка