LRRC57 - LRRC57

LRRC57
Идентификаторы
Псевдонимы	LRRC57, богатый лейцином повтор, содержащий 57
Внешние идентификаторы	MGI: 1913856 ГомолоГен: 11995 Генные карты: LRRC57
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 15 (человек)[1] Группа 15q15.2 Начинать 42,537,820 бп[1] Конец 42,548,802 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 2 (мышь)[2] Группа 2 | 2 E5 Начинать 120,604,238 бп[2] Конец 120,609,520 бп[2]
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	255252	66606
Ансамбль	ENSG00000180979	ENSMUSG00000027286
UniProt	Q8N9N7	Q9D1G5
RefSeq (мРНК)	NM_153260	NM_001159609 NM_001159610 NM_001159612 NM_025657
RefSeq (белок)	NP_694992	н / д
Расположение (UCSC)	Chr 15: 42,54 - 42,55 Мб	Chr 2: 120,6 - 120,61 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Богатый лейцином повтор, содержащий 57, также известный как LRRC57, это белок что у людей кодируется LRRC57 ген.^[5]

Функция

Точная функция LRRC57 неизвестна. Он является членом богатый лейцином повтор семейство белков, которые, как известно, участвуют во взаимодействиях белок-белок.

Белковая последовательность

Как это принято для белков с высоким содержанием лейцина,^[6] последовательность^[5] показан ниже, причем повторы начинаются с отдельных строк. Начало каждого повтора представляет собой β-цепь, которая образует β-лист вдоль вогнутой стороны белка. Выпуклая сторона белка образована второй половиной каждого повтора и может состоять из множества структур, включая α-спирали, 3₁₀ спирали, β-витки и даже короткие β-тяжи.^[6]

Обратите внимание, что 5 'и 3' UTR оба богаты лейцинами, что позволяет предположить, что они могут быть вырожденными повторами (общий белок составляет 19,7% лейцина и 7,5% аспарагина, оба очень богаты).

Следующая компоновка аминокислотной последовательности LRRC57 позволяет легко различить консенсусную последовательность LxxLxLxxNxxL LRR.^[6]

 1 М Г Н С А L R A H V E T A Q K T G V F Q L К Д Р Г Л Т Е Ф П А Д Л К К Л Т С Н 39 40 L R T I D L S N N К И Е С L П П Л Л И Г К Ф Т Л 63 64 L K S L S L N N N K L ТЕЛЕВИДЕНИЕ L P D E I C N L К К 86 87 L E T L S L N N N ЧАС L R E L P S T F G Q L S A 109 110 L K T L S L S G N Q L G A L P P Q L C S L R H 132 133 L Д В М Д L S K N В И Р С И П Д С Ф Г Е L Q 154 155 V I E L N L N Q N В И С В И С Ф К И С К П Р 177 178 L K I L р L E E N C L А Л С М Л П К С И L S D 200 201 S Q I C L L А В Е Г Н Л Ф Е И К К Л Р Е L Э Ж З Д К Й М Е Р Ф Т А Т К К К Ф А 239 L х х L Икс L х х N Икс L х х L х х х х х х L Икс

Гомология

LRRC57 чрезвычайно хорошо сохраняется, как показано следующим множественное выравнивание последовательностей, подготовленный с использованием ClustalX2.^[7] Голубой и желтый свет выделяют области с высокой степенью сохранности и повторы.

В следующей таблице представлены некоторые подробности ортологов человеческой версии LRRC57. Для экономии места не все эти ортологи включены в приведенное выше множественное выравнивание последовательностей. Эти ортологи были взяты из BLAT.^[8] и поиск BLAST^[9]

