POLR3F - POLR3F

POLR3F
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2DK5, 2Ю3
Идентификаторы
Псевдонимы	POLR3F, RPC39, RPC6, субъединица F полимеразы (РНК) III, субъединица F РНК-полимеразы III, C34
Внешние идентификаторы	OMIM: 617455 MGI: 1924086 ГомолоГен: 4722 Генные карты: POLR3F
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 20 (человек)[1] Группа 20p11.23 Начинать 18,467,389 бп[1] Конец 18,484,646 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 2 (мышь)[2] Группа 2 | 2 G1 Начинать 144,527,718 бп[2] Конец 144,541,995 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • ДНК-направленная активность 5'-3 'РНК-полимеразы • GO: 0001948 связывание с белками • Активность РНК-полимеразы III • связывание двухцепочечной ДНК • Связывание ДНК Сотовый компонент • ДНК-направленный комплекс РНК-полимеразы III • цитозоль • ядро клетки • нуклеоплазма Биологический процесс • положительное регулирование выработки интерферона-бета • иммунная система • защитный ответ на вирус • положительная регуляция врожденного иммунного ответа • транскрипция с промотора РНК-полимеразы III • врожденная иммунная система • регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы III • положительное регулирование выработки интерферона I типа Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	10621	70408
Ансамбль	ENSG00000132664	ENSMUSG00000027427
UniProt	Q9H1D9	Q921X6
RefSeq (мРНК)	NM_001282526 NM_006466	NM_029763
RefSeq (белок)	NP_001269455 NP_006457	NP_084039
Расположение (UCSC)	Chr 20: 18.47 - 18.48 Мб	Chr 2: 144,53 - 144,54 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

ДНК-направленная субъединица РНК-полимеразы III RPC6 является фермент что у людей кодируется POLR3F ген.^[5][6]

Функция

Белок, кодируемый этим геном, является одной из более чем дюжины субъединиц, образующих эукариотическую РНК-полимеразу III (РНК Pol III), которая транскрибирует гены 5S рибосомной РНК и тРНК. Было показано, что этот белок связывает как TFIIIB90, так и TBP, две субъединицы фактора инициации транскрипции РНК-полимеразы III IIIB (TFIIIB). В отличие от большинства других субъединиц Pol III РНК, кодируемый белок является уникальным для этой полимеразы.^[6]

Модельные организмы

Модельные организмы были использованы при изучении функции POLR3F. Условный нокаутирующая мышь линия называется Polr3f^{tm1a (EUCOMM) Wtsi} был создан на Wellcome Trust Sanger Institute.^[7] Самцы и самки животных прошли стандартизованный фенотипический скрининг^[8] для определения последствий удаления.^{[9][10][11][12]} Проведены дополнительные проверки: - Углубленное иммунологическое фенотипирование^[13]

Polr3f нокаутный фенотип мыши

Характеристика	Фенотип
Все данные доступны на сайте.[8][13]
Инсулин	Нормальный
Гомозиготная жизнеспособность на P14	Аномальный
Рецессивный смертельное исследование	Аномальный
Масса тела	Нормальный
Неврологический осмотр	Нормальный
Сила захвата	Нормальный
Дисморфология	Нормальный
Косвенная калориметрия	Нормальный
Тест толерантности к глюкозе	Нормальный
Слуховой ответ ствола мозга	Нормальный
DEXA	Нормальный
Рентгенография	Нормальный
Морфология глаза	Нормальный
Клиническая химия	Нормальный
Гематология 16 недель	Нормальный
Лейкоциты периферической крови 16 недель	Нормальный
Микроядерный тест	Аномальный
Сальмонелла инфекционное заболевание	Нормальный
Состав эпидермального иммунитета	Нормальный
Проблема гриппа	Нормальный

