Информационная структура по неврологии - Neuroscience Information Framework
Содержание | |
---|---|
Описание | Ресурсы по нейробиологии в Интернете: данные, материалы и инструменты |
Типы данных захвачен | Неврология |
Контакт | |
Авторы | Мартоне, М. |
Дата выхода | 2008 |
Доступ | |
Формат данных | HTML, XML, JSON, CSV |
Интернет сайт | http://www.neuinfo.org/ |
веб-сервис URL | http://neuinfo.org/developers |
Sparql конечная точка | http://neurolex.org/ конечная точка запроса sparql |
Разное | |
Лицензия | Лицензия Creative Commons Attribution 3.0 |
Управление версиями | 6.2 |
Выпуск данных частота | еженедельно |
Политика курирования | непрерывный человек и машина |
В Информационная структура по неврологии является хранилищем глобальных нейробиология веб-ресурсы, в том числе экспериментальный, клиническая и трансляционная нейробиология базы данных, базы знаний, атласы и генетический /геномный ресурсы и предоставляет множество авторитетных ссылок на неврологическом портале Википедии.
Описание
Информационная платформа по нейробиологии (NIF) является инициативой План NIH для исследований в области неврологии, который был основан в 2004 году Национальные институты здоровья.[1]
Разработка НИФ началась в 2008 году, когда Калифорнийский университет в Сан-Диего Медицинский факультет заключил контракт с Национальным институтом здравоохранения на создание и ведение «динамического реестра сетевых данных, ресурсов и инструментов нейробиологии, к которым ученые и студенты могут получить доступ через любой компьютер, подключенный к Интернету».[2][3] Проект возглавляет Мэрианн Мартоне, содиректор Национального центра исследований микроскопии и изображений (NCMIR), входящего в состав многопрофильного центра исследований биологических систем (CRBS) со штаб-квартирой в Калифорнийском университете в Сан-Диего. Вместе с соруководителями Джеффри С. Грете и Амарнатхом Гуптой Мартоне возглавляет национальное сотрудничество, в которое входят исследователи из Йельский университет, то Калифорнийский технологический институт, Университет Джорджа Мейсона, Гарвард, и Вашингтонский университет.
Цели
В отличие от общего поисковые системы, NIF обеспечивает более глубокий доступ к целевому набору ресурсов, имеющих отношение к нейробиологии, стратегиям поиска, адаптированным к нейробиологии, и доступ к контенту, который традиционно «скрыт» от поисковые системы. NIF - это динамический перечень баз данных нейробиологии, аннотированный и интегрированный с единой системой биомедицинской терминологии (т.е. НейроЛекс ). NIF поддерживает запросы на основе концепций в нескольких масштабах биологической структуры и на нескольких уровнях биологической функции, что упрощает поиск и понимание результатов. NIF также предоставит реестр, через который поставщики ресурсов могут раскрывать доступность ресурсов, относящихся к исследованиям в области нейробиологии. NIF не предназначен быть самим складом или репозиторием, а является средством раскрытия и поиска ресурсов в другом месте, доступных через сеть.
Стандартная онтология NIFSTD или NIF содержит множество терминов, синонимов и сокращений, полезных для нейробиологии, а также динамические категории, такие как определенные классы клеток на основе различных свойств, таких как нейрон нейротрансмиттером или ролью цепи или же наркотики злоупотребления согласно Национальным институтам по злоупотреблению наркотиками.Любой термин (со связанными синонимами) или динамическая категория (все термины с их синонимами) могут использоваться для одновременного запроса всех данных, которые в настоящее время индексирует NIF, пожалуйста, найдите несколько примеров ниже:
- доступные данные о гиппокампе, включая синонимы
- данные о болезни Паркинсона, включая архаичные синонимы, такие как paralysis agitans
- нейрон неокортекса динамическая категория включает все нейроны, у которых есть сома клеток в любой части неокортекса
Содержание
Контент NIF можно рассматривать как каталог (реестр NIF) и глубокий поиск в базе данных (федерация данных NIF)
- Каталог NIF содержит самый большой список ресурсов, имеющих отношение к нейробиологии, финансируемых NIH, включая научные базы данных, программные инструменты, экспериментальные реактивы и инструменты, базы знаний и порталы, а также другие объекты, определенные сообществом исследователей нейробиологии.