Разновидность	Общее название организма	Присоединение к NCBI	Идентичность последовательности	Сходство последовательностей	Длина (AA)	Общее имя гена
Homo sapiens	Человек	NP_694992	100%	100%	239	богатый лейцином повтор, содержащий 57
Пан троглодиты	Шимпанзе	XP_510338	99%	100%	165	ПРОГНОЗ: гипотетический белок
	Орангутанг		99%	99%	238	От BLAT - нет записи GenBank
Macaca mulatta	Макака резус	XP_001100633	96%	99%	143	ПРОГНОЗ: аналогично CG3040-PA
Mus musculus	Домовая мышь	NP_079933	95%	99%	239	богатый лейцином повтор, содержащий 57
Раттус норвегикус	Норвежская крыса	NP_001012354	95%	99%	239	богатый лейцином повтор, содержащий 57
Обыкновенная волчанка	Собака	XP_535443	94%	98%	264	ПРОГНОЗ: аналогично CG3040-PA
Equus caballus	Лошадь	XP_001503298	94%	97%	273	ПРЕДНАЗНАЧЕН: аналогичен богатому лейцином повтору, содержащему 57
Bos taurus	Крупный рогатый скот	NP_001026924	94%	97%	239	богатый лейцином повтор, содержащий 57
Monodelphis domestica	Опоссум	XP_001362682	84%	94%	239	ПРОГНОЗ: гипотетический белок
Орниторинхус анатинус	Утконос	XP_001520403	76%	92%	99	ПРОГНОЗ: гипотетический белок
Gallus gallus	Курица	XP_421160	85%	92%	238	ПРОГНОЗ: гипотетический белок
Taeniopygia guttata	Зебра зяблик	XP_002200369	85%	92%	238	ПРОГНОЗ: богатый лейцином повтор, содержащий 57
Xenopus laevis	Африканская когтистая лягушка	NP_001085208	76%	88%	238	гипотетический белок LOC432302
Xenopus (Silurana) tropicalis	Западная когтистая лягушка	NP_001120199	76%	87%	238	гипотетический белок LOC100145243
Данио Рерио	Данио	NP_001002627	69%	83%	238	богатый лейцином повтор, содержащий 57
Тетраодон нигровиридис	Пятнистая зеленая рыба фугу	CAF89640	67%	83%	238	безымянный белковый продукт
Branchiostoma floridae	Флоридский ланцетник	XP_002209325	57%	78%	237	гипотетический белок BRAFLDRAFT_277364
Циона кишечника	(морской брызг)	XP_002129992	50%	71%	237	ПРЕДНАЗНАЧЕН: аналогичен богатому лейцином повтору, содержащему 57
Стронгилоцентротус пурпуратус	Фиолетовый еж	XP_782986	57%	74%	212	ПРОГНОЗ: гипотетический белок
Ixodes scapularis	Черноногий клещ	EEC17869	57%	73%	237	белок, богатый лейцином, содержащий домен, предположительно
Apis mellifera	Пчела	XP_001121818	53%	72%	238	ПРОГНОЗ: аналогично CG3040-PA
Nasonia vitripennis	Драгоценная оса	XP_001601190	57%	73%	238	ПРОГНОЗ: аналогично ENSANGP00000011808
Tribolium castaneum	Красный мучной жук	XP_973486	56%	70%	238	ПРОГНОЗ: аналогично AGAP001491-PA
Pediculus humanus	Вши на теле	EEB17844	52%	72%	238	белок, богатый лейцином, содержащий повторы, предположительно
Aedes aegypti	Комар желтой лихорадки	XP_001657420	50%	66%	239	внутренний
Culex quinquefasciatus	Комар Южный дом	XP_001865691	49%	67%	238	белок, богатый лейцином, содержащий повторы 57
Drosophila melanogaster	Плодовая муха	NP_572372	50%	67%	238	CG3040
Drosophila simulans		XP_002106344	49%	67%	238	GD16172
Drosophila sechellia		XP_002043192	49%	67%	238	GM17488
Дрозофила якуба		XP_002101312	50%	68%	238	GE17554
Drosophila erecta		XP_001978503	50%	67%	238	GG17646
Drosophila ananassae		XP_001964158	51%	68%	238	GF20868
Drosophila pseudoobscura		XP_001355271	49%	66%	238	GA15818
Drosophila persimilis		XP_002025298	49%	66%	238	GL13411
Дрозофила вирилис		XP_002056963	51%	68%	238	GJ16607
Drosophila mojavensis		XP_002010408	51%	68%	238	GI14698
Дрозофила гримшави		XP_001991745	52%	68%	238	GH12826
Дрозофила виллистони		XP_002071645	50%	67%	238	GK10093
Anopheles gambiae		XP_321630	46%	66%	238	AGAP001491-PA
Caenorhabditis elegans	(а нематода )	NP_740983	43%	63%	485	гипотетический белок ZK546.2
Caenorhabditis briggsae	(нематода)	XP_001679881	41%	64%	439	Гипотетический белок CBG02285

Джин соседство

Ген LRRC57 имеет интересные отношения со своими соседями - HAUS2 вверх по течению и SNAP23 ниже по потоку, как показано ниже для человека.^[10]

Ниже показано соседство для мыши.^[11] ортолог. Обратите внимание, что соседи такие же, как и у большинства позвоночных.

Обратите внимание на близость между LRRC57 и HAUS2 / CEP27 (один и тот же ген под разными названиями). У людей экзоны находятся на расстоянии 50 пар оснований, тогда как у мыши они перекрываются, как показано на крупном плане ниже. Это тесное родство может частично объяснить высокую консервативность LRRC57, так как это требует, чтобы мутация была стабильной в обоих генах одновременно.