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000132664 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000027427 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Ван З., Рёдер Р.Г. (май 1997 г.). «Три субъединицы, специфичные для РНК-полимеразы III человека, образуют субкомплекс с селективной функцией в специфической инициации транскрипции». Гены и развитие. 11 (10): 1315–26. Дои:10.1101 / gad.11.10.1315. PMID  9171375.
6. "Ген Entrez: полипептид F полимеразы (РНК) III (ДНК-направленный) POLR3F, 39 кДа".
7. Гердин А.К. (2010). «Программа генетики мыши Сэнгера: характеристика мышей с высокой пропускной способностью». Acta Ophthalmologica. 88: 925–7. Дои:10.1111 / j.1755-3768.2010.4142.x. S2CID  85911512.
8. «Международный консорциум по фенотипированию мышей».
9. Скарнес В.С., Розен Б., Вест А.П., Кутсуракис М., Бушелл В., Айер В., Мухика А.О., Томас М., Харроу Дж., Кокс Т., Джексон Д., Северин Дж., Биггс П., Фу Дж., Нефедов М., де Йонг П.Дж., Стюарт AF, Брэдли А. (июнь 2011 г.). «Ресурс условного нокаута для полногеномного исследования функции генов мыши». Природа. 474 (7351): 337–42. Дои:10.1038 / природа10163. ЧВК  3572410. PMID  21677750.
10. Долгин Э (июнь 2011 г.). "Библиотека мыши настроена на нокаут". Природа. 474 (7351): 262–3. Дои:10.1038 / 474262a. PMID  21677718.
11. Коллинз Ф.С., Россант Дж., Вурст В. (январь 2007 г.). «Мышь по всем причинам». Клетка. 128 (1): 9–13. Дои:10.1016 / j.cell.2006.12.018. PMID  17218247.
12. Уайт Дж. К., Гердин А. К., Карп Н. А., Райдер Э., Бульян М., Басселл Дж. Н., Солсбери Дж., Клэр С., Ингем Нью-Джерси, Подрини С., Хоутон Р., Эстабель Дж., Боттомли Дж. Р., Мелвин Д. Дж., Сантер Д., Адамс Н. , Logan DW, Macarthur DG, Flint J, Mahajan VB, Tsang SH, Smyth I, Watt FM, Skarnes WC, Dougan G, Adams DJ, Ramirez-Solis R, Bradley A, Steel KP (июль 2013 г.). «Полногеномное поколение и систематическое фенотипирование мышей с нокаутом открывает новые роли для многих генов». Клетка. 154 (2): 452–64. Дои:10.1016 / j.cell.2013.06.022. ЧВК  3717207. PMID  23870131.
13. «Консорциум иммунофенотипирования инфекций и иммунитета (3i)».

дальнейшее чтение

• Stelzl U, Worm U, Lalowski M, Haenig C, Brembeck FH, Goehler H, Stroedicke M, Zenkner M, Schoenherr A, Koeppen S, Timm J, Mintzlaff S, Abraham C, Bock N, Kietzmann S, Goedde A, Toksöz E , Droege A, Krobitsch S, Korn B, Birchmeier W, Lehrach H, Wanker EE (сентябрь 2005 г.). «Сеть белок-белкового взаимодействия человека: ресурс для аннотирования протеома». Клетка. 122 (6): 957–68. Дои:10.1016 / j.cell.2005.08.029. PMID  16169070.
• Ху П, Ву С., Сунь Й., Юань СС, Кобаяши Р., Майерс М. П., Эрнандес Н. (ноябрь 2002 г.). «Характеристика человеческой РНК-полимеразы III позволяет определить ортологи субъединиц РНК-полимеразы III Saccharomyces cerevisiae» (PDF). Молекулярная и клеточная биология. 22 (22): 8044–55. Дои:10.1128 / MCB.22.22.8044-8055.2002. ЧВК  134740. PMID  12391170.
• Джонс Э., Кимура Х., Виньерон М., Ван З., Рёдер Р.Г., Кук PR (январь 2000 г.). «Выделение и характеристика моноклональных антител, направленных против субъединиц человеческих РНК-полимераз I, II и III». Экспериментальные исследования клеток. 254 (1): 163–72. Дои:10.1006 / excr.1999.4739. PMID  10623476.
• Се Й.Дж., Кунду Т.К., Ван З., Ковельман Р., Рёдер Р.Г. (ноябрь 1999 г.). «Субъединица TFIIIC90 TFIIIC взаимодействует с множеством компонентов механизма РНК-полимеразы III и обладает гистон-специфической ацетилтрансферазной активностью». Молекулярная и клеточная биология. 19 (11): 7697–704. Дои:10.1128 / mcb.19.11.7697. ЧВК  84812. PMID  10523658.
• Судзуки Ю., Ёситомо-Накагава К., Маруяма К., Суяма А., Сугано С. (октябрь 1997 г.). «Создание и характеристика полноразмерной библиотеки кДНК, обогащенной по 5'-концу». Ген. 200 (1–2): 149–56. Дои:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID  9373149.
• Маруяма К., Сугано С. (январь 1994 г.). «Олиго-кэппинг: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Ген. 138 (1–2): 171–4. Дои:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID  8125298.
• Джанг К.Л., Коллинз М.К., Лачман Д.С. (1992). «Белок tat вируса иммунодефицита человека увеличивает транскрипцию повторяющихся последовательностей Alu человека за счет увеличения активности клеточного фактора транскрипции TFIIIC». Журнал синдромов приобретенного иммунодефицита. 5 (11): 1142–7. PMID  1403646.