Список текущих ресурсов может быть можно найти на www.neuinfo.org/registry
- Федерация данных NIF осуществляет глубокий поиск содержимого базы данных более чем 150 баз данных, включая: различные базы данных NCBI (PubMed, Gensat, Entrez Gene, Homologene, GEO), а также множество больших и малых баз данных, имеющих какое-то отношение к нейробиологии, включая Gemma (данные микрочипов из нервная система), CCDB и CIL (в основном изображения нейронов и астроцитов), GeneNetwork, AgingGenesDB, XNAT, 1000 функциональных коннектомов. «Полный» список (по состоянию на апрель 2013 г.) можно найти в таблице ниже. Обновленный список можно найти на Страница объединения данных.
- Кроме того, многие базы данных с очень похожими типами данных были интегрированы в «виртуальные базы данных», которые объединяют множество баз данных в одну таблицу. Например, AntibodyRegistry объединяет данные от 200+ поставщиков, NIF Integrated BrainGeneExpression объединяет данные экспрессии генов из Gensat, Alan Brain и Mouse Genome Informatics, представление Connectivity объединяет шесть баз данных, которые содержат утверждения о подключении нервной системы, интегрированное представление Animal объединяет данные о каталогах экспериментальных животных, доступных исследователям по трансгенным или инбредным червям, рыбкам данио, мышам и крысам. Мы добавляем их по мере регистрации данных, поэтому вернитесь на эту страницу, чтобы увидеть текущее содержимое.
- Для получения исчерпывающего и актуального списка баз данных и наборов данных, зарегистрированных в NIF, пожалуйста, проверьте это страница www.neurolex.org. Приведенная ниже таблица была обновлена 9 апреля 2013 г.
Набор данных или имя базы данных | Тип |
---|---|
ZFIN | База данных, репозиторий данных, коллекция изображений |
Международный ресурсный центр по рыбкам данио | Ресурсы по поставке биоматериалов, поставщик антител, служба анализа биоматериалов, поставщик организмов, хранилище материалов |
XNAT Central | База данных, коллекция изображений, репозиторий данных |
WormBase | База данных, Репозиторий данных, Сервис анализа данных, Программный ресурс |
Блоги Wired Science | Блог, Повествовательный ресурс |
Проводная наука | Блог |
WikiPathways | Вики |
VMD | База данных, служба анализа данных |
Платформа Visiome | База данных, Видеоресурс, Тематический портал, Репозиторий ПО, Репозиторий данных, Изображение |
UniProtKB | База данных, хранилище данных |
Лаборатория визуальной неврологии UCSF | Портал лаборатории, Изображение, Видеоресурс |
База данных мультимодальных соединений UCLA | Репозиторий данных, Служба анализа данных, База данных |
На этой неделе в науке | Подкаст |
TheScienceJobs.com | Ресурс вакансии, Ресурс встречи, Мастерская |
The Guardian: Science Weekly | Подкаст |
The Guardian: Видео о науке | Видео ресурс |
Хранитель: Наука | Блог, Повествовательный ресурс |
Ежедневное сканирование | Повествовательный ресурс, Блог |
Клетка: библиотека изображений | Видеоресурс, Изображение, Репозиторий данных |
Височная доля: гиппокамп - нейроанатомия парагиппокампа крысы | База данных |
ТАИР | База данных, хранилище данных, служба анализа данных, экспериментальный протокол |
T3DB | База данных |
Synapse Web | Атлас, Коллекция изображений, Учебные материалы |
SumsDB (база данных системы управления поверхностями) и онлайн-визуализация WebCaret | Атлас, База данных, Репозиторий данных, Сервис анализа данных |
Simtk.org | Тематический портал, Программный ресурс, Набор данных, Программный репозиторий |
SGN | База данных, Репозиторий данных, Сервис анализа данных, Исходный код |
SGD | База данных, Хранилище данных, Стандартная спецификация, Служба анализа данных |
Брифинги SfN Brain | Повествовательный ресурс |
Ген SFARI: AutDB | База данных, хранилище данных |
SciLogs | Блог |
Наблюдения журнала Scientific American | Блог |
Гостевой блог Scientific American | Блог |
Перекрестная проверка Scientific American | Блог |
Научный американец Беринг в уме | Блог |
