Программное обеспечение для анализа праймеров OLIGO - OLIGO Primer Analysis Software

Программное обеспечение для анализа праймеров OLIGO
Разработчики)Molecular Biology Insights, Inc.
Стабильный выпуск
7.54 / 23 марта 2011 г.
Операционная системаWindows, Macintosh
ПлатформаMac, ПК
ТипБиоинформатика
Лицензиякоммерческий
Интернет сайтhttp://oligo.net/

Программное обеспечение для анализа праймеров OLIGO был первым общедоступным программного обеспечения за ДНК грунтовочный дизайн.[1][2] Первые статьи с описанием этого программного обеспечения были опубликованы в 1989 и 1990 годах.[3][4] и последовательные обновления в 1990-х и 2000-х годах, все вместе они цитировались более 600 раз в научных журналах и более 500 раз в патентах (согласно Scopus ). Программа представляет собой комплексную программу реального времени Праймер для ПЦР и инструмент поиска и анализа зондирования, а также выполняет другие задачи, такие как миРНК и молекулярный маяк поиски, открытая рамка чтения и рестрикционный фермент анализ и т. д. Он был создан и поддерживается Войцех Рычлик и Петр Рычлик. OLIGO несколько раз рецензировался в научных журналах, впервые в 1991 г. Критические обзоры в биохимии и молекулярной биологии,[5] и для его следующих обновлений (OLIGO 7 является последним в 2011 году).[6][7][8][9]

Программное обеспечение для анализа Oligo Primer использовалось в различных научных исследованиях (как указано в примерах последних публикаций), в том числе для: ПЦР в реальном времени,[10] исследования апоптоза,[11] типирование антигена,[12] идентификация видов,[13] исследования эволюции видов,[14] измерение уровней экспрессии мРНК,[15] исследования гибридизации массивов на основе олигонуклеотидов,[16] дегенеративные исследования праймеров,[17] микросателлитный анализ,[18] Обнаружение микрочипов ДНК,[19] обратная ПЦР,[20] геномная ходьба,[21] исследования нуклеотидного полиморфизма,[22] обнаружение микроорганизмов или вирусов,[23] генотипирование,[24] клонирование[25] конструкция вектора (гена),[26] секвенирование генома,[27] обнаружение мутантов или внутривидовой изменчивости,[28] исследования генетических заболеваний,[29] миРНК и сайленсинг генов,[30] FISH-анализ (исследование экспрессии отдельных клеток),[31] зонды скорпиона,[32] и разработка новых методов амплификации ДНК.[33]

