PDBREPORT - PDBREPORT

В PDBREPORT база данных - это база данных аномалий и ошибок, обнаруженных в структурах биологических молекул в Банк данных белков.[1]

База данных PDBREPORTS - полезное средство для оценки качества белковых структур в in silico структура белка биоинформатика проектов, и часто использовался участниками CASP гомологическое моделирование «конкуренции». PDBREPORT создаются с использованием программного обеспечения WHAT_CHECK. WHAT_CHECK - это опция ПО WHAT IF, которая проверяет макромолекулы (особенно белки ).

Многие из параметров WHAT_CHECK определяют значения нормальности; то есть количество стандартных отклонений, при которых любое данное наблюдение отклоняется от своего среднего значения. И в большинстве случаев такие события указываются, если отклонение составляет более 4 сигм, что означает, что одна из десяти тысяч перечисленных аномалий является подлинной, а не ошибкой. Раздел «проверка» на страницах WHAT_CHECK объясняет это более подробно.

вопросы

Записи PDBREPORT можно рассматривать как отчеты об ошибках для макромолекулярных структуры депонировано в PDB. Период, термин сообщение об ошибке следует использовать с осторожностью, поскольку программное обеспечение WHAT_CHECK, которое генерирует PDBREPORT, помечает каждую аномалию в четыре или более стандартных отклонения как ошибку. Некоторые из этих зарегистрированных аномалий могут быть истинными отклонениями от иметь в виду а не ошибки.

внешняя ссылка

Рекомендации

  1. ^ Йостен Р.П., Бик Т.А., Кригер Э. и др. (Январь 2011 г.). «Серия баз данных, связанных с PDB, для повседневных нужд». Нуклеиновые кислоты Res. 39 (Выпуск базы данных): D411–9. Дои:10.1093 / nar / gkq1105. ЧВК  3013697. PMID  21071423.