Наука СЕЙЧАС | Повествовательный ресурс |
ScienceBlogs: Медицина и здоровье | Блог |
ScienceBlogs: Науки о жизни | Блог |
ScienceBlogs: мозг и поведение | Блог |
Обсуждение науки | Подкаст |
Научный подкаст | Подкаст, Повествовательный ресурс |
Научная карьера | Ресурс вакансии, Повествовательный ресурс |
Sciblogs | Блог |
Подкасты Королевского колледжа психиатров | Подкаст |
RGD | Репозиторий данных, база данных, доступная через Интернет, база данных, служба анализа данных, поставщик организмов |
RetractionWatch.com | Блог |
Retina Project | Набор данных с пространственной привязкой, Коллекция изображений |
Исследования | Ресурс финансирования, Репозиторий данных |
Исследования в блогах | Блог, База данных, Репозиторий данных |
Reactome | База данных, служба анализа данных, веб-служба, книга |
КВЕСТ | Повествовательный ресурс, Портал построения сообщества, Подкаст, Информационная программа, Учебные материалы, Учебный ресурс, Видеоресурс |
PubMed Здоровье | База данных |
PubChem | База данных, доступная через Интернет, База данных, Сервисный ресурс, Репозиторий данных, 3D пространственное изображение |
База данных Ki, программа скрининга психоактивных веществ | База данных, хранилище данных |
База данных генома Pseudomonas | База данных, служба анализа данных |
Протокол онлайн - справочник вашей лаборатории | Протокол эксперимента |
PomBase | База данных, хранилище данных |
ПолигенныйБлог | Блог |
Блоги PLoS | Блог |
Физиобанк | База данных |
ФармГКБ | База данных, доступная через Интернет, База данных, Репозиторий данных, Веб-сервис, Набор данных |
PDB | База данных, трехмерное пространственное изображение, веб-сервис, служба анализа данных, репозиторий данных |
Оксфордский научный блог | Блог |
Серия исследований изображений открытого доступа | Атлас, База данных |
Листинг банка One Mind Biospecimen | Банк тканей, Репозиторий клеток, Банк мозга, Репозиторий данных |
OMIM | База данных |
База данных обонятельных рецепторов | База данных, служба анализа данных, репозиторий данных |
База данных карт запахов обонятельных ламп (OdorMapDB) | Атлас, База данных |
Сейчас в NEJM | Блог |
Novus Biologicals | Поставщик антител, Производство биоматериалов, Материальный ресурс, Сервисный ресурс |
NITRC-IR | Коллекция изображений, Репозиторий данных |
NITRC | Портал построения сообщества, Репозиторий программного обеспечения |
NIMH Программа химического синтеза и поставок лекарств | Производство реагентов, поставщик реагентов |
NIH VideoCasting | Видеоресурс, Подкаст, Репозиторий данных |
Консорциум микрочипов NIH Neuroscience | Сервис анализа данных, База данных, Хранилище данных |
Репозиторий генетических клеток человека NIGMS | Репозиторий клеток, репозиторий биопробы |
Данные автоматического сканирования реестра NIF | Набор данных |
Реестр NIF | База данных |
Встроенный просмотр видео NIF | Видео ресурс |
Просмотр интегрированного программного обеспечения NIF | Программный ресурс |
Интегрированный просмотр подкастов NIF | Подкаст |
Просмотр подключений интегрированной нервной системы NIF | База данных |
Интегрированная аннотация NIF, извлекаемая вручную | Набор данных |
Интегрированные задания NIF | Ресурс вакансии |
Интегрированное взаимодействие генов NIF | База данных |
Интегрированный просмотр болезней NIF | База данных |
Комплексные клинические испытания NIF | База данных |
Интегрированный просмотр экспрессии генов мозга NIF | База данных |
Интегрированные блоги NIF | Блог, Повествовательный ресурс |
Интегрированная автоматически извлекаемая аннотация NIF | Набор данных |
Интегрированный просмотр животных NIF | Поставщик организмов |
Нью-Йорк Таймс - Ну | Блог |
Новые вакансии для ученых | Ресурс вакансии, Ресурс постдокторской программы |
Нейроскептик | Блог |
NeuroPod | Подкаст |
NeuronDB | База данных, служба анализа данных |
NeuroMorpho.Org | Хранилище данных, База данных, Коллекция изображений |
НейроМаб | Поставщик антител |
Подкаст о неврологии | Подкаст |
Нейрофед | Ресурс людей |
нейроэлектро | База данных |