Рекомендации

  1. ^ Джон Санта-Люсия-младший (2007) Основные принципы и программное обеспечение для дизайна праймеров ПЦР: физические принципы и программное обеспечение Visual-OMP для оптимального дизайна ПЦР, в «Методы молекулярной биологии», том. 402: Дизайн праймеров для ПЦР; Эд. А. Юрьев; Humana Press Inc., Тотова, Нью-Джерси. С. 3-33.
  2. ^ Джон Д. Офферман, Войцех Рихлик (2003) Программное обеспечение для анализа праймеров Oligo во введении в биоинформатику: теоретический и практический подход. Эд. Стивен А. Кравец и Дэвид Д. Уомбл; Humana Press Inc., Тотова, Нью-Джерси. С. 345-361.
  3. ^ Войцех Рихлик и Роберт Э. Роадс (1989) Компьютерная программа для выбора оптимальных олигонуклеотидов для гибридизации с фильтром, секвенирования и амплификации ДНК in vitro; Исследование нуклеиновых кислот 17, 8543-8551.
  4. ^ Войцех Рихлик, Уильям Дж. Спенсер и Роберт Э. Роадс (1990) Оптимизация температуры отжига для амплификации ДНК in vitro; Nucleic Acids Res. 18, 6409-6412.
  5. ^ Бедж А.К., Махбубани М.Х., Атлас Р.М. (1991). «Амплификация нуклеиновых кислот с помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР) и других методов и их применения». Крит. Rev. Biochem. Мол. Биол. 26 (3–4): 301–34. Дои:10.3109/10409239109114071. PMID  1718663.
  6. ^ Камел А. Абд-Эльсалам (2003) Биоинформатические инструменты и руководство по дизайну праймеров для ПЦР; Африканский журнал биотехнологии 2, 91-95.
  7. ^ Войцех Рычлик (2007). «Программное обеспечение для анализа праймеров OLIGO 7». Методы Мол. Биол. Методы молекулярной биологии ™. 402: 35–60. Дои:10.1007/978-1-59745-528-2_2. ISBN  978-1-58829-725-9. PMID  17951789.
  8. ^ «Программное обеспечение для анализа праймеров Oligo от компании Molecular Biology Insights».
  9. ^ Войцех Рихлик (1993) Выбор праймеров для полимеразной цепной реакции, в «Методы молекулярной биологии». 15: Протоколы ПЦР: современные методы и приложения; Эд. Б.А. Белый; Humana Press Inc., Тотова, Нью-Джерси. С. 31-40.
  10. ^ Арнет Боррос (2009) после ионной активности с помощью электрохимии во время полимеразной цепной реакции; Аналитическая биохимия 385, 26-33.
  11. ^ Арабинда Дас, Нарен Л. Баник и Свапан К. Рэй (2008). Модулирующие эффекты ацетазоломида и дексаметазона на апоптоз, опосредованный темозоломидом, в клетках глиобластомы T98G и U87MG человека; Cancer Investigation 26, 352-358.
  12. ^ Сара Х. Хэддок, Кристин Квартараро, Патрик Кули и Дат Д. Дао (2002) Типирование HLA-DQA1 с низким разрешением с использованием ДНК-микрочипа, Методы в молекулярной биологии 170, 201-210.
  13. ^ Marco Severgnini, Paola Cremonesi, Clarissa Consolandi, Giada Caredda, Gianluca De Bellis и Bianca Castiglioni (2009) ORMA: инструмент для идентификации видоспецифичных вариаций гена 16S рРНК и дизайна олигонуклеотидов; Nucleic Acids Research 37 (16), e109.
  14. ^ Архат Абжанов (2009). "Зяблики Дарвина: анализ морфологических изменений клюва в процессе эволюции". Протоколы Колд-Спринг-Харбор. 1 (3): 481–500. Дои:10.1101 / pdb.emo119. PMID  20147092.
  15. ^ Canhui Liu, Chitra Chauhan, Charles R. Katholi и Thomas R. Unnasch (2009) Домен присоединения лидера сплайсинга представляет собой важный консервативный мотив для экспрессии гетерологичных генов у B. malayi; Молекулярная и биохимическая паразитология 166, 15–21.
  16. ^ Дэрил А. Скотт, Мерел Клаассенс, Эшли М. Холдер, Кевин П. Лалли, Карачоло Дж. Фернандес, Роберт-Ян Гальяард, Дик Тиббуль, Аннелис де Кляйн и Брендан Ли (2007) Сравнительный геном на основе массива на основе олигонуклеотидов на основе всего генома Гибридизационный анализ неизолированной врожденной диафрагмальной грыжи; Молекулярная генетика человека. 16, 424-430.
  17. ^ Омар Дж. Джабадо, Густаво Паласиос, Вишал Капур, Джеффри Хуэй, Нил Ренвик, Чжай Джунху, Томас Бризе и У. Ян Липкин (2006) Грин SCPrimer: быстрый комплексный инструмент для создания вырожденных праймеров из множественных сопоставлений последовательностей; Исследования нуклеиновых кислот. 34, 6605-6611.