Отношение к нижележащему соседу, SNAP23 тоже интересно. Цитата из AceView^[12] Вход: «373 п.н. этого гена являются антисмысловыми по отношению к сплайсированному гену SNAP23, что повышает возможность регулируемой альтернативной экспрессии». Взяв обратный комплемент кДНК LRRC57 и выровняв его с кДНК SNAP23, действительно обнаруживается высокое сходство, как показано на этом частичном сопоставлении:

Прогнозируемые посттрансляционные модификации

Инструменты на сайте ExPASy Proteomics^[13] прогнозировать следующие посттрансляционные модификации:

Инструмент	Прогнозируемое изменение	Homo sapiens	Mus musculus	Gallus gallus	Drosophila melanogaster
ИноЯН[14]	O-β-GlcNAc	S166	S166	S165	Т16, Т102
NetPhos[15]	фосфорилирование	S145, S149, S169, S199, S201, T27 T234	S139, S145, S169, S199, S201, T27, T149, T234	S148, S198, S200, T22	S46, S69, S200, T179, T193, Y230
Сульфинатор[16]	сульфатирование	Y224, Y227	Y224, Y227	Y223, Y226	(никто)
SulfoSite[17]	сульфатирование	Y224	Y224	Y223	Y223
SumoPlot[18]	сумоилирование	K86, K15 и K236	(не проверено)	(не проверено)	(не проверено)
Терминатор[19]	N-конец	G2	G2	G2	G2

Прогнозируемые модификации для Homo sapiens показаны на следующем концептуальном переводе. Предсказаны голубые блики фосфорилирование сайты и выделенные желтым цветом помечены. Красные квадраты показывают прогнозы, которые сохраняются для всех четырех организмов.

Сайты для всех четырех организмов выделены при следующем выравнивании множественных последовательностей.

Обратите внимание, что фосфорилирование на S201 и сульфатирование на Y224 - единственные хорошо сохранившиеся прогнозы для всех четырех организмов.

Структура

Кристаллографическая структура богатый лейцином повтор регион вариабельный рецептор лимфоцитов на основе PDB: 2O6QКоординаты. Семь богатых лейцином повторов помечены как LRR 1–7. Этот рисунок был визуализирован с использованием Cn3D.^[20][21]

Структура LRRC57 неизвестна. Однако поиск белка BLAST в базе данных белков возвращает аналогичный белок (PDB: 2O6Q), С E-значением 3E⁻¹⁴. Это также богатый лейцином повтор, содержащий семь повторов той же длины, что и LRRC57, описанный как Eptatretus burgeri (прибрежная миксина ) Переменная лимфоцит рецепторы A29.^[22]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000180979 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000027286 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. «Ген Entrez: богатый лейцином повтор LRRC57, содержащий 57». Получено 4 мая 2009.
6. Белла Дж., Хиндл К.Л., МакЭван, Пенсильвания, Ловелл, СК (август 2008 г.). «Богатая лейцином повторяющаяся структура». Клеточные и молекулярные науки о жизни. 65 (15): 2307–33. Дои:10.1007 / s00018-008-8019-0. PMID  18408889.
7. "Домашняя страница Clustal". Получено 4 мая 2009.
8. "Поисковый геном BLAT". Получено 4 мая 2009.
9. "ВЗРЫВ". Получено 4 мая 2009.
10. "Шлюз браузера генома человека (Homo sapiens)". Получено 27 апреля 2009.
11. "Шлюз браузера генома мыши (Mus musculus)". Получено 27 апреля 2009.
12. «AceView: ген LRRC57 человека Homo sapiens, кодирующий богатый лейцином повтор, содержащий 57». Получено 1 мая 2009.
13. «Инструменты протеомики ExPASy». Получено 24 апреля 2009.
14. "ИНОЯН". Получено 24 апреля 2009.
15. «НетФос». Получено 24 апреля 2009.
16. «Сульфинатор». Получено 24 апреля 2009.
17. «СульфоСайт». Архивировано из оригинал 24 июля 2008 г.. Получено 24 апреля 2009.
18. «СумоПлот». Архивировано из оригинал 20 апреля 2009 г.. Получено 24 апреля 2009.
19. "Терминатор". Архивировано из оригинал 16 апреля 2008 г.. Получено 24 апреля 2009.
20. "Домашняя страница Cn3D". Cn3D. Национальный центр биотехнологической информации, Национальные институты здравоохранения США. 2008-04-24. Получено 2009-05-06.
21. Ван И, Гир Л., Чаппи С., Канс Дж. А., Брайант Ш. (июнь 2000 г.). «Cn3D: последовательность и структура представлений для Entrez». Тенденции в биохимических науках. 25 (6): 300–2. Дои:10.1016 / S0968-0004 (00) 01561-9. PMID  10838572.
22. Ким Х.М., О СК, Лим KJ, Касамацу Дж., Хео Дж.Й., Пак Б.С., Ли Х., Ю О.Дж., Касахара М., Ли Джо (2007). «Структурное разнообразие вариабельных рецепторов лимфоцитов миксины». J Biol Chem. 282 (9): 6726–32. Дои:10.1074 / jbc.M608471200. PMID  17192264.