Neurodatabase.org | База данных, хранилище данных |
NCBI белок | База данных |
NCBI Gene | База данных, доступная через Интернет, База данных |
NCBI | Репозиторий данных, ПО для анализа данных |
Природа | Ресурс вакансии, Повествовательный ресурс |
Подкаст о природе | Подкаст |
Блоги Nature Network | Блог |
Естественно выбранный | Блог |
Таблицы стволовых клеток Национального института здоровья | Набор данных |
Инструмент для составления онлайн-отчетов о портфолио национальных институтов здравоохранения | База данных |
Подкасты Национальной академии наук | Подкаст |
MPO | Онтология |
Трансгены информатики генома мыши | Полуструктурированные знания |
Монстр | Ресурс вакансии |
МодельDB | Программное обеспечение для моделирования, База данных, Репозиторий данных, Исходный код |
Подкасты MNI | Подкаст |
Взломы разума | Блог, Книга |
MGI | База данных, хранилище данных |
LabSpaces | Повествовательный ресурс, Блог, Портал построения сообщества, Экспериментальный протокол |
Набор данных болезни Кавасаки 2 | Набор данных |
Набор данных болезни Кавасаки1 | Набор данных |
Журнал визуализированных экспериментов | Журнал, Видеоресурс, Протокол экспериментов |
Журнал сравнительной неврологической базы данных антител | База данных |
jobs.ac.uk | Ресурс вакансии |
JCVI CMR | База данных, служба анализа данных |
Набор данных IXI | Набор данных, Коллекция изображений |
Это займет 30 | Блог, Вакансии |
База данных объема мозга в Интернете | База данных, веб-сервис, служба анализа данных |
Международный ресурс по штаммам мышей | Поставщик организмов, Хранилище данных |
В самом деле | Ресурс вакансии |
База данных иммунных эпитопов и ресурсы для анализа | База данных, служба анализа данных, веб-служба |
Атлас человеческого мозга | Атлас, Видеоресурс, Учебный ресурс |
HomoloGene | База данных, доступная через Интернет, База данных, Сервисный ресурс |
Health.Data.gov | База данных, Программный ресурс, Структурированные знания |
Сена | Ресурс вакансии, Ресурс службы |
H2SO4Боли | Блог |
Серые вопросы | Подкаст, Повествовательный ресурс |
Grants.gov | Ресурс финансирования |
Gramene | База данных, веб-сервис, служба анализа данных |
goКогнитивный | Учебные материалы, Видеоресурсы, Провайдер оценочных тестов |
ИДТИ | Онтология, Международная стандартная спецификация, База данных, Репозиторий данных |
Архив ответов клубочковой активности | База данных, сбор изображений, служба анализа данных |
GENSAT - Атлас нервной системы экспрессии генов | Атлас, Поставщик организмов, Производство биоматериалов, Ресурс поставки биоматериалов |
Распакованные геномы | Блог, Набор данных, Исходный код |
Программное обеспечение для генетического анализа | Набор данных, Программный ресурс, Программный репозиторий |
GeneNetwork | База данных, хранилище данных |
GeneDB Tbrucei | База данных, служба анализа данных |
GeneDB Pfalciparum | База данных |
GeneDB Lmajor | База данных, служба анализа данных |
Джин Уивер | База данных, доступная через Интернет, Служба анализа данных, Репозиторий данных |
Инструменты генной онтологии | Набор данных, Репозиторий ПО, Реестр |
Омнибус экспрессии генов | База данных, Репозиторий данных, Сервисный ресурс, Набор данных |
Джемма | База данных, ПО для обработки данных, Хранилище данных |
Походка при болезни Паркинсона | База данных |
Динамика походки в базе данных по нейродегенеративным заболеваниям | База данных, база данных, доступная через Интернет |
FLYBASE | База данных, репозиторий данных, портал, связанный с организмом, служба анализа данных |
Плакаты F1000 | Ресурс службы хранилища, ресурс описания, ресурс службы анализа |
Атлас экспрессии мартышки | Набор данных, Атлас выражений |
Реестр клинических испытаний ЕС | База данных |
База ЭЭГ | Хранилище данных, База данных |
EcoCyc | База данных |
DrugBank | База данных |
База данных генов, связанных с лекарствами | База данных, хранилище данных |
Индекс расстройств от Национального института неврологических расстройств и инсульта (NINDS) | Набор данных |