  18. ^ Альберто Ариас, Рут Фрейре, Хосефина Мендес и Ана Инсуа (2010) Выделение и характеристика микросателлитных маркеров у королевского гребешка Aequipecten opercularis и их применение в популяционно-генетическом исследовании; Водные живые ресурсы 23, 199 - 207.
  19. ^ Frédérique Bidard, Sandrine Imbeaud, Nancie Reymond, Olivier Lespinet, Philippe Silar, Corinne Clavé, Hervé Delacroix, Véronique Berteaux-Lecellier и Robert Debuchy (2010) Общая основа для оптимизации зондов для микроматрицы экспрессии генов и ее применения к грибам Podospora anserina; BMC Research Notes 3, 171.
  20. ^ Kazutaka Yamada, Takeshi Terahara, Shinya Kurata, Toyokazu Yokomaku, Satoshi Tsuneda и Shigeaki Harayama (2008) Получение целых генов из окружающей ДНК с помощью обратной ПЦР с преамплификацией целевых генов с использованием праймеров, содержащих заблокированные нуклеиновые кислоты; Экологическая микробиология 10, 978 - 987.
  21. ^ Токудзи Цучия; Нанако Камея и Икуо Накамура (2009). «Прямая прогулка: модифицированный метод опосредованной лигированием прогулки по геному для видов растений с большими геномами». Аналитическая биохимия. 388 (1): 158–160. Дои:10.1016 / j.ab.2009.02.002. PMID  19454221.
  22. ^ О. А. Гра, А. С. Глотов, Ж. Кожекбаева М., Макарова О. В., Наседкина Т. В. (2008) Генетический полиморфизм GST, NAT2 и MTRR и предрасположенность к острому лейкозу в детском возрасте; Молекулярная биология 42, 187–197.
  23. ^ T. Wei, G. Lu и G.R.G. Clover (2009) Мультиплексная RT-PCR для обнаружения вируса желтой жилки картофеля, вируса табачной погремушки и вируса инфекционного хлороза томатов у картофеля с контролем внутренней амплификации растений; Патология растений 58, 203-209.
  24. ^ Кристель Ван Лаэтема, Йоэри Шротена, Крис Ковенса, Натали Декеерсмакера, Пол Де Мюнтерк, Эрик Ван Вейнгерденк, Марк Ван Ранста и Анн-Мике Вандамм (2008). Генотипический анализ для амплификации и секвенирования ВИЧ-1-интегралов из разных групп. Подтипы; Журнал вирусологических методов 153, 176-181.
  25. ^ Елена К. Хлесткина, Уттам Кумар и Марион С. Рёдер (2010) Ent-гены оксидазы кауреновой кислоты в пшенице; Молекулярное разведение 25, 251–258.
  26. ^ Guozheng Conga, Jianhua Zhoua, Shandian Gaoa, Junzheng Dua, Junjun Shaoa, Tong Lina, Huiyun Chang и Qingge Xie (2008) Создание рекомбинантного ретровирусного вектора, несущего лабораторный ген вируса ящура и его экспрессия в почках крупного рогатого скота ( МДБК) клетки; Китайский журнал биотехнологии 24, 740-745.
  27. ^ Лей Вэй, Сяобин Ву и Чжиган Цзян (2009) Полная структура митохондриального генома снежного барса Panthera uncia; Отчеты по молекулярной биологии 36, 871–878.
  28. ^ Дэвид С. Перлин, Сергей Балашов и Стивен Парк (2008) Мультиплексное обнаружение мутаций; Методы молекулярной биологии 429, 23-31.
  29. ^ Микеле Салеми, Коррадо Романо, Кончетта Бароне, Франческо Кали, Филиппо Карачи, Кармело Романо, Катальдо Скавуццо, Франческо Сциллато, Мария Грация Саллуццо, Мария Пиччоне, Мануэла Мартинес, Джованни Корселло, Фердинандо Николетти и Паоло Боско (2009) Анализ дозировки гена SPANX-C (область Xq27) у пациентов с синдромом Дауна с неопущенными яичками; Журнал генетики 88, 93-97.
  30. ^ Анастасия Хворова, Анджела Рейнольдс и Сумедха Д. Джаясена (2003) Функциональная миРНК и миРНК проявляют смещение цепи; Ячейка, 115, 209-216.
  31. ^ Россанна К. Пезо, Саумил Дж. Ганди, Л. Эндрю Ширли, Ричард Г. Пестелл, Леонард Х. Аугенлихт и Роберт Х. Сингер (2008). Активация сайта одноклеточной транскрипции предсказывает ответ на химиотерапию при колоректальных опухолях человека; Исследования рака 68, 4977-4982.
  32. ^ Рэйчел Картерс, Дженнифер Фергюсон, Руперт Гаут, Пол Раветто, Никола Телвелл и Дэвид Уиткомб (2008) Дизайн и использование молекул флуоресцентных сигналов Скорпионов; Методы молекулярной биологии 429, 99-115.
  33. ^ Chunsun Zhang и Da Xing (2010) ПЦР в микрожидкостном градиенте (MG-PCR): новый метод амплификации микрофлюидной ДНК; Биомедицинские микроустройства 12, 1-12.

Другое программное обеспечение Primer Design