Откройте для себя журнал | Повествовательный ресурс, Блог, Подкаст, Коллекция изображений |
ДИСКОТЕКА | Программный ресурс, Сервисный ресурс |
DictyBase | База данных, репозиторий биологических образцов |
Смелые ядерные приключения - genegeek | Блог |
CRCNS | Набор данных, Репозиторий данных, Ресурс финансирования |
База данных сравнительной токсикогеномики | База данных, служба анализа данных |
CoCoMac (сопоставление данных о подключениях в мозге макаки) | База данных, ПО для визуализации данных, Репозиторий данных, Библиография |
Clinicaltrials.gov: Служба национальных институтов здравоохранения | База данных, хранилище данных |
Обмен данными Сети клинических испытаний (CTN) | Набор данных |
ChEMBLdb | База данных, доступная через Интернет, База данных |
ЧЕБИ | База данных, Онтология |
Платформа мозжечка | База данных, репозиторий программного обеспечения, репозиторий данных, программное обеспечение для анализа данных |
ЦЕНТРАЛЬНАЯ НАУКА | Блог |
База данных, ориентированная на ячейки | База данных, репозиторий данных, коллекция изображений |
Слезы Кассандры | Блог |
База данных генома Candida | База данных, репозиторий данных, служба анализа данных |
Центр генетики Caenorhabditis | Поставщик организмов, Репозиторий биологических образцов, Стандартная спецификация, Репозиторий клеток |
База данных Бреде | База данных, служба анализа данных |
BrainSpan: экзоны RNA-Seq, обобщенные в гены | Атлас выражений |
BrainSpan: экзоны RNA-Seq | Атлас выражений |
BrainSpan: микроматрица экзонов, объединенная в наборы зондов | Атлас выражений |
BrainSpan: микромассив экзонов, обобщенный до генов | Атлас выражений |
BrainPod | Подкаст |
BrainMaps.org: Атласы мозга высокого разрешения | Атлас, Служба анализа данных |
BrainInfo | Атлас, База данных, Тематический портал, Стандартная спецификация |
Подкаст Brain Science | Подкаст, Повествовательный ресурс |
Система управления архитектурой мозга | База данных, онтология, репозиторий данных |
Платформа BMI (интерфейс мозговой машины) | Репозиторий данных, База данных, Библиография, Репозиторий программного обеспечения |
Фондовый центр Bloomington Drosophila | Поставщик организмов, хранилище материалов |
Биопортфолио | Повествовательный ресурс, Блог, Ресурс вакансии, База данных, Портал |
БиоНОТ | База данных |
Биоинтерактивный | Учебный ресурс, Видеоресурс, Подкаст, Учебный материал |
BioGRID | База данных, веб-сервис, программный ресурс, репозиторий данных |
Biocompare | База данных, поставщик антител |
Консорциум бета-клеточной биологии | База данных, поставщик реагентов |
Вложенные области БАМС | База данных |
Связь с BAMS | База данных |
БАМС клетки | База данных |
База данных схем мозга птиц | Набор данных с пространственной привязкой, Репозиторий данных, Изображение |
ASPGD | База данных, репозиторий данных, служба анализа данных |
как можно скорее | База данных, репозиторий данных, служба анализа данных |
Реестр антител | База данных |
AmiGO | Программное приложение, база данных, служба анализа данных |
Подкасты Американского журнала психиатрии | Подкаст |
Атлас связности мозга Аллена Мауса | Набор данных с пространственной привязкой |
Атлас мозга мыши Аллена | Атлас, База данных |
Все в уме | Подкаст |
База данных генов старения и вмешательств | База данных, хранилище данных |
Addgene | Тематический портал, Репозиторий биологических образцов, Ресурсы по поставкам биоматериалов |
Access-ScienceJobs.co.uk | Ресурс вакансии, Повествовательный ресурс |
Леди-ученый | Блог |
60-секундный разум | Подкаст |
Данные через веб-службы
Идея NIF заключается в том, что, хотя научные базы данных имеют множество интерфейсов, некоторые из которых довольно сложные, должен существовать единый способ их просмотра и поиска. Эта идея унифицированного поиска была распространена на службы, чтобы разработчики могли воспользоваться преимуществами работы, проделанной в NIF, для улучшения своих приложений, получив доступ ко всем данным, доступным через интерфейс NIF.
Когда данные становятся общедоступными через NIF, они также сразу становятся доступными через веб-службы. Эти RESTful веб-службы можно рассматривать как функции программирования, которые могут быть встроены в другие приложения. В настоящее время данные можно запрашивать и извлекать в виде XML-канала, и несколько других сайтов теперь извлекают данные NIF через службы, включая DOMEO и Eagle i. Разработчики могут узнать, как получить доступ к данным, просмотрев файл WADL, доступный по адресу http://neuinfo.org/developers
Ниже приведены некоторые общедоступные службы RESTful, к которым студенты могут получить доступ или которые могут использоваться при создании приложений:
- Аннотируйте любой текст, используя этот URL:
* http://nif-services.neuinfo.org/servicesv1/v1/annotate?content=The%20cerebellum%20is%20a%20wonderful%20thing&longestOnly=true
URL-адрес содержит текст, который вы хотите аннотировать, входные данные: «Мозжечок - замечательная вещь». Чтобы изменить это, вы можете попробовать использовать любой другой текст. Выходные данные службы вернут предложение с тегом SPAN, означающим, что он распознал термин мозжечок и является типом anatomical_structure. Неопознанные термины возвращаются без тегов span. Обратите внимание, что параметр longestOnly = true является необязательным, это означает, что будет распознаваться только самый длинный набор терминов, и в этом примере это не имеет значения, но в терминах, таких как нейрон гиппокампа, он вернет только один ответ.
Разработчики могут использовать теги span для получения информации о распознанном термине, поскольку идентификатор является уникальным и связан с определениями, синонимами, другими областями мозга и в некоторых случаях изображениями: для удобочитаемой версии см.
* http://neurolex.org/wiki/Birnlex_1489
Машиночитаемую версию см.
* http://nif-services.neuinfo.org/ontoquest/concepts/Birnlex_1489?get_super=true
- Получить подсказки автозаполнения нейробиологии, например,
* http://nif-services.neuinfo.org/servicesv1/v1/vocabulary?prefix=hippocampu
В приведенном выше примере показано завершение термина для «гиппокампа», но вы можете попробовать ввести в URL-адрес любой другой набор букв. Возврат службы - это набор терминов, соответствующих этой строке, включая: Гиппокамп и множество клеток гиппокампа.
- Получите элементы реестра, соответствующие поисковому запросу:
* http://nif-services.neuinfo.org/servicesv1/v1/federation/data/nlx_144509-1?q=miame
Реестр NIF является источником данных, и эта служба возвращает все элементы реестра, соответствующие определенному запросу. В данном случае используется термин миам, как в стандарте миам. Чтобы использовать эту функцию извлечения данных, вы можете ввести термины запроса в конец этого URL-адреса в дополнение к термину miame или вместо него. Это будет работать так же, как при вводе ваших терминов в поле поиска здесь:
* https://neuinfo.org/mynif/search.php?q=hippocampus&t=registry
Обратите внимание: обязательно ознакомьтесь с условиями для любого источника данных, условия и положения доступны в качестве любезности в NIF, но вы также можете проверить отдельные источники, которые вы хотите включить в свои приложения, все вышеописанное данные принадлежат NIF и защищены лицензией Creative Commons Attribution, поэтому их можно свободно распространять и совместно использовать.
Примечания и ссылки
- ^ В План NIH для исследований в области неврологии В архиве 2009-01-30 на Wayback Machine поддерживает разработку новых инструментов, возможностей обучения и других ресурсов для помощи нейробиологам в фундаментальных и клинических исследованиях.
- ^ По контракту HHSN271200577531C от Национальные институты здравоохранения США управляется NIDA
- ^ Пресс-релиз Калифорнийского университета